Après avoir combattu son premier monstre, Shiny, le robot rouge, s'envole pour l'espace. De retour, face au nouveau Thunder, il se rend compte que les choses ont changé.

Seuls les plus vaillants peuvent affronter les vicieux Kaijus. Thunder ramène Shiny à la base, où la jeune inventrice Alex et le colonel Creed l'entraînent intensivement.

Shiny veut prouver qu'il peut se battre aux côtés de Thunder. Convaincue par sa démonstration, Alex décide de lui donner une chance en lui confiant une mission en solo.

Las d'être toujours dans l'ombre de Thunder, Shiny fait appel à l'expertise technique de la sergente pour améliorer ses techniques et combattre les terribles Kaijus.

Quand des parasites de Kaijus attaquent Shiny et Thunder, Alex et Creed font appel à des décrasseurs. Pendant ce temps, une espionne extra-terrestre s'introduit au QG.

Shiny et Thunder vont de l'autre côté de la planète pour affronter un Kaiju à deux têtes. Mais l'espionne essaie de saboter la mission et de s'emparer de leur base.

Alex s'éprend d'un ado échoué sur Terre après une bataille avec les Kaijus. Mais Shiny, Thunder et Creed s'inquiètent des intentions de ce petit génie venu de l'espace.

Vanessa, l'espionne, envoie un signal pour sortir une espèce ancienne de Kaijus de leur sommeil souterrain afin qu'ils sèment le chaos dans plusieurs villes

Shiny révèle un indice qui aide Alex dans la recherche de ses parents. Vanessa et son maître extra-terrestre décident d'accélérer leurs plans d'attaque aérienne.

Pour sauver Alex et le monde, Shiny et Thunder vont devoir faire équipe avec Dr Starface et Creed et utiliser toute la force de leur lien fraternel.