Des soldats de ZAFT s'introduisent dans la colonie d'Héliopolis afin de dérober cinq prototypes de Mobile Suit mis au point par l'Alliance Terrienne. Le jeune Kira Yamato se retrouve bien malgré lui impliqué dans le conflit.

Grâce à ses capacités de Coordinateur, Kira est parvenu à maîtriser le Strike Gundam et à repousser l'attaque du Ginn de ZAFT. Pendant ce temps, le sous-lieutenant Bajirule fait décoller l'Archangel, tandis que le capitaine La Fraga est lui aux prises avec le commandant Le Creuset, qui dirige l'opération de ZAFT...

Tandis que les forces terriennes se rassemblent sur l'Archangel, ZAFT s'apprête à lancer une dernière attaque et cette fois Asran est de la partie. Kira doit une nouvelle fois monter à bord du Strike Gundam afin de protéger Héliopolis.

Encore sous le choc de la destruction de sa colonie, Kira parvient néanmoins à récupérer une barge de secours renfermant des rescapés, dont son amie Flay. De son côté, le capitaine Ramius doit décider de la prochaine manœuvre.

Cette fois, le combat est inévitable. Pendant que le capitaine La Fraga est parti s'occuper du Vesalius, Kira se retrouve face à l'Aegis, au Duel, au Blitz et au Buster. Asran tente une nouvelle fois de le raisonner et de le convaincre de rejoindre les rangs de ZAFT.

L'Archangel a pu se réfugier à l'intérieur d'Artemis mais à peine est-il arrivé à quai qu'il se retrouve entouré de soldats. Bien que l'Amiral Garcia tente de les rassurer, Maryu et Mu ne tardent pas à avoir des soupçons. Pendant ce temps, Raw tente de trouver un moyen de percer le "Parapluie" afin de pénétrer au cœur de la station.

L'Archangel est parvenu de justesse à s'échapper d'Artemis et se dirige vers la Lune, alors que ZAFT semble avoir perdu sa trace. Pendant ce temps, Raw et Asran sont retournés à leur base pour faire leur rapport. Ils assistent à un discours passionné de Patrick Zala, ministre de la défense et père d'Asran, qui enjoint ses collègues à autoriser la récupération de l'Archangel.

Kira a récupéré une capsule de sauvetage à la dérive. Celle-ci contient un passager qui n'est autre que Lacus Clyne, la fille du président des PLANTs. Cela ne fait pas les affaires de l'Archangel, d'autant plus que le Vesalius est envoyé à la recherche de Lacus. C'est alors que l'Archangel est contacté par l'avant-garde de la 8ème Flotte.

L'Archangel continue de se diriger vers les vaisseaux de l'avant-garde de la 8ème Flotte. A bord de l'un d'entre eux se trouve George Alstar, le père de Flay. Raw, qui n'a pas la moindre envie de laisser échapper sa proie, envoie ses quatre Gundam attaquer l'avant-garde. Lorsqu'elle apprend que son père est en danger, Flay supplie Kira d'intervenir.

La manœuvre désespérée de Bajirule a permis à l'Archangel de s'échapper, mais a suscité la colère d'Asran et de Kira. Lorsque celui-ci retourne sur le vaisseau, il est agressé par Flay, qui lui reproche la mort de son père. Ébranlé, Kira est consolé par Lacus, qui lui apprend qu'Asran est son fiancé.

Alors que l'Archangel se porte à la rencontre de la 8è flotte, Kira passe devant un conseil disciplinaire pour avoir désobéi aux ordres. Pendant ce temps, ses amis se demandent ce qu'il va advenir d'eux une fois qu'ils auront rejoint les Forces Terriennes. C'est alors que l'Archangel est à nouveau attaqué par ZAFT...

Ayant échappé de peu aux Mobile Suit de ZAFT grâce aux prouesses de Kira, l'Archangel a finalement rejoint la 8è flotte. Natale souhaiterait forcer Kira à rester dans l'armée, mais Maryu ne veut rien entendre.

Comprenant que l'Archangel risque de lui échapper pour de bon s'il parvient à rejoindre la Terre, Le Creuset décide de tenter le tout pour le tout et de lancer une attaque massive sur la 8è flotte. Celle-ci se retrouve impuissante face aux assauts répétés des quatre Mobile Suits, surtout sans le soutien de Kira.

