Kaoru est une jeune maître de Kendo enseignant à l'école de Kamiya Kasshin. Elle se lance sur les traces d'un terrible assassin qui a sévi sous la Restauration de Meiji et tristement célèbre pour ses exploits, Hitokiri Battosai. En cherchant réparation auprès de ce dernier, elle croise le chemin d'un curieux vagabond...

Sur le chemin du restaurant auquel comptait se rendre Kenshin et ses amis, il fait la rencontre d'un jeune garçon qui détrousse les gens pour survivre. Après qu'on lui ait appris les détails de son passé tourmenté, Kaoru décide de se lancer tête baissée à son aide et va finir par tomber dans un repère de brigands.

Alors que Kenshin s'est absenté acheter du tofu pour préparer le repas, des policiers font leur apparition dans le dojo de Kaoru afin de s'entretenir avec Kenshin. Consciente de la situation, Kaoru charge Yahiko de prévenir Kenshin qu'il est poursuivit par la police.

Un jeune homme du nom de Sanosuke Sagara équippé d'une immense lame zanbato part en quête d'un adversaire de taille suceptible de pouvoir de se mesurer à lui. Lorsqu'il apprend la présence de Battosai sur les lieux, la haine qu'il voue envers les royalistes ressurgit et il décide de défier Kenshin.

Sanosuke faisait partie d'une fausse armée dénommée Sekihotai chargée de recruter des hommes pour le gouvernement au temps de la Restauration, mais elle a été décimée pour trahison. Un seul membre a échappé au massacre, il s'agit de Sanosuke, et il voit un moyen de se venger en abattant Kenshin dans un duel sans merci.

Le gouvernement demande à Kenshin de l'aider à protèger un de ses membres menacé de mort par un tueur en série se faisant appeler Kurogasa (chapeau noir), lequel utilise une dangereuse technique hypnotique.

Kenshin se présente devant Jineï à l'heure exacte de leur rendez-vous. Aussitôt, les deux hommes commencent à se battre. Mais Jineï est déçu par son adversaire qui a perdu de son talent d'assassin...

Sano et Kenshin sont patis jouer aux dés avec quelques amis. Alors qu'ils sont entrain de perdre le peu d'argent qu'ils leur reste, une femme poursuivis par deux hommes entre avec fracas et les supplie de l'aider.

Sano a vu tomber des capsules d'opium de la poche de Megumi et est furieux après elle lorsqu'il apprend que c'est elle qui les a fabriquées. Elle se confie alors à ses nouveaux amis et raconte son triste passé.

Kenshin et ses amis parviennent à entrer dans la grande propriété qui sert de repère au gang de Kanryu Takeda. Ce dernier est très impressionné par la puissance de Kenshin...

On se retrouve plongé au coeur du combat qui oppose Kenshin à Aoshi, le maître des lieux. Les deux combattants rivalisent d'ingéniosité et mettent en oeuvre leurs meilleures techniques mais seul le plus rusé parviendra à vaincre, à moins que la Gatling, une puissante mitrailleuse importée des USA, vienne jouer les trouble-fêtes...

Le jeune et orgueilleux Yahiko s'entraîne de toutes ses forces au maniement du sabre afin de ressembler un jour à Kenshin, son modèle de toujours. Au cours d'un entraînement, il fait la rencontre de Tsubame, petite serveuse qui a maille à partir avec des brigands. Yahiko, pour qui vaincre ces vagabonds est une question d'honneur, va puiser au fond de lui-même toute l'énergie et la force nécessaires pour les affronter...

Pour avoir déserté l'entraînement, un sumotori se fait violemment corriger par ses comparses. Kenshin et ses amis parviennent à le sortir de ce mauvais pas et Kaoru propose même de l'entraîner pour développer ses indéniables capacités de combattant.

Megumi a su se faire une place dans la société et jouit dorénavant d'une certaine popularité grâce à la qualité des soins qu'elle prodigue. Mais arrive un jour un homme doté de pouvoirs quasi mystiques qui parvient avec une facilité déconcertante, devant une foule médusée, à soigner un homme accablé par un mal de ventre foudroyant.

