Pour poursuivre ses études, Uryû part vivre dans un sanctuaire où logent trois prêtresses, toutes sœurs. Le hic, c’est qu’Uryû n’est pas très croyant et plutôt terre à terre, ce qui va entraîner quelques situations compliquées.

Uryû et les sœurs Amagami apprennent qu’un mariage est censé lier le jeune homme à l’une des filles. C’en est trop pour Yuna qui compte bien faire en sorte qu’Uryû ne reste pas au sanctuaire.

Uryû se voit contraint de participer à un rendez-vous arrangé avec chacune des prêtresses. Le jeune homme n’est pas au bout de ses peines, les filles ayant toutes leur propre caractère.

Le sanctuaire accueille pour le thé un sombre individu qui finance les lieux. Le verdict est clair : si la prochaine grande fête est un échec, le sanctuaire sera vendu. Uryû élabore un plan.

C’est le grand jour ! Uryû et les prêtresses espèrent accueillir au moins 5 000 visiteurs à la fête du sanctuaire. Toutefois, cela semble mal parti. En effet, un faux compte a annoncé l’annulation de l’événement !

La vie reprend de plus belle au sanctuaire. Uryû a du mal à se remettre du baiser sur la joue que Yae lui a fait la veille. Asahi décide d’enquêter pour savoir ce que ressent sa sœur.

Uryû continue de faire des rêves étranges et a peur que ceux-ci se réalisent. Les filles se rendront au sanctuaire d’Arashiyama afin de demander conseil à celle qui les a éduquées en tant que prêtresses.

En voulant rentrer, Uryû tombe enfin sur Yae. Leur échange menant presque à la catastrophe, Uryû doit passer la nuit à l’auberge avec les filles, lui qui voulait éviter que son rêve prémonitoire ne se réalise…

Yomiko raconte à Mahiru le passé des trois sœurs, lors de leur formation de prêtresses. Si les filles souhaitent poursuivre dans cette voie, Yomiko reste perplexe. Et le rôle d’Uryû dans l’avenir du sanctuaire est important.

L’été touche à sa fin et les cours reprennent. Uryû intègre un nouveau lycée et tombe forcément dans la même classe que Yuna. Cette dernière est catégorique : ils ne doivent surtout pas s’adresser la parole à l’école.

Uryû est contraint d’accompagner Yae à une soirée avec des gens de son âge, par peur qu’elle ne fasse n’importe quoi. Il en apprendra alors un peu plus sur la jeune femme et rencontrera même sa meilleure amie Makoto.

En pleine visite du sanctuaire Inari, Uryû fait tout pour essayer de trouver un moment seul avec Yae, malgré les avertissements de Makoto. Toutefois, rien ne se passe comme prévu.

En cherchant Yae, Uryû se remémore leur vraie rencontre, quand ils étaient encore petits et que Yae avait une autre identité. Il est temps pour Uryû de connaître le passé de l’aînée des trois sœurs.

La fête de Tanabata approche au sanctuaire, et les élèves de la classe d’Asahi écrivent chacun un vœu pour qu’il se réalise. En plus des préparatifs de la fête, Asahi doit également se concentrer sur sa prochaine course.

Coincés dans une boucle temporelle, Uryû et Asahi revoient leur stratégie. La prêtresse décide de participer à la fête plutôt qu’à la course.

Toujours bloquée dans la boucle temporelle, Asahi reçoit la visite de Karen. Cette dernière compte bien mettre au défi sa rivale à la course !

Toujours pour réaliser son rêve, Uryû poursuit ses études avec acharnement. Les prêtresses, quant à elles, ont quelque chose à lui avouer…

Uryû a de la fièvre, et Yuna finit par le suivre dans cette peine. Mais ce n’est rien par rapport à ce que les esprits ont préparé pour eux ensuite…

Toujours dans le corps l’un de l’autre, Uryû se rend compte qu’il ne connaît pas tant que ça Yuna, finalement.

Yuna avoue ses rêves à Uryû, qui la motive à sa façon. La fête du lycée approche, et leur spectacle également…

Shirahi révise avec Uryû et souhaite passer plus de temps avec lui. Mais les prêtresses occupent tout l’espace du garçon.

Piégé dans une autre réalité, Uryû est avec Shirahi et ses études se passent bien. Mais ça ne lui convient pas.

Alors qu’Uryû se rapproche des sœurs, Shirahi s’interpose. Il est temps de connaître la vérité derrière ses intentions.

Uryû et Shirahi, accompagnés des sœurs Amagami, demandent l’aide de Yomiko pour retourner dans leur monde.