La veille de la bataille décisive contre la huitième flotte, Rau, dans sa chambre à bord du vaisseau Vesalius, repensa à tous les événements depuis l'attaque d'Héliopolis, et mentionna George Greene, le premier ajusteur. George Greene était un être humain dont les gènes avaient été modifiés de manière artificielle dès l'étape de l'ovule fécondé. Ainsi, tant sur le plan intellectuel que physique, il était bien supérieur à une personne ordinaire, et ses accomplissements étaient inaccessibles pour le commun des mortels. Lors de sa mission d'exploration de Jupiter à bord d'un vaisseau spatial qu'il avait conçu, George Greene révéla au public son origine. Au fur et à mesure que le nombre d'ajusteurs augmentait, les conflits entre eux et les humains naturels devinrent de plus en plus intenses. Finalement, George Greene lui-même fut tué par un attentat perpétré par un humain naturel.

Encore sous le choc de la destruction de la navette, Kira est parvenu à rejoindre l'Archangel, mais celui-ci a dû dévier de sa route pour le récupérer et il se retrouve maintenant en plein désert, au milieu du territoire ennemi. Frappé de fièvre, Kira se remet lentement à l'infirmerie, veillé par Flay.

L'Archangel se retrouve attaqué en plein milieu de la nuit par les forces de ZAFT emmenées par Andrew Waldfeld, surnommé le "Tigre du Désert". Kira se lance à la rencontre des assaillants, mais, peu habitué à la gravité terrestre et au combat sur sol instable, il éprouve tout d'abord de sérieuses difficultés face aux Bacows.

L'Archangel a été sauvé par l'intervention d'un groupe de résistants et le commandant Ramius décide de discuter avec eux. A sa grande surprise, Kira reconnaît parmi eux la jeune fille qu'il avait sauvé à Héliopolis. De son côté, Andrew Waldfeld décide de lancer une expédition punitive contre la ville abritant les rebelles.

Tassil est la proie des flammes. Les résistants se précipitent afin de porter secours aux habitants. Le commandant Ramius décide de les épauler en envoyant une équipe médicale sur place. Bizarrement, l'attaque de ZAFT n'a fait aucune victime. Cela n'empêche pas un petit groupe de résistants de se lancer à la poursuite des Bacows.

Les résistants se rendent à Banadiyah afin d'acheter des armes et des provisions de toutes sortes. Kira sert de garde du corps à Cagalli. Alors qu'ils prennent leur repas à une terrasse, ils sont abordés par un inconnu qui leur donne des conseils culinaires. C'est à ce moment qu'ils sont attaqués par des hommes armés.

Asran est enfin rentré de mission et il profite d'une permission pour rendre visite à Lacus. Ils discutent de Kira et de la guerre. Pendant ce temps, Patrick Zala et ses alliés radicaux au sein de Conseil Suprême des PLANT mettent au point une nouvelle opération, appelée "Spitbreak", visant à vaincre une bonne fois pour toutes les forces de l'Alliance.

Accompagné des forces rebelles, l'Archangel s'apprête à quitter le désert, mais Andrew Waldfeld, qui a compris leur manœuvre, leur a tendu un piège et le vaisseau se retrouve bientôt pris entre deux feux. Alors que Kira est aux prises avec Waldfeld et son LaGOW, le capitaine LaFraga fait de son mieux pour défendre l'Archangel.

L'Archangel est finalement parvenu à traverser le désert et à atteindre la Mer rouge. Le capitaine Ramyus permet à l'équipage de prendre l'air sur le pont et chacun profite de cette trêve bienvenue. Mais le repos est de courte durée, en effet, ZAFT a envoyé ses forces sous-marines pour tenter une nouvelle fois d'abattre l'Archangel.

Raw Le Creuset est arrivé sur Terre afin de superviser l'opération Spitbreak mais il n'a toujours pas renoncé à détruire l'Archangel et il décide d'envoyer ses quatre Gundams, qu'il place sous le commandement d'Asran, en renfort des troupes marines de ZAFT. En cours de route, l'avion qui transporte Asran croise l'appareil de Cagalli.

L'Aegis d'Asran et le SkyGrasper de Cagalli se sont écrasés sur une petite île. Cagalli tente d'abattre le pilote du Gundam, mais celui-ci se montre plus fort qu'elle et la capture. Une étrange relation va bientôt s'établir entre ces deux personnages entraînés dans une guerre qu'ils n'ont jamais vraiment voulue.

