Nikita Samuelle est une belle jeune femme. Elle est repérée par la police et accusée à tort de meurtre par des officiers qui la harcèlent et tentent de la corrompre. Refusant de céder à leur chantage, Nikita sait qu'elle risque de passer le reste de sa vie en prison. Mais au dernier moment, elle se retrouve embrigadée par une section gouvernementale top-secrète : la Section Une.

Nikita est à une terrasse de café. Subitement, une jeune femme s'arrête et l'interpelle : il s'agit de Julie, une amie d'enfance de Nikita, qui vient de la reconnaître.

La Section Une infiltre une organisation terroriste d'un genre particulier : ses membres utilisent un radar pirate pour interférer sur les faisceaux de transports aériens et causer ainsi un tas de collisions et accidents entre les avions.

Lors d'une mission de routine, Nikita sauve la vie d'un charmant jeune homme, Alec Chandler. Lorsqu'il l'invite à sortir, Nikita se sent obligée de refuser mais elle accepte de lui laisser l'adresse de son lieu de travail...

Helen est toujours à la recherche d'un enfant qu'elle a abandonné très jeune et qui aujourd'hui serait en prison. La Section Une charge Nikita de se faire passer pour la fille d'Helen.

La Section Une intercepte un couple de gardes du corps opérant pour le compte d'un terroriste à la renommée internationale, Perry Bauer. Afin d'obtenir plus d'informations sur les prochaines attaques qu'organise Bauer, la Section Une charge Nikita et Michael de se faire passer pour le couple de gardes du corps et d'infiltrer l'organisation.

Nikita et d'autres agents de la Section Une se retrouvent pris au piège lors d'une mission qui tourne mal. Plusieurs d'entre eux sont tués...

Eric Webber, un agent de la Section Une, propose à Nikita de s'enfuir de la Cellule avec lui. Mais Nikita, malgré une envie dévorante de partir, ne sait si elle peut avoir confiance en cet homme qu'elle connaît peu.

La Section Une est victime de piratage : les données de son système informatique et le dossier secret de la Direction concernant chaque agent sont dérobées par un hacker qui se fait appeler Harding. Celui-ci utilise en fait ces informations et arrange des enchères entre la Cellule et un autre grand criminel, afin de vendre son piratage au plus offrant. Il ne tarde pas à être retrouvé mort. Heureusement, Harding a eu le temps de confier ses informations à un dénommé Gray avant de mourir...

Une transaction entre des dealers tourne mal et plusieurs morts sont à déplorer. La Section Une est chargée de mener l'enquête sur une éventuelle guerre des gangs.

Nikita est désespérée : elle ne retrouve pas Michael alors que celui-ci est porté disparu depuis une mission qui consistait à détruire une arme chimique. Elle sait qu'en plus il a été blessé lors de cette intervention. Une seule interrogation : où est-il ?

L'homme que la Section Une suppose être la clé d'une menace terroriste serait en réalité une innocente victime se trouvant au mauvais endroit au mauvais moment.

Nikita s'occupe d'une nouvelle recrue, Karyn, qui se révèle très violente. Elle s'intéresse donc à son passé et tente de découvrir d'où provient cette hargne.

La Section Une capture un homme qu'elle suppose être un terroriste. Mais celui-ci révèle détenir de très nombreuses informations sur le passé et l'enfance de Madeline qui commence à s'angoisser.

Michael séduit la femme d'un criminel afin d'avoir accès à l'ordinateur et aux informations secrètes de son mari. Mais Nikita se sent trahie et pleine de compassion pour la jeune femme abusée.

Un agent spécialisé dans les opérations délicates, met en péril le secret de Nikita. Pendant ce temps, un membre de la ligue pour la liberté est capturé par la section

Un groupe d'extrémistes baptisés "Cellule Rouge" a dérobé à la Section Une le répertoire contenant les adresses top secrètes de ses agents. Maintenant que leurs identités sont connues par les malfrats, les malheureux agents sont exterminés les uns après les autres.

