Fan inconditionnelle de magical girls, et notamment des Tres Magia, Utena Hiiragi est un jour approchée par une drôle de créature nommée Venalita, qui lui offre un pouvoir de transformation. Imaginant être devenue une magical girl, Utena déchante rapidement en réalisant qu’elle va désormais faire partie d’Enormita, une organisation maléfique contre laquelle luttent les Tres Magia…

Devenue malgré elle un cadre d’une organisation maléfique, Utena commence à prendre conscience de son penchant pour le sadomasochisme. Confrontée une nouvelle fois aux magical girls, elle va de plus en plus laisser sa nature profonde prendre le dessus…

Venalita conduit pour la première fois Utena à Nacht base, le quartier général d’Enormita. La jeune fille y fait la connaissance de Kiwi Araga, un membre de l’organisation qui ne tarde pas à l’agresser…

Ayant raté ses examens, Utena doit absolument réussir l’épreuve de rattrapage, sous peine de voir tous ses produits dérivés des magical girls finir à la poubelle. Décidée à rentrer tôt pour réviser, elle va malheureusement être contrainte à combattre Magia Magenta.

Convoquées à Nacht base par Venalita, Utena et Kiwi font la connaissance de Korisu Morino, une fillette que la mascotte vient tout juste de recruter. Cette nouvelle partenaire dispose d’un redoutable pouvoir, et les Tres Magia ne vont pas tarder à en être victimes…

Haruka rencontre Korisu toute seule dans un parc avec sa poupée et décide de jouer avec elle. Toutes les deux s’amusent bien, mais la collégienne est contrainte de partir pour aller faire des courses. Attristée, Korisu se transforme et met au point une stratégie qui va mettre Magia Magenta dans une drôle de situation…

Après de récentes batailles avec Enormita, Azure se demande pourquoi elle n'arrive pas à garder la tête droite. Volant du temps pour elle-même, elle se retrouve dans une situation compromise.

Utena, Kiwi et Korisu se rendent à Nacht base et font la connaissance de Lord Enorme, Loco Musica, Sister Gigant et Leberblume, les membres historiques d’Enormita. Cette rencontre va prendre une tournure des plus inattendues…

Tandis que les Tres Magia s’entraînent, Utena, Kiwi et Korisu partent prendre leur revanche sur le groupe Lord. Elles trouvent Loco Musica alors en plein concert, point de départ d'un combat acharné…

Convoquées par Utena, Loco et Leberblume se retrouvent enfermées dans une maison de poupée et privées de leurs pouvoirs. Afin d’en sortir, elles vont devoir satisfaire Magia Böse d’une manière assez particulière…

Pendant que ses alliées tentent de protéger la ville infestée de monstres, Magia Böse se rend à Nacht base pour y affronter Lord Enorme et mettre un terme à ses ambitions de conquête du monde.

Désormais à la tête d’Enormita, Utena a le moral en berne malgré sa victoire sur Lord. Apprenant que les Tres Magia s’affairent à reconstruire la ville ravagée par la bataille, elle se rend sur place et tombe sur Magia Azur…

Utena, Kiwi, Korisu, Matama et Nemo profitent d’un séjour à la mer et y croisent par hasard Haruka, Sayo et Kaoruko. Tout ce petit monde passe du bon temps ensemble, jusqu’au moment où Kiwi fait la bêtise de se transformer…