Il n'y a que cinq élèves dans toute l'école. Le lycée d'Abydos, entouré par le désert, est au bord de la fermeture. Pour lutter contre ce fléau, ils travaillent tous les cinq au sein d'une « task force ». Un jour, Shiroko, une élève, rencontre un adulte. Il s'agit d'un "Sensei" envoyé par le Conseil Fédéral des Etudiants.

Après avoir rencontré Sensei, la Task Force commence à entrevoir un espoir d'empêcher la fermeture de leur école. Ils ont même vaincu le gang des casques qui s'approchait, et leurs espoirs grandissent peu à peu. Cependant, une seule d'entre elles, Serika, semble incapable d'accepter son professeur. C'est alors que le danger s'approche d'elle ?!

La Task Force et le Sensei tentent de résoudre le problème, mais le montant de la dette est si important qu'ils soupirent. Incapables de trouver une solution, ils se rendent dans un magasin de ramen et sympathisent avec un groupe de filles qui se font appeler « Problem Solver 68 », un groupe de hors-la-loi. Le lendemain, cependant, « Problem Solver 68 » commence à attaquer le lycée Abydos !

L'équipe spéciale d'Abydos se rend au « Marché noir », une zone de non-droit bien connue, à la recherche d'indices sur le gang des casques qui les a attaqués. En enquêtant avec « Hifumi », une fille de l'école générale Trinity qu'ils ont rencontrée par hasard, ils découvrent qu'il est possible que l'argent remboursé soit écoulé dans un marché noir. Là, Shiroko s'écrie soudain : « On va braquer la banque ! ».

Après l'échec de leur attaque sur Abydos, les Problem Solver 68 préparent actuellement leur prochaine action. D'un autre côté, leur chef, Aru, lutte contre la différence entre son idéal et la réalité. Pendant ce temps, Shiroko et son équipe s'enfuient de Black Market et décident de laisser la grosse somme d'argent qu'ils ont acquise par inadvertance lors de leur casse. Pendant ce temps, un événement important se produit au restaurant à temps partiel de Serika, Shiba Seki Ramen.

Shiroko et les autres sont confrontés à l'équipe de préfets de l'Académie Gehenna. Leur cible était Problem Solver 68, un groupe d'enfants à problèmes de la même école. L'équipe des préfets a demandé leur extradition, mais la Task Force a refusé. Problem Solver 68, qui a fait exploser Shiba Seki Ramen, ne peut être livré aussi facilement. Face à l'équipe des préfets, la Task Force et Problem Solver 68 s'associent pour passer à l'action.

Après la bataille contre l'équipe des préfets et les adieux à Problem Solver 68, la vie quotidienne reprit enfin son cours à Abydos. Les filles de la Task Force rendent visite au propriétaire du Shiba Seki Ramen et apprennent une vérité choquante. Pendant ce temps, Hoshino est perdu dans ses pensées d'une manière différente de d'habitude.

A la suggestion de Hoshino, la Task Force et Sensei décident d'aller à l'aquarium. Les filles passent un moment paisible ensemble, comme si les jours de combat n'avaient été qu'un mensonge. Hoshino semble s'amuser autant que les autres, mais Shiroko ressent un léger malaise. Déterminée, elle prit certaines mesures.

L'équipe spéciale apprend que les terres d'Abydos n'appartiennent pas à Abydos. Que prépare l'actuel propriétaire du terrain, la Kaiser Corporation ? Pour le savoir, Shiroko et les autres se rendent dans le désert d'Abydos.

La lettre laissée par Hoshino décrit son passé et ses sentiments. Shiroko s'enfuit de l'école sans réfléchir, mais à ce moment-là, la Kaiser Corporation attaque le lycée d'Abydos. Alors que la Task Force se trouve dans une situation délicate à cause de cette attaque soudaine, les « filles » apparaissent devant eux.

Sensei rencontre Black Suit en tête-à-tête. Black Suit révèle que, tout comme Sensei, il n'est pas originaire de Kivotos, mais qu'il fait partie d'une organisation appelée Gematria qui recherche et découvre les secrets de Kivotos. Black Suit invite Sensei à rejoindre Gematria, mais il refuse. Il veut sauver Hoshino, qui est toujours son élève puisqu'il n'a jamais signé ni approuvé sa lettre d'abandon. Bien qu'il ne comprenne pas pourquoi Sensei se soucie des élèves, Black Suit abandonne et dit à Sensei que Hoshino est détenue à la base du Kaiser PMC.

Le groupe de travail d'Abydos et Sensei arrivent dans le désert le cœur plein. Pendant ce temps, Hoshino, qui est toujours en captivité, a une certaine idée en tête. La bataille finale pour leur école et leur avenir touche à sa fin.