En échange de sa liberté, Nikita accepté de protéger un dealer d'armes... qui s'avère être le fils disparu depuis longtemps de Operations.

Un tueur en série se trompe de victime en s'en prenant à Nikita. Mais elle parvient à se défendre et la police l'arrête. Seulement, l'un des policiers veut absolument que Nikita vienne témoigner.

La Section Une découvre, dans l'appartement d'un suicidé, une étrange machine, savant mécanisme de réalité virtuelle. Tous les membres de la Section sont perplexes, car personne ne sait à quoi sert le fameux engin.

Jovan Mijovich a été élu chef de sa nouvelle nation, mais un tueur à gage a reçu la mission de l'assassiner. Nikita, Michael et le reste de la Section Une se répartissent pour assurer la protection de Mijovich. Pendant la célébration d'inauguration, le tueur à gage est maîtrisé mais sans que personne ne s'y attende, des gens sont pris en otage.

La Section Une est sur le point d'arrêter Tyler, l'un des plus dangereux terroristes au monde. Après que celui-ci a kidnappé un jeune inventeur qui a créé un nouvel explosif indétectable, Nikita doit aller le sauver et empêcher Tyler de mettre la main sur son savoir.

Nikita se cache de la Section Une depuis qu'elle a survécu à la destruction de la cachette d'une Ligue de Libération. Alors qu'elle travaille comme serveuse, elle est capturée par la Ligue et utilisée comme appât pour piéger la Section Une. Lors d'un raid de l'unité mené par Michael, Nikita sauve la vie de celui-ci et ils parviennent à s'enfuir ensemble.

Tandis que Nikita est réassignée à Jurgen, la Section Une est contactée par l'un des agents de Ligue de Libération pour vérifier son histoire concernant sa capture.

Nikita retrouve son vrai statut d'agent quand Birkoff découvre qu'une équipe terroriste de six hommes perpètrent plusieurs attaques au hasard.

La Section Une croit que des terroristes cherchent à s'emparer d'une source d'énergie nucléaire d'un satellite abattu. Ils découvrent plus tard que les terroristes le veulent parce qu'il s'agit d'un satellite militaire qui leur donnera accès au Pentagone s'ils parviennent à le pirater.

Egram Petrosian, un ancien agent sous couverture sauvé par la Section Une reprend les commandes et promeut Nikita sous-chef quand Operations est sérieusement blessé par un agent perturbé.

La mission de Michael, qui consiste à tuer Dorian Enquist, un terroriste un peu en marge, tourne mal, et celui-ci prend Madeline en otage. Operations décide d'échanger la vie de Michael contre celle de Madeline, ce qui pousse Nikita à tenter de la sauver.

La loyauté de Michael est partagée lorsque Nikita découvre que son ami est un bombardier et que Operations lui ordonne de le trahir.

Nikita et Michael sont envoyés en mission pour éliminer quelqu'un dans les Balkans. Toutefois, Nikita doit obliger Michael à protéger deux enfants, bien que cela l'empêche de toucher sa cible et qu'ils doivent risquer leur vie pour l'abattre.

Lors d'une mission pour capturer un agent de la "Cellule Rouge" connu sous le nom de Jenna, Nikita est arrêtée et mise en prison pour purger sa peine, où Jenna elle-même est enfermée. Mais elle doit trahir la confiance que celle-ci a en elle quand elles s'échappent ensemble. Dès leur sortie, Jenna est à son tour capturée et interrogée.

Nikita est promue au statut de chef d'équipe et envoyée sur une mission beaucoup plus dangereuse que prévue avec un agent désobéissant.

Nikita et Michael se font passer pour un couple marié, dans le but d'obtenir des informations au sujet d'un groupe terroriste, par l'intermédiaire de leur avocat, Roland Armel. Nikita se fait passer pour un médium pour appuyer sur le point faible d'Armel. Celui-ci est accablé par la mort de son fils et désire lui parler au-delà de la mort.

