Aspirant à devenir un samouraï d’exception, Yaiba Kurogane s’entraîne avec ardeur au cœur de la jungle tropicale, sous la tutelle de son père, Kenjûrô. Malheureusement, un concours de circonstances les contraint à quitter leur foyer pour s’établir au cœur de la métropole japonaise, où ils sont accueillis par la famille Mine.

Déterminé à affronter Takeshi, Yaiba multiplie, en vain, les tentatives pour attirer son attention. La situation dégénère lorsque Shônosuke, le vautour, détruit le pigeonnier auquel l’adolescent tenait profondément. Submergé par la colère, ce dernier provoque alors en duel Yaiba.

Doté de l’énergie inépuisable que lui confère Fujin, Onimaru est déterminé à laver l’affront infligé par Yaiba et à le vaincre. Toutefois, face à la redoutable puissance offensive de son adversaire, le jeune garçon se voit, à son tour, contraint de se doter d’une arme d’exception pour espérer lui tenir tête…

Bien que Yaiba soit désormais en possession de l’épée Raijin, il doit suivre l’entraînement dispensé par Musashi afin d’en maîtriser pleinement les pouvoirs. Pendant ce temps, Onimaru déclenche une offensive d’envergure à l’encontre du Japon…

Dans l'espoir de s’emparer du sabre de Raijin, Takeshi Onimaru dépêche ses troupes à la poursuite de Yaiba. Tandis que ce dernier, accompagné de ses compagnons, fait une halte bien méritée dans des sources thermales afin de reprendre des forces, l’un des subordonnés de leur poursuivant entre en scène…

À peine arrivés à Nagoya, Yaiba et ses amis n’ont même pas le temps de savourer leur repas que l’Homme-chiroptère fait son apparition ! Redoutable créature ailée, cet ennemi insaisissable semble invincible. Le jeune garçon parviendra-t-il à percer ses défenses ?

Yaiba et ses amis débarquent enfin sur l'île de Ganryû, mais l'homme-araignée est arrivé avant eux pour ressusciter Kojirô Sasaki, le grand rival de Musashi qui compte bien prendre sa revanche.

À la surprise générale, Yaiba et ses compagnons sont happés par une faille spatio-temporelle invoquée par l’homme-araignée. Propulsés quatre siècles dans le passé, il revient à Musashi de triompher lors de la bataille de Ganryûjima afin de rétablir le fil de l’histoire.

Grâce à un entraînement intensif, Yaiba maîtrise désormais le sabre Raijin. Toutefois, pour espérer affronter Takeshi Onimaru à armes égales, il lui faut dorénavant canaliser cette puissance acquise afin de forger une nouvelle lame, digne de rivaliser avec celle de son adversaire.

Après avoir parfait son entraînement, Yaiba se sent désormais armé pour se rendre dans la forteresse d’Onimaru et faire face à son ennemi juré. C’est néanmoins sans compter le perfide Homme-araignée qui tend un piège au jeune garçon et à ses camarades, afin de les éloigner de leur objectif.

Sorti victorieux de son affrontement contre les quatre rois célestes, Yaiba peut désormais faire face à Onimaru. Le combat tant attendu entre les porteurs du sabre de Raijin et de l’épée de Fûjin peut enfin commencer !

Le duel décisif entre Onimaru et Yaiba s’est soldé par un match nul douloureux. Si la disparition soudaine des forces ennemies a offert au pays un bref instant de répit, l’arrivée d’une mystérieuse femme pourrait bien mettre à mal cette précieuse accalmie…

Bien que la perle de Ryûjin lui ait été dérobée par Onimaru, Yaiba apprend l'existence d'une autre perle légendaire, qui permettrait à son détenteur de voler. À l’aide d’une carte ancienne que possède Nadeshiko, il reprend la route afin de s’en emparer.

Selon une ancienne légende, un joyau d’une valeur inestimable aurait été scellé jadis sur le mont Tsurugi. Tandis que Yaiba et ses compagnons poursuivent leurs recherches dans les montagnes, Fûma Kotarô, un redoutable ninja, interrompt soudainement leur progression. Parallèlement, Onimaru ourdit dans l’ombre son projet d’unification, déterminé à étendre son emprise sur l’ensemble du pays.

Cap sur le mythique mont Aso ! D’après la légende, la perle de Ryûjin reposerait dans les profondeurs du cratère. Cependant, à peine arrivés sur les lieux, Yaiba et ses alliés se retrouvent face à un vieil adversaire : l’Homme-astérie, bien décidé cette fois à prendre sa revanche.

La recherche d'une perle supplémentaire amène Yaiba et ses amis à la ville de Nara. C'est alors qu'un voyageur les approche, désireux de rejoindre leur groupe.

Yaiba et ses compagnons voyagent jusqu'à Kawanakajima, afin de récupérer les perles d'or et d'eau volées par Goemon. En chemin, ils croisent le chemin d'un ancien élève de Musashi : Yagyû Jûbei Mitsuyoshi.

Parvenus à Kawanakajima, Yaiba et ses compagnons engagent une nouvelle confrontation contre Goemon afin de récupérer les perles dérobées. Tandis que ses alliés couvrent ses arrières, Yaiba s’engage dans un combat mortel contre son adversaire.

Après avoir été aspirés par la perle des ténèbres, Yaiba et Jûbei tentent de regagner l’extérieur par l’unique issue. Toutefois, pour y parvenir, ils vont devoir déjouer la surveillance de Kerosuke, posté en sentinelle devant l’entrée…

Yaiba s'apprête à trouver la septième perle légendaire, mais un célèbre poète a décidé de lui mettre des bâtons dans les roues. Yaiba parviendra-t-il à le vaincre et à enfin mettre la main sur la perle de Ryûjin ?

Yaiba et ses amis se mettent en route vers le mont Fuji. Mais Onimaru les y attend et leur réserve un accueil digne de ce nom.

Yaiba et ses amis doivent passer les épreuves de la divinité pour obtenir la perle de Ryûjin, mais elles exigent des sacrifices… Yaiba réussira-t-il à toutes les passer pour obtenir la perle ?

Le choix de Yaiba semble avoir porté ses fruits, mais Onimaru l'attend de pied ferme pour enfin régler ses comptes avec lui.

Kaguya a une rancune vieille de mille ans envers Ryûjin et Yaiba en fait les frais. Il est prêt à en découdre et prépare sa contre-attaque.