Le Jinpu Taï est une organisation souterraine qui lutte contre la restauration de l'ère Meiji et contre l'ouverture du Japon à l'Occident. Elle accuse les politiciens de diverses malversations et bénéficie de la confiance de la majorité des citoyens, qui voient en elle le défenseur de la veuve et l'orphelin. Pour exécuter un haut fonctionnaire, l'organisation tente de recruter un ancien assassin devenu maître d'école...

Hashizume ordonne à la Jinpu Taï de se débarrasser de Sasaki, de Kenshin et des autres témoins gênants. Mais le combat entre Kenshin et Toma est vite interrompu par l'arrivée des hommes de ce dernier, qui apportent un message de Hashizume. Celui-ci a décidé d'éliminer Yamagata, le ministre de la Défense, et l'attire dans un piège. Heureusement, Kenshin est là...

Le cirque Ebisu vient d'arriver en ville et propose une numéro exceptionnel: Marimo, le canon humain. Mais le patron d'un cirque concurrent est bien décidé à saboter le numéro en question afin de récupérer les spectateurs. Heureusement, Yahiko, qui est tombé amoureux de Marimo, décide d'aider cette dernière et il sera évidemment suivi par Kenshin, Kaoru et Sanosuke...

Yahiko, qui prend de plus en plus d'assurance, vient encore de se débarrasser d'un gredin qui faisait du grabuge à l'auberge. Mais ce succès lui monte à la tête et il déclare à Kaoru qu'il veut se battre avec une vraie épée et plus avec un sabre en bois. Gohei, qui cherche toujours à se venger de Kenshin, va attirer ce dernier dans un piège en utilisant Yahiko...

La petite troupe du dojo Kamiya se rend à Izu pour passer quelques jours de vacances chez la soeur du docteur Genzai. Ils font la connaissance du jeune maître du domaine, Yaruto, qui rêve de devenir un homme d'épée aussi fort que l'était son père. Alors qu'il se promène à cheval, Yaruto est attaqué par des bandits. Il est sauvé par un puissant guerrier, Raijuta...

Kenshin a sauvé Yutaro de la noyade et l'a ramené chez la soeur du docteur Genzai pour le soigner. Une fois Yutaro remis, Kaoru lui propose de devenir son maître et de lui enseigner la technique du Kamiya Kasshin. Pendant ce temps, Raijuta continue de faire venir des guerriers Shinko de tout le pays et s'apprête à mettre son plan à exécution...

L'armée attaque la propriété de Yutaro, où les hommes de Raijuta se sont retranchés. Les victimes sont nombreuses de part et d'autre et Kenshin décide alors de défier Raijuta en personne afin de mettre fin au massacre. Yutaro, de son côté, se rend finalement compte que Raijuta l'a utilisé depuis le début.

Nos amis décident de se rendre à Yokohama et pour ce faire, ils vont prendre le train pour la première fois. Une fois installée dans le train, Kaoru pense à tout ce qu'elle va faire à Yokohama tandis que Sanosuke, lui, semble plutôt effrayé. Mais le voyage prend un tournant inattendu quand le train est attaqué par des voleurs.

En achetant des esquisses pour des amies, Sanosuke remarque un dessin qui lui rappelle des souvenirs. Il part à la recherche de l'artiste et retrouve ainsi Katsuhiro, un ancien de la Sekihotaï. Celui-ci souhaite renverser le gouvernement qui l'a trahi. Mais il n'est pas le seul à vouloir reformer l'ancienne armée.

Sanosuke a décidé d'aider Katsuhiro dans sa lutte, sans rien dire ses amis. A la place, il décide d'organiser une fête au dôjo. Le soir même, alors que Kaoru et les autres se sont endormis sous l'effet de la fatigue et de l'alcool, il se lance avec Katsuhiro à l'attaque d'un ministère. Mais ils trouvent Kenshin sur leur route.