Terry, un agent de longue date, enceinte, tente d'échapper à la Section Une pour sauver son bébé. Afin de protéger son futur enfant, elle est prête à tout, même à trahir la Section. Dans le même temps, Michael doit prouver qu'il est toujours opérationnel.

Michael est capturé et interrogé par des terroristes, puis il perd la mémoire et ne sait plus qui il est.

Michael et Nikita sont envoyés en mission avec l'ancien tueur à gage David Fanning, mais pendant la mission, il prend Nikita en otage et exige que Michael lui rende son ex-femme, sous peine de tuer la jeune espionne.

La Section Une capture un mathématicien pour qu'il déchiffre un code qui aide les terroristes dans leurs attaques.

La Section Une essaie d'empêcher un groupe terroriste de perpétrer des attaques kamikazes et Nikita reçoit la mission d'obtenir des informations d'un agent autrefois connu sous le nom de Formitz, qui est en réalité un serial killer.

La Section Une tombe dans un piège lorsqu'une mission de détruire la réserve de munitions de "Cellule Rouge" permet à un virus de se propager à travers la section.

Une nouvelle recrue du nom d'Andrea tombe sous le charme de Michael. Quand elle apprend que tout n'était qu'un coup monté pour que la Section Une gagne sa confiance, elle veut que Nikita l'aide pour se venger. Comme celle-ci refuse, Andrea s'avère dangereuse à l'encontre de Nikita et Michael quand leur mission se termine dans un laboratoire dangereux qui contient des virus.

La Section Une ordonne la capture d'un chef terroriste, qui se révèle être un ordinateur sensoriel.

Grâce à ses importantes ressources financières, Abel Goellner déstabilise les pays du Tiers Monde pour placer à leurs têtes des gouvernements hostiles au régime de l'Ouest. Se faisant passer pour des courtiers, Nikita et Michael rencontrent Goellner et son bras droit, Karel Gilardi.

L'ancienne voisine de Nikita, Carla, et son petit ami Steven, kidnappent Nikita pour la présenter devant Adrian, fondatrice de la Section Une, et seule personne à l'avoir quittée avec succès.

Avec l'aide d'Adrian, Nikita parvient à infiltrer la partie la plus sensible de Section One et à récupérer un document, Gemstone, qui contient des preuves capables de détruire la cellule. Pendant ce temps, Michael doit identifier l'agent suceptible de travailler avec Adrian pour comploter contre Section One, Nikita.

Operations croit que Nikita est une menace pour la Section Une et veut la tuer pendant une mission. Elle survit au complot et quand elle revient, elle enquête sur la disparition de Michael et découvre quelque chose qu'elle n'imaginait pas.

Nikita a une nouvelle mission : capturer David Henderson Williams, l'associé de Vacek. Elle en apprend davantage sur le passé de Michael avec Elena et Simone. Elena propose à Nikita de rester avec elle et Michael. Celle-ci accepte, mais elle est mal à l'aise. Les choses se compliquent encore plus quand Vacek manque un rendez-vous.

Pour débusquer Vacek, Operations et Madeline ordonnent à Michael d'empoisonner Elena mais celui-ci ne parvient pas à s'y résoudre. Alors la Section Une empoisonne Elena de toute façon, pendant que Michael est en mission, et sa survie dépend de si Vacek a une conscience morale assez développée pour venir voir sa fille quand elle a besoin de lui.

Après la perte définitive de sa femme et de son fils, les performances de Michael commencent à s'en trouver très affectées. Alors que Nikita tente de l'aider à retrouver le goût de la vie et de le protéger contre le dernier ennemi en date de la Section Une, Operations et Madeline se disputent à propos de la meilleure stratégie pour gérer la situation. Pendant ce temps, Birkoff va voir Walter au sujet d'un fichier qu'il vient de trouver et qui contient des preuves accablantes contre Operations.