A peine Kira a-t-il été récupéré par ses camarades que les quatre Gundams de ZAFT se lancent à nouveau à l'attaque de l'Archangel. Et cette fois, ils semblent bien avoir l'avantage face à Kira et à Mu. C'est alors que le combat est interrompu par l'arrivée de la flotte de la nation neutre d'Orb.

Depuis que la colonie spatiale d'Héliopolis, située dans le pays neutre d'Ort, a été attaquée, le jeune Kira Yamato, à bord du Strike Gundam, a entamé une fuite désespérée aux côtés du Archangel. Pour échapper à la poursuite implacable de l'armée ZAFT, Kira retrouve à plusieurs reprises son ancien ami, Athrun, sur le champ de bataille. Les deux, pris dans une situation inextricable, sont tourmentés intérieurement, subissant d'innombrables tourments. Les souvenirs défilent comme un film, jusqu'à ce qu'ils arrivent au présent, se préparant à affronter un avenir incertain.

L'Archangel s'est réfugié à Orb et va pouvoir être réparé. En contrepartie, Kira accepte d'aider les techniciens de Morgenroete à configurer un tout nouveau système d'exploitation qui permettra aux Naturels de piloter les Mobile Suits développés par Orb. Pendant ce temps, Asran et ses compagnons sont arrivés sur Onogoro.

Alors qu'Asran et les autres pilotes de Gundam sont toujours à la recherche de l'Archangel, Miriallia, Sai, Kazui et Tolle apprennent qu'ils vont pouvoir recevoir la visite de leurs parents. Kira, lui, en veut toujours aux siens d'avoir fait de lui un Coordinateur et il refuse de les voir. Il décide également de mettre fin à sa relation avec Flay.

A peine l'Archangel a-t-il quitté les eaux territoriales d'Orb pour se rendre en Alaska qu'il se retrouve attaqué par les quatre Gundam de ZAFT. Mais cette fois, Kira et La Fraga sont prêts à les affronter et ils disposent d'un nouvel allié en la personne de Tolle, qui s'est porté volontaire pour piloter le deuxième SkyGrasper.

Complètement dévasté par ce qu'il vient de faire, Kira se renferme de plus en plus sur lui-même et mêmes les paroles apaisantes de La Fraga ne semblent pouvoir le consoler. Asran, lui, est décidé d'en finir une bonne fois pour toutes avec Kira et il lance une nouvelle attaque sur l'Archangel.

Ayant perdu contact avec Kira et Tolle et se trouvant menacé par l'arrivée de Dinns ennemis, l'Archangel doit quitter la zone de combat, non sans que le commandant Ramius ait envoyé un message à Orb avec la dernière position connue du Strike Gundam et du Sky-Grasper. Une mission de secours est organisée, menée par Cagalli.

L'Archangel est finalement arrivé à Josh-A, la base de l'Alaska, qui renferme le QG militaire de l'Alliance. L'accueil réservé à l'équipage n'est pas des plus chaleureux. En effet, le colonel Sutherland ordonne à l'équipage de rester à bord du vaisseau et annonce de plus qu'une commission d'enquête va étudier les actions du Bipède.

La commission d'enquête annoncée se tient comme prévu et il semble d'emblée certain que le colonel Sutherland n'a qu'un but en tête: blâmer Kira, un Coordinateur, pour la destruction d'Heliopolis et la propagation du conflit, malgré les protestations de Ramius et de La Fraga. Pendant ce temps, Miriallia rend visite à Dearka dans sa cellule.

Mu La Fraga, Natale Bajirule et Flay Alstar ont été réaffectés et doivent quitter l'Archangel. Ce dernier est affecté à la flotte de défense de l'Alaska. C'est à ce moment que ZAFT lance l'Opération Spitbreak, mais la cible n'est pas celle qu'on attendait. Pourtant, malgré ce changement de plan, le haut commandement de l'Alliance semble serein.

La bataille fait rage autour de Josh-A et les victimes sont nombreuses dans les deux camps. Ayant découvert les manigances du haut commandement de l'Alliance, La Fraga retourne à bord de l'Archangel afin de prévenir le commandant Ramius. Mais le Bipède a fort à faire face aux attaques répétées du Duel Gundam.