Depuis quelques temps, des pirates appelés les Kairyu écument les parages et un marchand recrute des mercenaires afin de protéger ses bateaux. Kenshin, Sanosuke et Yahiko décident de s'engager afin de gagner un peu d'argent pour enfin se payer un repas digne de ce nom. Bien entendu, le bateau se retrouve bientôt attaqué par les pirates.

Les Kairyu sont de retour sur leur île. Certains d'entre eux souhaitent torturer Kenshin pour s'amuser mais Shura les en empêche. Ginjo, qui supporte de plus en plus mal d'obéir à Shura, décider de rallier secrètement les autres mécontents de son côté et de passer un marché avec le marchand Senboya.

Kenshin s'est précipité dans la cascade afin de sauver Shura et il doit maintenant retirer la balle qui est restée dans sa jambe. Heureusement, il peut compter sur le soutien de deux compagnons restés fidèles à Shura. Lorsque cette dernière reprend connaissance, elle comprend qu'il ne lui reste plus qu'à dissoudre les Kairyu.

Un homme mystérieux qui se fait passer pour un pharmacien ambulant arrive à Tokyo et recherche Kenshin. Il ne trouve que Sanosuke, qu'il blesse gravement au cours d'un combat bref et violent. Hajime Saito, ancien membre des Shinsegumi et adversaire de Kenshin pendant la Révolution, est de retour.

Megumi est parvenue à soigner les blessures de Sanosuke et veille sur lui. Pendant ce temps, Saito envoie une lettre à Kenshin afin de l'attirer dans un piège tendu par Akamatsu, bien décidé à tuer Kenshin lui-même. Et pendant que Kenshin se bat avec Akamatsu, Saito se rend une nouvelle fois au dojo.

Le combat fait rage. Mais Saito est un adversaire redoutable et Kenshin ne semble pas être à la hauteur. Seul Battosai l'assassin pourrait vaincre l'ancien Shinsengumi. Alors que les deux combattants sont prêts à jeter leurs dernières forces dans le duel, ils sont interrompus par l'arrivée d'un nouveau personnage.

Nous sommes le 14 mai et c'est aujourd'hui que M. Okubo doit venir chercher la réponse de Kenshin. Tous les amis de ce dernier sont inquiets et espèrent qu'il ne reprendra pas la route et son métier d'assassin. Kenshin décide de partir à la rencontre d'Okubo, sans savoir qu'il n'aura jamais l'occasion de lui donner sa réponse.

Sanosuke est furieux que Kenshin se soit éclipsé sans rien lui dire et décide de partir pour Kyoto sur-le-champ. Il est arrêté par Saito, qui lui dit qu'il ne serait qu'un fardeau pour Kenshin. De son côté, Kaoru est apathique et refuse de manger, et il faut que ce soit Megumi qui vienne la secouer.

Kaoru et Yahiko prennent le bateau pour se rendre à Kyoto. De son côté, Sanosuke est parti par la route et en profite pour s'entraîner en chemin afin de ne pas être le point faible de Kenshin. Pendant ce temps, au dojo, Megumi retrouve une vieille connaissance: Aoshi, le chef des Oniwaban Shu

Kenshin fait la connaissance de Misao, une jeune voleuse qui vient juste de dépouiller un groupe de brigands. Après l'avoir aidée à se débarrasser des brigands qui sont à sa poursuite, il apprend qu'elle connait fort bien les Oniwaban Shu et qu'elle se rend à Kyoto pour retrouver Aoshi.

Alors qu'ils sont toujours en route pour Kyoto, Kenshin et Misao tombent sur un jeune homme mourant qui tient son petit frère dans ses bras. Il s'agit d'un habitant d'un village tombé sous la coupe de Shishio et de ses hommes. Lorsque nos amis se rendent au village, ils découvrent que les parents du jeune homme ont été pendus.

Kenshin et Saito ont décidé d'aller confronter Shishio directement. Mais celui-ci ne prête aucune attention à leurs propos et, désireux d'observer la technique de Kenshin, il lance sur lui Senkaku, le géant qui fait régner la terreur sur le village d'Eiji et a tué les parents de ce dernier.