Ivan Chernov, un cocaïnomane, kidnappe des enfants dans les rues, leur fait subir un entraînement intensif durant des années, et, une fois devenus des bombes humaines qui ne reculent devant rien, il les cède aux organisations terroristes les plus offrantes... Le responsable de la Section Une charge Michael et Nikita d'entrer en contact avec Chernov, en se faisant passer pour des dealers

La Section Une poursuit Nikolai Markali, un homme politique dont Operations pense qu'il est lié à une organisation terroriste, Badenhein, bien que les soupçons apparaissent au départ infondés. Outre les soupçons, il semble que son seul défaut soit d'être marié à la "veuve" d'Operations, Corinne. Madeline, qui se fait passer pour une psychologue et reprend le dossier de Corinne, et Michael, qui prétend aussi être un psy, rendent Corinne folle en lui administrant des médicaments au fort pouvoir addictif.

Nikita ne se comporte pas comme d'habitude. Michael remarque qu'elle est préoccupée, et quand une mission tourne au cauchemar, et que l'ennemi évite de lui tirer dessus, il croit qu'elle travaille pour la "Cellule Rouge".

Lorsque la Section Une enlève un physionomiste pour l'aider dans une mission, Nikita se demande si sa propre arrestation n'a pas été, elle aussi, planifiée

Michael verse une fiole contenant un agent psychotrope dans le café d'Operations. Alors que celui-ci perd son jugement et est assailli par des visions paranoïaques, il envoie des agents en mission pour capturer un homme supposé mort depuis quatre ans.

Nikita se fait passer pour la femme d'un terroriste sadique, alors que la Section tente de localiser des missiles chargés d'anthrax que son "mari" et son frère ont volés. Madeline ment pour protéger Operations quand celui-ci tue le meurtrier de son fils, un terroriste sous la protection de la Section.

Une nouvelle recrue, qui appartient au passé de Nikita, sait où celle-ci peut trouver sa mère. Nikita demande l'aide de Michael lorsqu'elle réalise que sa mère, qui n'a jamais cru en sa mort, a loué les services d'un détective privé.

Chargés de démanteler une organisation terroriste dirigée par Caroline et Crachek, Nikita et deux agents de la Section Une, Angela et Mark, sont kidnappés. Caroline se charge de torturer Nikita tandis que Crachek prend un malin plaisir à torturer Angela, devant Mark, impuissant. Ne pouvant plus supporter ce spectacle, ce dernier révèle aux kidnappeurs ce qu'ils veulent savoir. Lorsque la Section assaille le QG de l'organisation terroriste, Crachek tue Angela et parvient à prendre la fuite avec Caroline. Michael se porte au secours de Nikita et Mark. Elle supplie Mark de ne pas raconter à ses supérieurs qu'il a fait des révélations aux terroristes

Bien qu'il soit plus qualifié, Michael ne reçoit pas la promotion qu'il mérite. A sa place, c'est l'agent Zalman qui en bénéficie, et Michael est tellement furieux qu'il complote avec Nikita poru s'échapper de la Section Une.

Après enquête, les membres de la Section Une découvrent que les plastiquages meurtriers, perpétrés dernièrement, ont été financés par Charles Meyer, un industriel philanthrope qui fournit du matériel aux terroristes. Les agents de la section sont chargés d'éliminer ce personnage néfaste, mais le seul moyen d'entrer en contact avec lui est de passer par Emlen Anagar, un ami du sombre individu. C'est à Nikita que l'on confie cette délicate mission.

La Section Une doit récupérer un équipement du nom de l'Alliance, et le moyen de l'obtenir est un messager psychotique, Jan Bailin. Celle-ci a d'autres projets et se suicide avant que la section ne puisse l'utiliser. Alors, la Section Une embauche un sosie de la jeune femme, gravement malade, en phase terminale, Sarah Gerrard. Tandis qu'elle l'entraîne, Nikita commence à avoir quelques soupçons : est-ce que la Section Une ne rendrait pas Sarah malade exprès pour qu'il soit plus facile de la convaincre de travailler pour eux ?

