Un humain échappe à la capture quand son poursuivant, un chimpanzé, est effrayé et mis en fuite par l'atterissage d'une vaiseau spatial. L'humain, un vieil homme retrouve la capsule spatiale dans une clairière et découvre à l'intérieur trois astronautes humains. Il extrait du vaisseau les deux qui ont survécu avant le retour du chimpanzé avec plusieurs soldats Gorilles. Le vieil homme, après avoir conduit les deux survivants chez lui, leur apprend, par l'intermédiaire d'un vieux livre d'histoire, qu'ils ont fait un bon dans le futur et qu'ils sont maintenant en 3085...

Virdon perd accidentellement le disque contenant les informations qui doivent permettre à Allen et à lui-même de revenir dans leur époque. En effet, lors d'une altercation avec des étrangers et à la bagarre qui s'en est suivie, le disque est tombéà terre et a été récupéré par le préfet de district Barlow. Alors qu'il tente de le dérober, Virdon est capturé et le préfet donne l'ordre que ce dernier soit sacrifié dans l'arène lors de jeux similaires à ceux de l'ancienne Rome... 

Nos trois fugitifs retrouvent un disque contenant les enregistrements de vol à bord de l'Icarus et pensent pouvoir utiliser ces informations afin de retourner au XXème siècle. Ils sont traqués par Urko et ses gorilles mais parviennent à semer ces derniers et ils trouvent refuge dans un village où ils apprennent l'existence d'une ancienne ville en ruines. Galen, Burke et Virdon espèrent trouver parmi les ruines de cette ville un ordinateur qui leur permettra de déchiffrer leur enregistrement de vol afin de savoir s'il y a un moyen de rentrer dans leur époque. 

Galen blessé par des gorilles, nos trois amis trouvent refuge dans une ferme voisine tenue par des singes. Afin que ces derniers ne dévoilent pas leur présence aux troupes d'Urko, Virdon et Burke vont devoir s'employer à être de bons fermiers pour laisser à Galen le temps de se soigner.

Nos trois fugitifs pénètrent dans les ruines d'une ancienne ville. Ils vont faire une étonnante découverte : derrière un amas de pierres, ils mettent à jour une porte qui masque l'entrée d'une salle d'ordinateur où un message laissé par d'anciens scientifiques d'avant l'holocauste leur apprend que, quelque part en ville, existe un endroit où toutes les connaissances humaines on étés stockées. Mais, avant qu'ils ne puissent faire quoi que ce soit pour rejoindre cet endroit, Virdon est capturé par les troupes d'Urko.

Burke Virdon et Galen se retrouvent sur une plage lorsqu'ils aperçoivent un homme abandonné sur un radeau. Ils sauvent le vieil homme et apprennent qu'il a été sacrifié aux dieux de la mer, les requins. L'homme, qui travaillait dans un camp de travail de pêcheurs, était devenu trop vieux et pas assez rentable. Alors qu'ils se rendent dans le camp de travail, Burke et Virdon sont capturés par les gorilles. Ils sont à leur tour enrôlés de force en temps que pêcheurs. 

Virdon est blessé par un gorille lors d'une embuscade. Il doit être opéré et Galen suggère de se rendre dans un hôpital en périphérie de Central City. En effet, un des chirurgiens de cet hôpital est une femelle avec qui il aurait dû se marier quelques années auparavant. Celle-ci accepte de les aider... 

Des représailles sont menées contre les humains après le meurtre d'un gorille. En cherchant à éclaircir les circonstances de ce meurtre, Burke gagne le cœur d'une chimpanzé aveugle. Elle ignore qu'il s'agit d'un humain... 

Urko, qui organise des courses de chevaux dans les différentes régions qu'il contrôle, arrive dans le village où, Alan, Pete et Galen, se sont réfugiés chez le forgeron local. Galen se fait piquer par un scorpion et le seul moyen de lui administrer l'antidote qui le sauvera en temps voulu est d'aller le chercher à la clinique de la ville en utilisant un cheval pour aller le plus vite possible... 

Burke est capturé et emprisonné dans les quartiers d'Urko qui veut l'utiliser comme appât afin de capturer Virdon et Galen lorsqu'ils viendront le libérer. Toutefois, Zaius a une autre idée. Dans un livre, datant de 1986, il a découvert une méthode visant à contrôler le cerveau humain. C'est Wanda, une scientifique chimpanzé, qui est chargée de l'interrogatoire de Burke et du contrôle de son cerveau. 

Un gorille nommé Aboro profite de sa position pour piller les fermiers humains en établissant des taxes abusives sur le grain. Il vend ce grain afin de s'enrichir et espère, avec l'or ainsi accumulé, acheter son titre de préfet de la région à la place du préfet local, Augustus, qui est le cousin de Galen. Burke et Virdon, avec l'aide d'un des fils de fermier, décident de reprendre aux gorilles ce qu'ils ont volé. Malheureusement, le fils du fermier est démasqué et tué. 

Quand une épidémie de malaria touche un village d'humains, les astronautes doivent convaincre un docteur singe d'utiliser une nouvelle méthode pour éviter le désastre. 

Les astronautes sont capturés par un groupe d'humains qui essaie de reprendre le contrôle de la planète. 

Galen aperçoit ce qu'il croit être un reptile mais qui est en réalité un humain qui vole sur une primitive aile volante. Deux gorilles aperçoivent aussi l'homme et partent à sa poursuite. Les trois fugitifs parvienentà sauver le pilote de cette aile volante juste avant l'arrivée des gorilles et l'aident à s'échapper. Cependant, son engin volant est récupéré par les singes...