Shishio, qui estime que Kenshin n'est pas digne de se battre avec lui, déclare qu'il l'attendra à Kyoto. Il espère que d'ici là, Kenshin sera redevenu Hitokiri Battosai, l'assassin légendaire. En attendant, Kenshin doit affronter un nouvel adversaire redoutable, Sojiro Seta, un samourai au visage angélique.

Toujours en route vers Kyoto et complètement perdu, Sanosuke fait la connaissance d'un moine défroqué qui possède une technique de combat redoutable. Sanosuke lui demande de la lui enseigner. Le moine accepte, mais Sanosuke ne dispose que de sept jours pour maîtriser la technique, sinon il mourra.

Kenshin et Misao sont enfin arrivés à Kyoto. Kenshin fait la connaissance du grand-père de Misao, lui aussi un ancien membre des Oniwaban Shu. Il lui demande son aide pour retrouver Shakku, le forgeron qui lui a fabriqué son sabre à lame inversée, afin de pouvoir remplacer son arme brisée.

Kenshin n'a pas le choix, il va devoir combattre Chô s'il veut sauver le petit Iori. Mais Chô est un adversaire redoutable, et Kenshin n'a que son sabre brisé pour se défendre. Pourra-t-il éliminer son adversaire sans le tuer et surtout, sans redevenir Battosai l'assassin?

Pour préparer Shishio, Kenshin demande à un ancien professeur de l’aider à maîtriser la dernière de ses techniques de combat. Cependant, Kenshin est distrait quand Kaoru et Yahiko finissent par le rattraper après leur long voyage.

Bien que Misao soit excitée par le retour de son mentor et héros, elle est stupéfaite de découvrir qu’Aoshi a trahi l’un de leurs plus proches amis.

Bien que Kenshin lutte pour apprendre, Sijuro lui enseigne la plus secrète de ses techniques de combat. Et bien que Kenshin ne veuille pas tuer, c’est inévitable s’il doit battre Shishio. Pendant ce temps, Sanosuke est arrêté pendant qu'il recherche Kenshin.

En prison, Sanosuke découvre le plan de Shishio qui est de renverser le gouvernement en recrutant une bande mortelle de samouraïs, y compris le guerrier aveugle Usui, pour vaincre Kenshin et Saito.

Réuni avec Sanosuke, Kenshin établit plusieurs plans pour empêcher Shishio de brûler Tokyo et de créer la confusion dont il a besoin pour renverser le gouvernement. Cependant, Shishio met en place sa nouvelle arme, un cuirassé blindé caché dans un autre.

Alors que Kenshin, Saito et Sanosuke ont détruit son cuirassé, Shishio les défient pour la confrontation finale. Suite à la défaite de Misao contre le samouraï aveugle, Usui, Kenshin jure d’épargner la vie de son mentor, Aoshi.

Alors que Shishio se prépare à la bataille, un homme de main suggère un plan pour affaiblir Kenshin et ses forces, les débarrassant de toute opposition une bonne fois pour toutes. Alors que le moment de vérité approche, Sanosuke est opposé à Anji.

Au cours de la bataille de Sanosuke, le moine déchu se remémore comment sa haine est née au cours d’un mouvement antibouddhiste.

Alors que Usui est en mauvaise posture, Saito expose le complot organisé par le guerrier aveugle afin de tuer Shishio. Pendant que Kaoru, Yahiko et Misao se préparent à se défendre d’une embuscade, Kenshin se prépare pour son combat contre Aoshi.

Kenshin compte honorer l'une de ses promesses. Combattre Aoshi et de le ramener à Misao vivant.

Après avoir été battu par Kenshin, Aoshi jure de renoncer à Shishio. Alors que Shishio cherche un faille dans la technique de Kenshin, Kaoru, Yahiko et Misao se battent pour rester en vie...

Alors que Yahiko a dépassé ses limites durant son combat face à un des hommes de Shishio, c’est au tour de Kaoru de mêler au combat.

