Dans un lycée de Tokyo, tout a l'air de bien se passer jusqu'au jour où un étrange message apparaît sur tous les écrans. Le lendemain, la plupart des habitants sont morts, et les survivants vont devoir tenter de comprendre ce qui s'est passé.

Les filles survivantes essaient tant bien que mal de survivre, certaines en groupes, d'autres en solitaires, et tout le monde essaie de tirer son épingle du jeu pour échapper à la mort lors de la prochaine échéance.

Saneatsu explique à Saya qu'il a vu Sudô, et pendant que les survivants tentent de sympathiser, ils essaient de mettre en place une stratégie pour démasquer le traître.

Kazuhiko et Omi sont toujours poursuivis par leur prof, mais un événement inattendu se produit, et ils font la rencontre d'un garçon bien curieux qui dit posséder un droit particulier.

Iruga continue à révéler à Saneatsu et ses amis des informations sur son passé et les origines de certaines personnes en échange d'une demande difficile à satisfaire.

Eren a disparu, Tôjûrô présente Rika à l'équipe de Saneatsu, Saya trouve un privilège, et le professeur Shinozaki pense qu'il vaut mieux tenter de rejoindre lui aussi le groupe de Saneatsu.

À la suite des révélations sur le passé de Saneatsu, celui-ci déclare qu'il ne peut plus rester avec les autres. Pourtant, ses nouveaux camarades lui donnent leur confiance pour affronter la suite, qui s'avère difficile à appréhender.

Maintenant qu'ils peuvent enfin discuter en direct avec Midô, Saneatsu et ses camarades vont l'interroger pour en apprendre le plus possible à propos de la majorité manquante. Cependant, Midô, même s'il répond aux questions, semble avoir un plan bien à lui derrière la tête.

L'heure de l'assaut approche, et les équipes qui vont faire diversion se tiennent prêtes à jouer leur rôle pour soutenir celles qui vont attaquer les centrales.

L'équipe Saneatsu est maintenant arrivée chez l'empereur, et il va leur falloir faire attention à chaque mot et chaque geste pour arriver à prendre le dessus sur leur ennemi.

Après un résumé de la situation expliqué par Gobô et Nishime, les survivants continuent à tenter de préparer leur avenir dans un monde où énormément de gens ont disparu et où le danger est omniprésent.

La créature de Sôma a bien transporté Raion vers les survivants qui entourent le faux empereur Gobô, mais il va maintenant devoir faire ses preuves pour se faire accepter par le groupe.

Après s'être souvenu de son passé, Raion finalise ses présentations avec ses nouveaux camarades qui lui expliquent la situation un peu plus en détail. Ils décident ensuite de partir à la recherche de celle qui se fait appeler la reine.

Pendant que Shinozaki exprime des doutes envers Raion, la reine prépare ses pions pour prendre le dessus sur ses adversaires, quels que soient les moyens employés.

Raion, Ryûta et Omi se trouvent confrontés à Naito et Meguru au pied de la tour de l'empereur, et ils engagent le combat, mais leur méconnaissance des pouvoirs de leurs adversaires les désavantage. C'est alors qu'apparaît une aide providentielle.

Yagihashi, après l'interrogatoire, présente à ses compagnons une grande partie de ce qu'il sait à propos de la reine et de ses sbires. Ensuite, il faut préparer l'attaque, ce qui demande beaucoup de stratégie.

Les subordonnés de la reine ont changé de quartier général, mais grâce à de nouveaux alliés, ils pensent pouvoir attaquer leurs adversaires. Ceux-ci tentent d'échafauder plusieurs plans pour contrecarrer les ambitions de la reine.

Pendant que Ren Iruga vient mettre en garde les ennemis de la reine en leur expliquant la façon dont elle fonctionne, celle-ci se prépare à leur porter le coup de grâce avec l'aide de l'empereur.

Raion demande des explications à Yagihashi et Sudô pour ensuite tenter de s'approcher de l'empereur et de la reine, pendant qu'un nouvel ennemi disposant de pouvoirs particuliers est approché par l'empereur qui tente de son côté d'acquérir de nouveaux pouvoirs.

Du côté des proches de la reine, on se méfie encore de Raion, à juste titre. De plus, ils tentent aussi de mettre à l'épreuve leurs nouvelles recrues en leur confiant des missions censées les convaincre de leur loyauté.

Raion revient avec l'empereur auprès de la reine, où il apprend ce qui s'est passé. De retour chez ses amis, il est mal reçu, mais grâce aux informations d'Ebina, il va pouvoir se joindre à ses camarades pour préparer la suite.

La reine se souvient de sa rencontre avec Kô et de son don particulier. Maintenant que Raion est là, Iruga dévoile enfin où se trouve Teppei, et la confrontation finale commence.

Raion continue son double jeu pour tenter d'éliminer petit à petit les sbires de l'empereur et de la reine tout en gardant leur confiance.

Saneatsu se réveille, et guidé par ses alliés, il va devoir accomplir sa dernière mission pour que les méfaits de l'empereur et de la reine puissent prendre fin.