Après une opération contre un groupe terroriste, Michael ramène un des terroristes à la Section Une pour l'interroger. La "capture" est une plante, et il assomme Madeline pendant l'interrogation avant de courir frénétiquement dans le QG. Il parvient à envoyer à son groupe des dossiers cruciaux, puis Michael le retrouve et l'élimine. Operations ordonne alors l'évacuation et la destruction du QG de la Section Une.

Comme la situation dans les Balkans atteint un nouveau point critique, Operations est rappelé pour un travail de consultant sur le terrain par "Le Centre", et il remet la direction de la Section Une entre les mains de Michael. Il lui adresse une recommandation : George d'Oversight veut une campagne à grande échelle contre le terroriste financier Luigi Bergomi, mais il doit résister car Bergomi est trop solide et ruinerait les forces de la Section.

Madeline a décidé que la liaison de Michael avec Nikita affecte ses performances, alors elle fait pression sur lui pour qu'il y mette un terme. Bien vite, Michael perd la direction de l'équipe Oversight ; il perd aussi son bureau et ne conduit plus de mission. Il est remplacé par Davenport. Michael peut-il renoncer à tout le pouvoir qu'il a gagné dans la Section Une pour Nikita ?

Après avoir manqué de faire échouer une opération, Birkoff est remplacé à son poste par Greg Hillinger. Operations réassigne Birkoff à son premier champ d'action. Sa mission est d'infiltrer et d'aller en reconnaissance au sein d'une organisation terroriste "Soldat de la Liberté", dirigée par un homme du nom de Jean-Marc Rousseau qui utilise le lavage de cerveau sur les jeunes gens pour remplir ses rangs.

Lors d'une opération, la gaffe de Hillinger coûte la vie à un agent, et il supplie Birkoff de le couvrir, ce que fait celui-ci, bizarrement. Hillinger ne lui rend pas la pareille, toutefois, lorsqu'il est envoyé sur le terrain pour diriger une mission. Hillinger fait tout pour que son rival soit tué une bonne fois pour toute. Birkoff révèle alors ce qu'a fait celui-ci, et Operations suspend Hillinger de ses fonctions.

En jouant littéralement avec le feu, Michael et Nikita organisent des rendez-vous clandestins lors de missions de Section One pour continuer de se voir malgré l'interdiction d'Operations et Madeline. Ceux-ci les soupçonnent tout de même de se retrouver à l'extérieur, alors Madeline commence à envoyer Davenport avec Michael et Nikita en mission.

Michael et Nikita sont envoyés en mission pour récupérer une plante pharmaceutique qui se trouve en la possession d'une entreprise appelée Genefex et d'un revendeur de la "Cellule Rouge" qui vend également une arme biologique, Gandieum. A l'insu de Michael et Nikita, l'opération a un objectif secondaire : mettre un terme définitif à leur relation. Après avoir mis la main sur la plante, Nikita est envoyée vers une autre partie, où Madeline l'attend pour la reprogrammer et éliminer ses sentiments envers Michael.

Nikita continue de montrer des preuves d'une "reprogrammation", notamment à travers l'ordre d'éliminer un agent capturé de la Section, la mise en danger d'enfants pendant une mission et la torture d'un prisonnier. Michael est décidé à retourner la reprogrammation de Nikita et il se rend bientôt compte que l'ancien agent de la Section qui a inventé le processus, Ross Gelman, pourrait être la clé. Pendant ce temps, Operations est extrêmement fier de cette "nouvelle" Nikita mais Madeline s'inquiète toujours.