Malgré leur faible chance, Kaoru, Yahiko et Misao continuent d’affronter des guerriers envoyés pour les éliminer. Mais c’est l’arrivée du professeur de Kenshin qui change la donne en leur faveur.

Pendant que Sanosuke regarde, Kenshin se bat avec Souijuro, l’assassin sans émotion responsable de lui avoir brisé son épée. Bien que Shishio soit confiant en la capacité du jeune guerrier, Kenshin peut être en mesure de gagner sans avoir à tuer.

Alors que Souijuro dévoile ses sentiments douloureux, Kenshin se souvient comment le jeune assassin a été sauvé d’une vie d’esclavage et a ensuite appris à se battre auprès de Shishio.

Face aux interrogations de Kenshin, la concentration de Souijuro s'est soudainement brisée. Alors qu'il est sur le point d'essuyer une défaite, le jeune assassin rend sa précieuse épée à Shishio, l’avertissant du danger qui l’attend.

Alors que Kaoru et Yahiko attendent impatiemment son retour, un Kenshin blessé mais déterminé arrive pour sa dernière confrontation avec Shishio, qui ne veut pas que quiconque se mette en travers de son objectif, autre que de contrôler l’avenir du Japon.

Dans cette bataille tant attendue, Kenshin et Shishio comparent leurs idéologies et les techniques de combat. Mais une fois que Shishio utilise de la poudre pour prendre le dessus, Kenshin semble condamné.

Alors qu’Aoshi tente d’arrêter Shishio, Kenshin lance un grand défi à Shishio. Après la défaite d’Usui, Saito expose le complot du guerrier aveugle pour tuer Shishio.

Le dernier effort de Kenshin pour gagner l’ultime bataille se termine avec Shishio qui s'auto-détruit. Mais à la suite de la victoire de Kenshin, le plus proche assistant de Shishio jure de se venger.

Après la défaite de Shishio, ses alliés restants confièrent leur sort au gouvernement. Pendant que Kenshin est réuni avec la Force de Paix, le Shishio vaincu jure de prendre le contrôle de l’Enfer.

Alors que Kenshin soigne les blessures subies dans son combat avec Shishio, Kaoru prépare la Force de Paix pour leur retour au pays.

De retour chez elle, Kaoru travaille à restaurer le dojo délabré, tandis que Kenshin rencontre un vieux pêcheur qui lui enseigne une leçon importante sur l’amour.

Après être intervenus pour arrêter ce qui semble être un vol, Kenshin et Kaoru rencontrent un jeune prince qui ressemble exactement à Yahiko.

Sanosuke adopte un chien errant, ignorant qu’il détient la clé du complot d’un gang criminel pour faire chanter certains responsables locaux et obtenir un contrôle politique. Et quand le gang le retrouvera, Kenshin et Yahiko rejoindront Sanosuke pour déjouer leur plan.

Après que Kenshin ait trouvé une bague dans un poisson-chat, il donne accidentellement la bague au doigt de Kaoru. En pensant que c’est une bague de fiançailles, Kaoru considére cela comme une demande en mariage.

Alertés par Misao, Kenshin et le reste de la Peace Force arrivent pour aider Aoshi à trouver un mystérieux tueur. L’enquête de Kenshin révèle des preuves reliant le meurtre à un samouraï chrétien et de vengeance qui ont été prédites.

Afin d’éviter d’autres meurtres par vengeance, Kenshin doit affronter Shogo Amakusa, le guerrier chrétien connu sous le nom d’Enfant de Dieu.

Alors que Kenshin se prépare à honorer sa promesse d’arrêter Shogo Amakusa, Sanosuke et lui découvrent une église secrète qui a été construite lorsque les fidèles chrétiens ont été forcés de se cacher.

Alors que ni Kaoru ni Kenshin ne peuvent persuader Shogo Amakusa d’abandonner son plan pour faire avancer la cause chrétienne par la violence, la bataille est sur le point de commencer.

