Un jeune homme se réveille nu dans une forêt sans savoir d'où il vient ni qui il est. Appréhendé par la police alors qu'il erre dans la ville, il est placé dans une institution pour jeunes. Nicole Trager, psychiatre au sein de l'établissement, fait la connaissance de cet étrange jeune homme qui semble muet et qui ne possède pas de nombril. Mais Nicole se rend compte qu'il possède de surprenantes capacités et décide de l'accueillir quelques jours chez elle au grand dam de son mari et ses enfants...

Kyle ne trouve pas le sommeil et ne comprend pas l'utilité de dormir. Il profite que la maisonnée est endormie pour continuer à découvrir le monde qui l'entoure et ses merveilleuses sensations... Soucieuse du bien-être du jeune garçon, Nicole l'emmène consulter des spécialistes...

Stephen emmène Kyle avec lui au bureau où il a rendez-vous avec son patron... La police informe Nicole qu'un squelette a été découvert dans les bois, près de l'endroit où a été retrouvé Kyle. Le jeune homme aurait-il été témoin d'un meurtre, traumatisme qui expliquerait son amnésie ?...

Lori et Josh emmènent Kyle à la piscine. Pendant que Josh se rince l'oeil, Lori joue l'indifférente avec Declan, et Kyle découvre son attirance pour Amanda, la jolie et jeune voisine...

C'est le premier jour d'école pour Kyle ! L'adolescent est intrigué par ce nouvel univers qui l'entoure. Considérant le dossier du jeune homme, le proviseur est assez réticent à l'admettre dans son établissement. Kyle doit commencer par passer des tests d'aptitudes pour établir son niveau... Pour Lori et Josh, il s'agit d'une nouvelle journée de survie au lycée...

Declan débarque en pleine nuit chez les Trager... Kyle commence à avoir des flashs, des bribes de souvenirs. Ce qui inquiète Tom Foss, qui n'a pas cessé de surveiller le jeune homme... Pour son anniversaire, Lori est bloquée à la maison avec sa famille, en raison du mauvais temps...

Kyle désespère de voir sa mémoire lui jouer ainsi des tours. Il a bel et bien rêvé du Professeur Kern, porté disparu. Aurait-il été témoin de son meurtre ? Nicole propose au jeune homme d'oublier cette affaire et de se détendre un peu. Kyle se découvre alors un don pour le basket. Impressionné par son adresse au jeu, Charlie le convainc de rejoindre l'équipe...

Après une séance d'hypnose peu concluante, Kyle est déterminé à retrouver la mémoire. Il accompagne Lori et Declan à l'université de Washington pourrechercher quelques indices sur le Professeur Kern disparu. Le jeune homme est persuadé être lié à lui d'une façon ou d'une autre...

Kyle se découvre la faculté de lire sur les lèvres et entendre les conversations à longue distance... Nicole s'interroge sur sa relation avec Kyle. Elle craint de ne plus être assez objective pour l'aider... Declan convainc Kyle de chercher à en savoir plus sur le mystérieux Tom Foss... Hillary a un petit ami secret auquel elle semble attacher pas mal d'importance...

Alors qu'il est hospitalisé, Kyle voit débarquer un couple qui prétend être ses parents. Mais pour le jeune garçon, ils sont des inconnus. Kyle refuse de quitter les Trager qu'il considère comme sa seule famille. Tout reste si obscur ; Kyle a besoin de réponses...

Kyle apprend par Adam Baylin la vérité sur ses origines : il est le fruit d'une expérience visant à prolonger le temps de gestation d'un embryon afin de développer les capacités du cerveau. Les deux hommes vivent cachés pour échapper à Zzyx. Et Tom Foss est chargé de la sécurité des lieux. Si Kyle apprend beaucoup près de Baylin, les Trager lui manquent énormément. Il ne peut se résoudre à rompre définitivement le contact avec eux. La famille Trager pense que Kyle vit avec ses parents. Seul Declan est dans la confidence...

Zzyzx a été détruite, et XX est parvenue à s'échapper. Elle erre, désemparée, dans la nature. Madacorp, à qui appartenait le Centre Zzyzx, engage Emily Hollander pour retrouver XX et ainsi empêcher que soient découvertes les recherches qui y étaient menées... Kyle est de retour chez les Trager. Il déteste avoir à leur mentir, mais il ne peut faire autrement. Les impliquer serait les mettre en danger !

Kyle aimerait tant retrouver une vie normale auprès des Trager, mais Tom Foss le pousse à accepter son extraordinaire destinée et s'entraîner pour que le mental domine le corps. Pendant ce temps, Madacorp, qui a decouvert que le sujet XY était toujours en vie, décide d'utiliser XX pour entre en contact avec lui... Lori désespère : elle ne comprend pas pourquoi Declan l'évite...

Tom continue de mettre la pression sur Kyle pour qu'il redouble d'efforts. Cet entraînement perturbe la vie de la famille : les absences répétées du jeune homme ne sont pas du goût des Trager... Stephen perd son travail : il est d'autant plus mal qu'il avait promis à son fils de lui offrir une voiture pour son anniversaire... De son côté, Declan, toujours tourmenté d'avoir été mis à l'écart sans explications, cherche à percer le secret de Kyle...