Après que Michael a échappé au premier essai d'élimination d'Operations, celui-ci suspend toutes les missions et envoie une équipe pour le tuer. Michael parvient à nouveau à éviter une mort certaine, mais cette fois-ci, il revient pour infiltrer la Section Une. Décidé à trouver les fichiers qui renferment la formule pour déprogrammer Nikita, Michael est étonné de découvrir que la première cible de la Section était Adrian, sa fondatrice.

Michael découvre que la tête d'Adrian n'est pas vide, comme il le pensait. Ensemble, ils essaient de sauver George des tentatives de meurtre d'Operations et Madeline. Pendant ce temps, Michael kidnappe Nikita pour la raisonner...

Michael kidnappe Nikita avec l'aide de Birkoff et Walter, et parvient à retourner le processus de Gelman. Ensemble, ils se montrent plus intelligents que Madeline et Operations, ce qui leur permet de revenir à la Section.

La nouvelle cible de la Section est le fils d'un puissant industriel, Helmut Volker, qui fournit de la drogue à ses soirées et des armes à la "Cellule Rouge". Le seul problème, c'est que Operations et Madeline ont compris que Michael avait "déprogrammé" Nikita, alors Operations utilise cette mission pour les séparer à nouveau. Helmit Volker doit se marrier s'il veut hériter de l'affaire de son père, alors Operations ordonne à Nikita d'accepter quand il lui proposera de l'épouser.

Nikita continue sa mission, à savoir épouser Helmut Bolker, un homme aux multiples relations avec la "Cellule Rouge", mais elle découvre qu'elle n'est pas la seule à avoir des secrets. Son nouveau mari aussi en cache un de taille.

Operations demande à Michael et Nikita de lui rendre un service : ils doivent protéger un vétérinaire vietnamien du nom de Willie Cain des malfrats qui sont après lui parce qu'une affaire a mal tourné. Operations croit qu'il n'aurait pas survécu à la capture et la torture sans l'aide de Willie, quand il était au Vietnam. Ce que Nikita et Michael ne savent pas, c'est qu'ils s'embarquent dans une mission qui va les mettre en rapport avec les bourreaux vietnamiens d'Operations, Fan Van Lin, Carlo Bonaventure le chef d'une famille mafieuse.

L'incroyable arrive. Nikita est appelée par Operations et Madeline, qui lui annoncent une grande nouvelle : elle est libre, si elle ne contacte plus jamais personne de la Section Une, et si elle accepte d'être évaluée régulièrement. Au début, elle est sceptique, mais au bout de six semaines de liberté, elle commence à croire que tout ceci pourrait être vrai.

Une autre incursion se déroule à la Section une, cette fois sous la forme d'un virus qui rend les membres malades, les uns après les autres. George prend les choses en main et ordonne à sa propre Equipe Bio de les soigner. Mais à la sortie de leur examens médicaux, ceux-ci ressortent comme des légumes. Il semblerait que George lobotomise les membres de la Section.

En cherchant un clone de commande perdu (un appareil informatique qui permet à l'utilisateur de commander une Section sans aide extérieure) qui a apparemment été capturé par la "Cellule Rouge" puis volé par un autre groupe terroriste, George et Oversight ordonne à la Section de travailler avec un agent de la Section Quatre pour le récupérer. Qu'est-ce que la Section Quatre ? Visiblement, c'est celle qui est composée d'agents dotés de capacités extrasensorielles.

Operations donne à Michael et Nikita une mission presque impossible. Ils doivent trouver cinq nouvelles recrues et les entraîner pour être opérationnels en très peu de temps, afin de combattre un groupe terroriste, Crystal Sky. Nikita pense qu'ils n'y arriveront pas.

La Section Une mène enfin une vraie attaque contre la "Cellule Rouge". Leur but est de capturer le Chef de la stratégie, au nom de code Leon. Une fois prisonnier, Leon se lance dans un jeu dangereux de chat et souris mental avec Madeline. Celle-ci commence-t-elle à développer un attachement émotionnel avec lui, ce qui interfèrerait dans ses objectifs ?