La manœuvre de l'Alliance terrienne a décimé une bonne partie des forces de ZAFT, ce qui sème la confusion au sein des PLANTs. De plus, Asran apprend de son père que la famille Clyne est accusée de trahison. Refusant de le croire, Asran se lance sur les traces de Lacus.

L'Archangel est retourné à Orb afin d'effectuer des réparations après les dommages subis en Alaska. Pendant que Cagalli retrouve Kira, une étrange relation s'établit entre Miriallia et Dearka. Dans le même temps, ZAFT tente le tout pour le tout et décide de lancer le reste de ses forces sur la base de Panama.

Rendue furieuse par la perte de Panama, l'Alliance a lancé un ultimatum à Orb : soit la nation neutre rejoint l'Alliance, soit elle se verra traitée en ennemie et envahie. Le président Athha refusant de céder, l'équipage de l'Archangel décide de combattre aux côtés des forces d'Orb, tout comme Kira.

Le combat fait rage entre les forces de l'Alliance et celles d'Orb. Les nouveaux Mobile Suits de l'Alliance se montrent redoutables mais deux nouveaux combattants entrent dans la danse: il s'agit d'Asran, aux commandes du Justice Gundam, et de Dearka, qui est parvenu à récupérer le Buster.

Après un bref répit, l'Alliance lance une nouvelle attaque sans même avoir écouté les demandes de dialogue d'Orb. Kira se retrouve rapidement débordé par le Forbidden, le Raider et le Calamity, mais il reçoit un soutien inattendu. De son côté, comprenant qu'Orb ne tiendra pas longtemps, le président Athha ordonne le repli.

Alors que le Kusanagi est enfin opérationnel, Kira et Asran tentent de consoler une Cagalli minée par le chagrin et encore sous le choc des révélations que lui a faites son père. Pressé par Mu, Asran confirme son intention de combattre aux côtés de Kira et de ses amis. Pendant ce temps, sur les PLANT, Lacus continue d'organiser la résistance.

Alors que le Kusanagi et l'Archangel se dirigent vers la colonie spatiale abandonnée Mendel, Asran décide de se rendre sur les PLANT afin de confronter son père. Les retrouvailles entre le nouveau président et son fils sont pour le moins houleuses.

Les forces de l'Alliance terrestre se regroupent sur la base de la Lune et s'apprêtent à lancer une offensive massive sur les PLANT. A cet effet, le nouveau commandant du Dominion entraîne son équipage aux situations de combat. C'est alors que le Dominion se voit confier la mission de traquer et de détruire l'Archangel, avec l'aide du Forbidden, du Calamity et du Raider.

Le combat fait rage entre Asran et Kira d'une part et les trois MS de l'Alliance de l'autre. De son côté, l'Archangel a fort à faire face à un adversaire qui le connait bien. Au milieu de la bataille, La Fraga sent la présence proche de Le Creuset et il décide d'aller explorer les environs, suivi de Dearka. Enfin libéré de ses entraves, le Kusanagi entre dans la danse.

Ayant entraîné La Fraga et Kira au sein des installations abandonnées de Mendel, Le Creuset leur dévoile le terrible secret qu'elles renferment, un secret qui les concerne tous les deux. Pendant ce temps, le Kusanagi et l'Archangel effectuent des réparations de fortune, alors qu'une nouvelle menace se profile.

Le combat fait rage entre l'Archangel et les rebelles d'un côté, et le Dominion et les forces de l'Alliance de l'autre. C'est le moment que choisit Le Creuset pour lancer ses forces dans la bataille. Cependant, il a pris soin avant de larguer une capsule de sauvetage renfermant Flay et des renseignements qui pourraient bien changer la donne.

Grâce aux informations fournies par Le Creuset à Flay, les forces de l'Alliance disposent maintenant d'un armement qui leur permettra de rivaliser avec les PLANT. L'armada de la base lunaire se lance à l'assaut des colonies, en commençant par le satellite de défense de Boaz. Au moment où ZAFT semble prendre le dessus, l'Alliance dévoile son atout.

Face à l'horreur déclenchée par l'Alliance, ZAFT réplique d'égale manière en utilisant Genesis, son arme ultime. Désormais, les deux parties semblent avoir dépassé le point de non-retour et leur destruction mutuelle paraît inévitable. Seul le petit groupe des rebelles semble à présent être en mesure d'empêcher l'annihilation totale de l'humanité.

