Nicole doit être réparée et le seul endroit pour obtenir les pièces nécessaires est Robotropolis. Là, Sally entre dans la zone interdite et découvre un sorcier nommé Lazar. Robotnik vole ses sorts et réveille Lazar, qui pense que Sonic est le vrai voleur. Sonic dit qu'il récupérera les sorts, mais il devra le faire sans sa vitesse.

Lors d'un raid sur une usine de Robotropolis, Sally capte un message provenant du Dark Swamp, qui la conduit, elle et Antione, à la recherche de son père. Pendant ce temps, Sonic se précipite pour les sauver ainsi qu'un ami capturé.

Sally se fait attraper par SWATbots à Robotropolis. Lorsque Sonic tente un sauvetage, il ramène en fait un double robot de Sally créé par Robotnik. Seul Tails soupçonne que quelque chose ne va pas, mais personne ne le croit.

Antoine devient jaloux de Sonic et veut impressionner Sally. Il arrive à la conclusion que la seule chose à faire est de capturer Robotnik.

Les Freedom Fighters tombent sur un train en direction d'une mine de cristal et Sonic trouve son oncle Chuck robotisé à bord. Sonic utilise un anneau de puissance pour restaurer temporairement le libre arbitre de l'oncle Chuck et il explique que Robotnik recherche un cristal puissant, qui détruira l'écosystème s'il est retiré.

Sonic fait des cauchemars où Sally est robotisée. Pendant ce temps, Sally, Bunnie et Antoine partent en mission pour empêcher Robotnik de créer des nuages ​​de pluie acide. Lorsqu'ils sont capturés, Sonic doit vaincre ses peurs pour les sauver.

Sonic, Sally et Antoine sont sur le point d'être capturés lorsqu'une chèvre nommée Griff les sauve et les emmène dans une ville souterraine nommée Lower Mobius. Inconnu des Freedom Fighters, Lower Mobius a une source d'alimentation défaillante, alors Griff complote pour voler la pierre de puissance.

Robotnik a activé le satellite Skyspy pour trouver Knothole. Sonic et Rotor travaillent pour éliminer le Skyspy avant qu'il ne soit trop tard.

Les combattants de la liberté se rendent dans une ville de montagne nommée Maga pour trouver les parchemins secrets. Pour les obtenir, ils doivent passer plusieurs tests ainsi que Robotnik, Snively et SWATbots.

Robotnik, en train de forer du pétrole, tombe sur une super eau de croissance et réveille un monstre kraken. Cela provoque la mort de la forêt et le kraken kidnappe Sonic, Sally et Antoine, laissant Rotor sauver la situation.

À Robotropolis, Sonic rencontre son chien de compagnie robotisé, Muttski. Pendant ce temps, les Freedom Fighters doivent défendre la Grande Forêt des Buzzbombers

Tails trouve un bébé terrapode perdu dans la forêt. Les combattants de la liberté tentent de ramener le bébé et de protéger son troupeau de Robotnik.

Robotnik et Snively annoncent une course qui se tiendra à Robotropolis. Sonic ne peut pas s'en empêcher et entre dans la course, où il doit affronter un chat robot construit pour être plus rapide que lui.

Les Freedom Fighters testent un déroboticiseur sur Bunnie. Lorsqu'il réussit, Sonic décide qu'il est temps de sauver son oncle Chuck.

Les Freedom Fighters sauvent un bélier nommé Ari, qui dit que son équipe est détenue par Robotnik. Ari, cependant, a conclu un accord avec Robotnik et fait capturer Sonic.

Un rayon fait perdre la mémoire à Sonic et Snively lui fait croire que les combattants de la liberté sont diaboliques. Snively dit à Sonic de localiser Knothole afin qu'il puisse envahir.

Sonic souhaite que Robotnik soit arrêté avant de prendre le relais et Dulcy suggère qu'ils utilisent les pierres du temps sur l'île flottante pour faire exactement cela. Après une série de tests, Sonic et Sally utilisent les pierres pour revenir un jour avant la prise de contrôle de Robotnik. Mais réussiront-ils ?

Sonic et Sally n'ont pas réussi à empêcher Robotnik de transformer Mobotropolis en Robotropolis. Maintenant, ils doivent sauver leur passé et leurs amis du robot ainsi que l'emplacement futur de Knothole.

Antoine, le roi: Antoine devient le roi des Nasty Hyenas, mais ignore qu'ils vont le manger. Camping sauvage: Sonic, Tails et Antoine partent en camping. La nuit, Tails découvre qu'Antoine est parti et pense qu'un monstre est à proximité.

Lorsque Dulcy quitte Knothole sans un mot, Sonic et Sally découvrent qu'elle va à Dragonsnest. Robotnik a également trouvé Dragonsnest et prévoit de capturer et de robotiser tous les dragons.

Dans le Grand Inconnu, Sonic échappe à peine à un vortex et ramène un étrange anneau de puissance à Knothole. L'anneau transporte Sally et Bunnie dans le vide, tandis que Sonic est allé voir l'oncle Chuck et découvre le plan ultime de Robotnik.

Drôle de couple: Lorsque la cabane de Sonic est détruite dans un accident anormal, Sonic et Antoine sont obligés de devenir colocataires. Robecca: Antoine active accidentellement le robot de Rotor, qui a le béguin pour Antoine.

Sonic, Sally, Antoine et Dulcy recherchent la meute de loups pour former une alliance. Pendant ce temps, le travail sur le projet secret Doomsday de Robotnik se poursuit.

Robotnik cherche les parchemins Drood Henge, qui donnent l'emplacement des deux puissantes Deep Power Stones. Oncle Chuck en avertit Sally et Sonic et Tails découvrent que Robotnik a déjà l'une des pierres. Les Freedom Fighters doivent maintenant trouver le second avant qu'il ne soit trop tard.

Robotnik soupçonne les Freedom Fighters d'avoir un espion quelque part à Robotropolis et découvre qu'il s'agit de l'oncle Chuck. Antoine se fait capturer en essayant de l'avertir et c'est à Sonic de sauver la situation.

Robotnik publie les pods Doomsday partout sur Mobius. Alors que la planète entière est en danger, tous les combattants de la liberté se rassemblent partout et Sonic se prépare pour la bataille finale.