Michael garde la trace d'Elena et Adam, et il commence à s'inquiéter quand un homme fait irruption dans leur vie. Il s'avère que celui-ci est un agent de la Section Une, Robert Corliss, qu'Operations a envoyé voir l'oncle d'Elena, Stefan Vacek. Ce dernier semble avoir repris les vieilles affaires terroristes du père d'Elena.

Birkoff a peut-être trouvé l'un des plus gros coups de la Section Une : une chance de choper un des principaux agents de la "Cellule Rouge", le Cardinal, qui a échappé à la section pendant plus de 15 ans. Malheureusement, son bras droit, Greg Hillinger, est convaincu qu'il se trompe, et il convainc George qu'Operations et la Section Une foncent droit dans un piège.

Birkoff crée un programme d'Intelligence Artificielle pour le remplacer pendant qu'il est absent. En fait, il veut prendre des vacances, quand une situation critique survient, et Operations annule ses congés. Le programme d'Intelligence Artificielle, qui est un peu trop attaché au vieux Seymour, ne prend pas la nouvelle de gaieté de coeur, et commence à prendre les choses en main. Sa solution au problème de Birkoff est de tuer tout le monde à la Section Une, sauf Nikita, pour qu'il puisse s'échapper avec elle.

Un satellite important du Centre appelé Comstat Alpha s'écrase près d'une petite ville du Kentucky, Dingman's Hollow. Michael et Nikita sont envoyés en mission pour le récupérer. Il s'agit là de la première mission ordonnée par le remplaçant de Birkoff, Corman. Quand Michael et Nikita arrivent sur place, ils découvrent que le satellite a disparu, et que des choses bizarres surviennent, dans la ville.

Après que la Sous-Station trois s'est auto-détruite, la Section Une enquête pour trouver une trace de la "Cellule Rouge". Ce qu'ils découvrent aussi, c'est que la "Cellule Rouge" a reçu des coups similaires. Operations décide de s'allier avec eux pour que chacun envoie d'excellents agents. Operations envoie Madeline.

Sur une mission, Nikita est touchée par balle, grièvement blessée. Michael va à l'endroit où elle est tombée du toit du bâtiment, mais elle n'est pas là. Un homme du nom de Henry retire la balle de son corps, déclarant qu'il est docteur. Il ne veut pas la laisser partir parce qu'il pense qu'elle voudrait rester avec lui après qu'il l'a soignée. Elle tente de s'échapper, mais il la capture à nouveau avec l'aide de sa mère. Michael décide de la retrouver.

Nikita reçoit une dose de drogue. Cela l'amène à penser et voir des choses qui n'ont pas lieu. Par exemple, quand elle mange dans un restaurant, elle voit un homme s'approcher d'un autre homme avec un couteau, alors que ça ne se produit pas. Elle voit du sang sur ses mains, et quelques secondes plus tard, il n'y en a plus. Nikita a reçu cette injection pour l'aider à entrer dans un institut psychiâtrique, où se trouve le fils de Crystal French, David. Elle a encore de la drogue dans son corps, alors Michael va la sortir de cette mission avant que quelque chose de mal arrive.

Quand Nikita échoue dans sa mission d'assassiner Grenet, un agent de la "Cellule Rouge", et est blessée sans que personne ne le sache, Michael va à son appartement pour qu'ils dînent ensemble. Cela tourne au désastre lorsque son eau est empoisonnée et que Nikita le livre à la "Cellule Rouge" en échange de ses fichiers. Elle s'enlève de la base de données de la section et s'enfuit pour qu'ils ne puissent pas la retrouver.

Michael s'échappe de la "Cellule Rouge" et reçoit la mission de rencontrer Nikita et de la tuer, mais elle ne vient pas au rendez-vous, et l'Equipe Alpha doit la retrouver. Michael dirige l'équipe avec Kate Quinn. Avant la mission, Michael convainc Quinn qu'elle pourrait quitter la Section. L'équipe Alpha est dispersée et Michael s'enfuit avec Nikita.