La moitié des forces de l'Alliance a été anéantie lors du dernier tir de Genesis. Murta Azrael donne alors l'ordre au reste de sa flotte de détruire les PLANT. L'Archangel tente d'intercepter les vaisseaux terriens et se retrouve face au Dominion. Maryu et Natale vont se livrer une bataille décisive.

Pendant que Kira affronte Raw Le Creuset dans un combat sans merci, Cagalli et Asran se dirigent vers Genesis afin de le détruire avant qu'il ne soit trop tard. L'espoir de sauver la race humaine de la destruction semble plus mince que jamais.

En EC 71, Shinn a perdu ses parents et sa petite sœur de façon atroce sur l’île d’Onogoro, lors de l’affrontement entre Orb et l’Alliance Terrienne. Deux ans plus tard, le jeune garçon travaille à Armory 1, sur les PLANT, lieu où Cagalli Yula Athha a justement rendez-vous avec le président Durandal.

Trois nouveaux Mobile Suits ont été volés sur Armory 1. Shinn, à bord de l’Impulse, a pour mission de les récupérer, mais la tâche ne sera pas aisée. Le président Durandal, Cagalli et Asran rejoignent le Minerva qui devra intervenir à son tour…

Le Minerva part à la poursuite de « Bogey 1 », mais leur adversaire est plus redoutable qu’ils ne le pensaient. Par ailleurs, Lunamaria annonce au capitaine Gladys la présence de Cagalli Yula Athha et son garde du corps sur leur vaisseau.

Le président Durandal avoue à Asran qu’il connaît sa véritable identité. Pendant ce temps, le Minerva s’approche du Girty Lue, mais l’équipage de ce dernier a prévu un piège audacieux contre le vaisseau de ZAFT.

L’heure est grave : Junius 7 a changé d’orbite et se dirige droit vers la Terre. Alors que certains se réjouissent de la nouvelle, le Minerva est convié à participer aux travaux de destruction de la colonie.

Asran se joint aux travaux de destruction et y retrouve Yzak et Dearka. Néanmoins, leur mission sera chamboulée par les commanditaires responsables du changement d’orbite de Junius 7, mais aussi par le Phantom Pain…

Pour éviter un impact sans précédent sur la Terre, le Minerva décide de fragmenter au maximum Junius 7 avant leur descente sur Terre. Malheureusement, les débris de l’ancienne colonie ravageront considérablement la Terre.

Le Minerva arrive à Orb, où il sera réparé, ce qui fera grincer des dents les représentants du pays, qui ont pour objectif de s’allier à la Fédération Atlantique. Cagalli, dépassée, devra rapidement reprendre ses fonctions.

La Fédération Atlantique fait pression sur les PLANT pour en avoir le contrôle. Jibril a pour idée d’enfin éradiquer de l’espace les Coordinateurs, mais seule la manière forte prévaudra… Une nouvelle guerre est imminente.

Asran a rejoint les PLANT pour s’entretenir avec le président Durandal. Le jeune homme sera atterré d’apprendre que la guerre a repris, et restera hanté par les actes qu’a commis son père lors du précédent conflit.

Les tensions sont à leur comble entre la Terre et les PLANT. Le président Durandal fait appel au droit à la légitime défense pour justifier leur entrée en guerre. Pendant ce temps, Cagalli tente en vain d’éviter qu’Orb soit mêlée à ce nouveau conflit…

La guerre entre la Terre et les PLANT étant maintenant ancrée, le Minerva quitte rapidement Orb, qui est prête à rejoindre la Fédération Atlantique. Néanmoins, le vaisseau sera tenu en embuscade par une flotte terrienne…

Shinn est félicité pour ses exploits face à la flotte terrienne. Sur Orb, alors que Yuna met la pression à Cagalli concernant leur possible mariage, Kira et ses camarades sont attaqués par un commando armé qui vise étrangement Lacus.

Suite à l’attaque ratée d’un commando de Coordinateurs, Kira, Lacus et leurs compagnons décident d’agir de leur côté et de faire renaître l’Archangel. Leur première mission sera de secourir Cagalli de son propre mariage…

Kira explique à Cagalli la raison de leur geste. Pendant ce temps, Asran rallie le Minerva et est étonné d’apprendre qu’Orb a pactisé avec la Fédération Atlantique. Pour l’heure, le Minerva se prépare pour sa prochaine mission.