Kyle est malheureux du comportement froid et distant d'Amanda... Emily introduit Jessi chez les Trager. La jeune femme est la nouvelle patiente de Nicole, une adolescente qui a du mal à s'intégrer dans ce nouvel environnement et à se faire des amis...

Après avoir eu une vision, Kyle pense qu'il peut prédire l'avenir... Stephen se prépare pour son premier jour de travail chez Matacorp... Et Jessi poursuit ses séances avec Nicole...

Ravie de la surprise que lui a réservé Kyle, Amanda lui propose d'aller ensemble au bal de l'école... Jessi redoute son premier jour dans une école où elle ne connaît personne. Emily espère qu'elle se rapprochera de Kyle. Elle y retrouve plutôt Declan...

Lori a été agressée et Declan pense que Foss est responsable. En plus, celui-ci a comme par hasard disparu... Stephen reçoit des nouvelles alarmantes. Son père, avec lequel il ne se parle plus depuis des années, a été hospitalisé à la suite d'une attaque. Actuellement dans le coma, son état est grave. Kyle souhaiterait tant pouvoir faire quelques chose pour Stephen... Jessi confie à Nicole qu'Emily est très autoritaire avec elle...

Foss est de retour ! Bien qu'il nie avoir un lien avec l'agression de Lori, il n'a aucune explication à donner à Kyle sur sa soudaine disparition... Lori organise un week-end camping dans les bois. Declan s'inquiète vu que l'endroit choisi est le lieu où était implanté Zzyzx...

Kyle est nerveux ! Il a invité Amanda à dîner chez les Trager. De retour d'un voyage professionnel, Stephen amène à l'improviste son patron, Ballantine, au même dîner. Durant le repas, Kyle remarque au doigt du patron de Madacorp, la bague de Baylin, bague qui pourrait bien être la clé de la mystérieuse boîte laissée par Baylin. Une drôle de coïncidence...

La mystérieuse boîte renfermait une photo de Baylin jeune en compagnie d'une femme ressemblant trait pour trait à Jessi. Kyle, qui sentait bien une sorte de connexion entre la jeune femme et lui, décide d'en savoir plus... La famille Trager se rend à une fête organisée pour récolter des fonds pour le cancer. Le prix à gagner est une voiture dernier modèle, que Josh est déterminé à remporter. A la déception de Nicole et Lori, Stephen est contraint d'abandonner sa famille. Sa présence est exigée chez Madacorp, où Ballantine s'apprête à tester sa machine expérimentale sur un sujet...

La fuite de Jessi crée des tensions dans la famille Trager, obligeant Nicole à prendre des mesures préventives. Kyle culpabilise. Tous ces problèmes ne sont que des conséquences liées à lui. Doit-il voler au secours de Jessi alors que Lori est persuadée qu'elle est mauvaise ? Au milieu de tout ce stress, Kyle ne parvient pas à trouver une solution...

Kyle retrouve Jessi à temps. Il tient à l'aider à trouver des réponses. Foss les met sur la piste... Pendant ce temps, Madacorp tente de les localiser, et les Trager cherchent à comprendre le mystère qui entoure Kyle. Celui qu'ils considéraient comme un membre de la famille se révèle être un étranger avec bien des secrets et des mensonges...

Après avoir récupéré malgré elle les infos de Zzyx dans la tête de Kyle, Jessi saute du haut du barrage pour en finir avec tout ça. Accablé par la tournure des événements, Kyle rentre chez les Trager et leur raconte toute la vérité à son sujet. Ensemble, la famille va pouvoir affronter Madacorp...

Jessi vit désormais avec Brian Taylor, son père. Et Emily Hollander, à la tête de Madacorp, propose à Stephen de conserver son emploi... Au lycée, c'est le forum des métiers, et chaque élève est invité à s'interroger et se renseigner pour choisir son avenir. Les possibilités qui s'offrent à Kyle sont beaucoup trop nombreuses pour s'arrêter sur un seul choix. Quant à Jessi, souffrant d'être mise à l'écart, elle veut faire quelque chose d'incroyable pour attirer l'attention...

Kyle est agréablement urpris par le retour inattendu d'Amanda. Celle-ci tient à le voir pour lui parler. Les membres de la famille Trager sont unanimes. Une telle approche ne présage rien de bon...

Sur un coup de tête, Amanda s'est enfuie de l'aéroport. Elle trouve refuge dans la chambre de Kyle, en attendant d'affronter sa mère au petit matin. Les choses se compliquent le lendemain avec l'arrivée d'une assistante sociale venue évaluer, à la suite d'une plainte, si Kyle était un élément perturbateur...

Amanda décroche un boulot au Rack. Sa première journée va-t-elle bien se passer ? D'autant plus que Josh est le patron de la boutique en l'absence du responsable. Cette journée, censée être calme, devient vite hors de contrôle... Brian assure Jessi qu'elle ne peut compter sur Kyle...