Michael et Nikita ont voyagé d'un endroit à l'autre, gardant toujours de l'avance sur la Section Une. Quand George est éliminé du tableau après avoir fourni des informations à la "Cellule Rouge" pour discréditer la section, Operation et Madeline parviennent à retrouver Michael et Nikita. Ils les ramènent à la section. Mais quand ils sont sur le point d'être éliminés, tous les systèmes de la Section s'arrêtent brutalement.

Nikita est renvoyée à la Section Une pour détruire une nouvelle menace terroriste qu'elle est la seule à pouvoir gérer lors d'un sommet de représentants de groupes terroristes. Elle est associée à un agent de niveau 5, Marc O'Brien. Celui-ci était un officier de la police recruté quatre ans plus tôt, à cause d'une erreur de Nikita, ce qu'il n'a pas oublié.

Nikita trouve des indices qui expliqueraient pourquoi elle a été recrutée par la Section. Il est possible que son père ait été un agent au nom de code Flavius, et qu'elle ait un frère ou une soeur dont l'initial est M et qui viverait aussi sous couverture. Quinn modifie le programme d'Intelligence Artificielle de Birkoff est ravi d'avoir à nouveau Madeline à ses côtés.

Après une explosion à la maison du père de Nikita, celle-ci recrute Walter puis Jason Crawford pour décrypter son contenu. Résultat : le lieu d'une maison de convalescence où Michael a amené Adrian. Et cela coincide exactement avec la déterioration physique de Nikita. Est-ce que Michael ou le vrai père de Nikita lui a donné l'information dont elle a besoin pour combattre ces effets secondaires ?

Après que quelqu'un a réussi à infiltrer la Section et entre dans la pièce, Nikita est plus décidée que jamais à trouver la vérité concernant son recrutement. Elle s'arrange pour rencontrer personnellement M. Jones en le faisant aller en mission sous le nom de "Mick Schtoppel" contre un dealer d'armes lié au Collectif.

Nikita rencontre enfin en face à face son père, le vrai M. Jones, mais plutôt que des retrouvailles "émotionnelles", il ne pense qu'aux affaires et envoie immédiatement Nikita sur une nouvelle mission : retrouver la "taupe" du Collectif dans la Section Une. Les deux suspects de M. Jones sont Operations et Marco O'Brien.

Les suspects de Nikita et M. Jones concernant la "taupe" au sein du Collectif se réduisent à quatre : Operations, Quinn, Walter, et feu Marco O'Brien. Mais M. Jones a une cinquième possibilité que Michael Samuelle soit encore en vie et que ce soit lui. Nikita nie que cela puisse être lui. Pendant ce temps, Operations s'expose lui-même pour voir si une mission anti-Collectif se déroule bien comme prévu, mais c'est le Collectif qui parvient à faire exploser l'avion d'Operations en plein ciel.

La situation est désespérée quand le Collectif, toujours dirigé par Graff et Haled, abat la Section Une. Mais, juste à temps, Michael demande à Nikita de l'aider à retourner à la Section, où sa réapparition est vue d'un drôle d'oeil par M. Jones et Operations. Tandis que de nouvelles missions continuent contre le Collectif avec le retour de Michael, Nikita admet lui avoir menti, et qu'elle l'aime vraiment. Operations découvre que le Collectif a infiltré la Section pour essayer de localiser et kidnapper le fils de Michael, Adam.

Nikita doit faire face à son ultime destinée de reprendre la Section Une. Pendant ce temps, Michael revient dans le tableau et kidnappe M. Jones, qu'il a l'intention de livrer au Collectif en échange de son fils. A présent, Nikita doit choisir : doit-elle sacrifier son destin ou le fils de Michael ? Sa décision déterminera son futur pour toujours... et le futur de tout le monde autour d'elle.