Le Phantom Pain prend en embuscade le Minerva et le Nyiragongo. L’équipage de ZAFT ne se laissera pas faire, notamment Shinn, surtout quand il verra qu’une base ennemie est en construction non loin du champ de bataille.

La faction Clyne doute de la sincérité du président Durandal, depuis la tentative d’assassinat de Lacus et l’apparition de Meer qui usurpe son identité. Plus loin, le Minerva arrive à la base de Mahamul et se prépare pour la suite.

Le Minerva va soutenir la base de Mahamul pour calmer la répression à Suez. Il leur faut détruire le Lohengrin de l’Alliance Terrienne qui empêche tout passage dans le canyon de Gulnahan. Asran a un plan en tête, et Shinn en sera la vedette…

À la base de Diocuia, où se tient un concert de Lacus Clyne, le président Durandal invite Asran, Shinn, Lunamaria, Rey et le capitaine Gladys à converser. Après les avoir félicités pour leurs exploits, il leur avoue la triste vérité sur cette guerre.

Shinn explique comment il a vécu la précédente guerre : sa vie paisible en famille à Orb, chamboulée du jour au lendemain, et les choix auxquels il n’était pas préparé et qu’il a pourtant dû faire…

En permission à Diocuia, Asran fait la rencontre de Heine, membre du Faith et bientôt affecté au Minerva. Plus tard, Shinn profite d’une balade en solitaire et tombe sur Stella, qu’il sauvera de la noyade.

Au pied du mur, l’Alliance Terrienne se tourne vers Orb pour lancer leur prochaine offensive contre ZAFT, en mer Noire. Alors que Heine crée la bonne ambiance sur le Minerva, Asran se demande s’il pourra combattre Orb…

L’Archangel crée la stupéfaction et la confusion en venant se mêler à la bataille entre ZAFT et l’Alliance Terrienne, soutenue par Orb. Cagalli exige que son pays n’intervienne pas dans ce conflit armé, mais les mots suffiront-ils pour cela ?

Perturbé par l’intervention de l’Archangel qui aura coûté la vie à Heine, Asran décide de prendre contact avec le vaisseau et demandera pour cela l’aide de Miriallia. Par ailleurs, Shinn et Rey doivent inspecter un laboratoire désaffecté.

ZAFT et l’équipage du Minerva prennent d’assaut le laboratoire de Lodonia, suite à la découverte de Shinn et Rey. Ils découvriront la terrible vérité derrière les origines des Évolués de l’Alliance.

Shinn emmène Stella sur le Minerva, tentant tout pour la sauver et la protéger, comme il lui avait promis. Sur l’Archangel, Lacus annonce à Kira qu’elle a décidé de rejoindre l’espace pour mieux comprendre la situation sur les PLANT.

Jibril met la pression à Néo pour éviter un autre échec face au Minerva. L’Alliance Terrienne et Orb vont donc une nouvelle fois devoir s’en prendre au vaisseau de ZAFT, qui tente de rallier Gibraltar.

Encore une fois, la bataille fait rage. Le Minerva est en très mauvaise posture face aux Forces Terriennes et Orb, mais l’Archangel interviendra à nouveau. Cagalli réussira-t-elle cette fois à se faire entendre des siens ?

Seul dans son bureau, le président Durandal tente de savoir comment Lacus Clyne et Kira Yamato ont pu se rencontrer… Était-ce le destin ? Il se souvient alors des paroles de son vieil ami, Raw Le Creuset.

Le capitaine Amagi et ses camarades décident de rejoindre l’Archangel, comme leur a conseillé le colonel Todaka avant de se sacrifier. Sur le Minerva, Shinn apprend que Stella est condamnée et prend alors une décision irrévocable…

Shinn et Rey sont mis aux arrêts suite à leur méfait et risquent gros. Plus loin, l’Alliance Terrienne prépare un gros coup en Eurasie occidentale, grâce à leur nouveau Mobile Suit, le Destroy, qui sera justement piloté par Stella.

L’Alliance Terrienne continue son avancée avec le Destroy qui détruit tout sur son passage. L’Archangel et le Minerva interviennent enfin pour l’arrêter, mais Shinn ne sait pas encore que Stella est aux commandes de ce Mobile Suit gigantesque…

Shinn est bien décidé à se venger. Asran apprend plus tard que Rey et lui étudient de près le comportement du Freedom… De son côté, le président Durandal a une annonce de la plus haute importance à faire au monde entier.