Sur les conseils d'Adam Baylin, Kyle tente d'aider Jessi. Il l'emmène visiter l'université où a étudié sa mère, Sarah, pour en apprendre davantage sur elle... Lori et Hillary proposent d'aider Amanda à trouver un DJ pour le bal de promo du lycée, dont elle doit assurer l'organisation... Quant à Josh et Andy, leurs relations s'envenniment...

Kyle ne comprend pas ce qu'il lui arrive. Le jeune homme semble surmené et incapable de venir en aide à sa famille et à ses amis. Sa tête lui jouerait-elle des tours ?

Avec sa progression spectaculaire, le Principal Hooper soupçonne Josh d'avoir triché aux examens. Il semblerait que de nombreux élèves soient dans le même cas. Les réponses auraient été postées sur un site internet... Taylor continue de pousser Jessi à dépasser ses limites. Kyle reçoit des messages anonymes sur son ordinateur. Son interlocuteur lui demande de venir en aide à Jessi...

Kyle fait la connaissance de Sarah. Celle-ci le met en garde contre Brian Taylor, qui utilise Jessi pour regagner les faveurs de Latnok. Elle lui demande d'aider Jessi à voir le vrai visage de Taylor... Pendant ce temps, tout le monde s'active dans les préparations du bal de promo...

Depuis qu'il a appris qu'il est surveillé par Latnok, Kyle ne se sent pas rassuré. Mais il a d'autres préoccupations en tête : faire en sorte que le bal de promo d'Amanda soit parfait. Ce qui n'est pas une mince affaire, vu le nombre de paramètres à prendre en compte dans l'équation... Quant à Jessi, elle est heureuse d'avoir trouvé sa mère. Celle-ci lui propose cependant de quitter la ville...

Après l'enlèvement d'Amanda, Kyle tente de la retrouver, mais il est capturé par Latnok. Il réussit tout de même à s'évader et est déterminé à retrouver celle qu'il aime...

Kyle a peur pour la vie d'Amanda après son face à face avec Latnok. Il va devenir sur-protecteur suite à la rencontre d'une intrigante médium et d'un sale cauchemar ce qui n'est pas forcément du goût d'Amanda.

Kyle découvre que Latnok a introduit quelque chose dans le cerveau d'Amanda pour qu'elle oublie son enlèvement. Mais cela lui donne des maux de tête et l'empêche de mémoriser sa partition pour son audition. Lori et Mark se rapprochent et se perdent aussitôt. Josh a de plus en plus de mal à supporter l'absence d'Andy.

La relation entre Kyle et Amanda devenait de plus en plus difficile et les deux personnages ont fini par se quitter. Kyle a beaucoup de mal à digérer cette rupture et va dans un bar en compagnie de Josh et de Declan, où il commence à boire.

Alors qu'ils se rendent à un congrès de psychologie, Nicole, Kyle et Josh ont un accident de voiture. Nicole est gravement blessée et la conductrice de l'autre voiture est enceinte, sur le point d'accoucher.

Kyle, dans un effort pour payer sa dette à Latnok, rencontre Cassidy à l'Université. Cassidy lui présente le nouveau Latnok qui est un endroit où les esprits les plus brillants du campus travaillent vers des avancées en science et technologie.

Kyle et Jessy sont chargés de trouver un thème pour la soirée de Latnok. Kyle dévoré par la jalousie, parce qu'Amanda semble s'intéresser à Nate, propose de faire porter à tous les invités un cristal qui donnera une couleur particulière en fonction de l'ADN de chacun et leur permettra de trouver la personne qui leur correspond, leur âme soeur.

Kyle et Jessi sont persuadés qu'il est arrivé quelque chose à Sarah. en revivant ses souvenirs, Jessi, guidée par Kyle, essaie de trouver des indices sur les lieux où elle l'a vue pour la dernière fois. Lori et Hillary, piégées par Declan, sont obligées de se réconcilier. Josh joue ses dernières cartes pour éviter le départ d'Andy.

Kyle souhaite se rapprocher de Cassidy pour savoir ce qu'il a réellement derrière la tête. Pour l'aider, Nicole et Stephen invitent ce dernier à dîner. Mais Jessi arrive à l'improviste en plein milieu du dîner et fait tout pour mettre Cassidy mal à l'aise. Mais il ne se laisse pas faire et annonce à la famille que Jessi a tué quelqu'un. Après le dîner, Jessi retrouve Cassidy au Rack et s'en prend à lui. Mais Kyle le défend et tue Jessi... en apparence. En faisant croire à Cassidy qu'il lui a sauvé la vie, il compte se rapprocher un peu plus de lui et découvrir enfin son secret.

Les membres de Latnok sont en train de réitérer l'expérience d'Adam, et comptent fabriquer des dizaines de clones de Kyle, qu'ils considèrent comme un être parfait. Kyle et Jessi décident de les en empêcher. Mais Cassidy a appris que Jessi était en vie et que Kyle lui avait menti. Il le retrouve chez lui et menace de tuer tous ses proches, en commençant par Jessi. Poussé dans ses retranchements, Kyle s'acharne sur Cassidy. Mais au moment où il est prêt à l'achever, celui-ci lui fait une incroyable révélation.