Bien qu’aveuglé par son duel avec Shogo Amakusa, Kenshin cherche à recombattre Shogo dans l’espoir que le battre lui rendra sa vue.

Avec l’histoire du martyre de ses parents, Misao découvre la vérité derrière les prétendus miracles qui déifièrent Shogo Amarusa.

Sir Kaioh dévoile son plan qui n'est autre que d’utiliser les fidèles disciples de Shogo Amarusa pour renverser le gouvernement et contrôler le Japon lui-même.

Alors que Kenshin tente d’arrêter le massacre des chrétiens, Sanosuke est incapable d’éviter la mort de la sœur à la phase finale de Shogo.

Comme Misao et le consul néerlandais demandent à l’armée de retarder leurs attaques, Kenshin aveuglé retient Shogo pour éviter le martyre de ses disciples.

Après la reddition de Shogo, Kenshin demande au gouvernement de ne pas l’exécuter. Par conséquent, lui et ses disciples sont envoyés en exil en Hollande.

Quand la Force de Paix tombe sur un homme se faisant passer pour Kenshin, tout le monde veut que l’imposteur soit exposé au grand jour. Mais Kenshin remarque qu’il utilise ses profits pour s’occuper d’un groupe d’orphelins.

Quand Kenshin perd accidentellement tout son argent, la Force de Paix doit aller travailler dans une auberge pour payer sa facture.

Kaoru propose de former un jeune étudiant qui a été expulsé par son professeur jusqu’à ce qu’il apprenne à se battre.

Alors que Kaoru poursuit la formation de Daigoro, Kenshin est attaqué par le même groupe de bandits que la veille, et le menace de ne pas s'impliquer aupès des aiffaires de Kaishu Katsu.

Malgré la détermination de Kaishu à libérer sa fille par lui-même, Kenshin se joint aux forces de paix et à Daigoro pour un sauvetage.

Bien que Daigoro soit blessé dans la bataille, Kenshin et ses amis libèrent Itsuko.

Le bras presque guéri, Yutaro et son médecin arrivent pour une visite au dojo.

Quand une lettre du Dr. Hans révèle la miraculeuse histoire de cette médecin, Yutaro se joint à la Force de Paix dans le but de la retrouver.

En utilisant les indices laissés par le Dr. Hans, Kenshin et ses amis, sont conduits au sanctuaire caché où se trouve la clé de la miraculeuse guérison.

Après avoir survécu à la chute d'un volcan, la Force de la paix tombe sur une Sanada Ninja blessée qui jure de combattre ses anciens alliés.

Après que leur recherche les aient conduit au médicament cachée, le chef des Chevaliers Noirs indique clairement qu’il n’a pas l’intention d’honorer sa promesse de céder le contrôle du Japon à la Sanada Ninjas.

Alors que Kenshin affronte le chef des Chevalier Noirs, il doit compter sur son intelligence et non sur son épée afin de gagner la bataille.

Alors qu’Aoshi arrive pour ramener Misao chez elle, Kaoru et quelques amis la rejoigne pour une dernière virée shopping. Cependant, les efforts de Sanosuke et de Yahiko pour garder un œil sur leur amis les amènent à être confondus avec un groupe de voleurs.

Suite à une série d’accidents en ville, un maître de Feng Shui blâme un déséquilibre dans le Ki, une force qui maintient toutes les autres en équilibre.

Alors que Kenshin en apprends plus sur le conflit entre les familles Wind et Water pour le contrôle du Ki, les efforts pour construire un chemin de fer sont exposés comme un complot du clan Water pour contrôler le Japon.

Les efforts de la famille Water pour prendre le contrôle du Ki ont laissé Kaoru gravement blessé.

Avec l’aide du chef de la famille Wind, Kenshin sauve la vie de Kaoru. Mais la quête de la famille Water pour rediriger le Ki et prendre le contrôle du Japon avance comme prévu.

Avec l’aide de Kenshin, la famille Wind fait dérailler le plan de son rival de rediriger le flux du Ki et met fin à ses efforts pour dominer le Japon.