Le président Durandal a été clair : le Logos est le véritable ennemi à abattre. Alors que le monde est en phase de changer, le Minerva est convié à rejoindre l’opération Angel Down, qui consiste ni plus ni moins à abattre l’Archangel et le Freedom.

Shinn est félicité pour avoir réussi à détruire le Freedom, sauf par Asran, qui sait ce que tout cela implique. L’Archangel a pu prendre la fuite, et le Minerva rejoint alors Gibraltar, où le président Durandal a une surprise pour Shinn et Asran.

Après avoir dévoilé le Destiny et le Legend, Gilbert Durandal est confronté à Asran qui lui demande des explications concernant l’ordre de détruire l’Archangel. Le jeune homme doute du président et fait le choix de déserter le plus vite possible…

Shinn et Rey sont sommés d’arrêter Asran, mais la présence de Meyrin à ses côtés vient semer la confusion. Pour Rey, les deux sont complices et il obtient le droit de les abattre. Shinn sera-t-il capable de leur donner le coup de grâce ?

Menées par le Minerva, ZAFT et une partie des Forces Terriennes s’allient pour attaquer la base de Heaven, où se sont retranchés les derniers membres du Logos. Par ailleurs, Asran et Meyrin sont soignés sur l’Archangel, de retour à Orb.

Sur Mendel, Da Costa trouve des notes sur le plan Destiny de Gilbert Durandal, qu’il ramène à Lacus et le commandant Waldfeld. Néanmoins, l’Eternal se fera repérer et devra appareiller plus tôt que prévu, au grand dam de Kira, encore sur Terre et impuissant…

Shinn et Rey sont promus Faith par le président. ZAFT apprend que Jibril a trouvé refuge à Orb et ordonne donc à cette nation de le leur livrer, mais Yuna préfère nier. Le pays se retrouve encore à feu et à sang, et Cagalli décidera d’agir.

Du point de vue d'Athrun et de Kira, ils se remémorent chacun le parcours qu'ils ont vécu jusqu'à présent.

Maryu permet à Néo de quitter l’Archangel, pendant que Meyrin décide de rester aux côtés d’Asran. La bataille d’Orb fait rage, et alors que le Destiny prend l’avantage sur l’Akatsuki de Cagalli, du renfort inattendu viendra à la rescousse.

Shinn et Rey tentent d’éliminer le Strike Freedom, mais Kira pourra compter sur le soutien d’Asran. ZAFT commence petit à petit à être désavantagée dans leur combat contre Orb, surtout que Jibril reste introuvable.

L’apparition de la vraie Lacus à la télévision a créé la confusion générale depuis que cette dernière a déclaré ne pas soutenir le président Durandal. Sur la base lunaire de Daedalus, Jibril s’apprête à utiliser son arme ultime, le Requiem…

Un mouvement de panique sans précédent prend place sur les PLANT, depuis que le Requiem a détruit certaines de leurs colonies. Le Minerva est convié à intervenir avec la flotte lunaire afin de détruire cette arme diabolique.

L’Archangel a rejoint la cité lunaire Copernicus. Asran, Kira, Lacus et Meyrin profitent d’un moment de détente dans la ville, mais ils reçoivent un message de détresse de Meer… La jeune fille est en danger de mort !

Le corps sans vie de Meer est emmené sur l’Archangel. Lacus et ses camarades trouvent dans ses affaires son journal intime et découvrent le passé de la jeune fille. Plus tard, le président Durandal annonce l’application de son plan Destiny.

Le plan Destiny est en marche, mais les nations de la Terre, à l’exception d’Orb qui est contre, ne savent pas encore quel choix faire. Alors que Rey dévoile ses ambitions et sa maladie à Shinn, le président Durandal décidera d’accélérer les choses à sa manière…

L’Archangel, l’Eternal et la flotte d’Orb tentent de détruire la station 1 du Requiem avant qu’il ne tire à nouveau. Le président Durandal s’entretient avec Rey et Shinn. Ce dernier est confus dans sa tête, mais Rey continuera son bourrage de crâne.

La flotte d’Orb se démène corps et âme pour atteindre et détruire le Requiem, mais le Minerva barre la route à l’Archangel et à l’Eternal. Pendant qu’Asran affronte Shinn, Kira fait face à Rey, le fantôme de Raw Le Creuset.