Thundarr, la princesse Ariel et Ookla escortent un homme qui porte une perle noire magique qui peut se défendre contre le sorcier à deux visages Gemini et ses Groundlings (une race de rats mutants). L'homme a besoin de la perle pour protéger les habitants du village de "Manhat", qui sont en réalité les ruines de Manhattan.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla rencontrent un train transportant des fleurs de la mort (dont le pollen peut hypnotiser à la fois les humains et les Moks) transportés par les Carocs (une race de crocodiles) vers un sorcier pour lequel ils travaillent. L'épisode présente Tye, un gamin des marais, qui accepte d'aider Thundarr à condition qu'il capture le train et le lui donne. Tye réapparaîtrait dans "Last Train to Doomsday" de la saison 2.[15]

Le sorcier maléfique Mindok a perdu son corps dans le Grand Cataclysme 2000 ans plus tôt, bien que son cerveau ait survécu. Lui, le général Zoa et les sbires de Zoa recherchent des scientifiques du XXe siècle cryogéniquement congelés appelés "Ice People" dans un complot visant à construire Mindok un nouveau corps pour son cerveau.

Le sorcier maléfique Morag et ses pillards attaquent un village de bateaux de croisière pour kidnapper ses habitants et voler leur essence vitale.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla viennent en aide au chef Mok Oblach contre le capitaine Kordon, reine des pirates de la rivière, qui recherche le trésor caché des Moks et a l'intention d'utiliser les «lances de feu des anciens» pour l'obtenir. Thundarr apprend que ces "lances à feu" sont en fait des torpilles du 20ème siècle. Thundarr et les Moks défendent les ruines d'une base de la marine américaine contre la capture par les River Pirates, mais Ookla doit surmonter quelque chose d'autre à côté des River Pirates, sa peur de longue date de l'eau.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla viennent en aide à une race d'Amazones amphibies dirigée par la reine déchue Diona qui a été usurpée par Stryia, une méchante reine sorcière mi-humaine mi-requin qui envisage de conquérir à la fois la terre et mers avec son armée de légions de requins.

Zevon est le chef de la Confrérie de la Nuit, une tribu de loups-garous qui peuvent ajouter n'importe qui à leurs rangs en les touchant et cible également le méchant sorcier Infernus dans l'espoir de rendre la meute complètement invincible.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla sont pris dans une bataille entre les sorciers Sholow et les concurrents Basim, Skorpos et Chom qui cherchent le casque du pouvoir. Thundarr finit par se ranger du côté du sorcier Sholow lorsqu'il menace un groupe de villageois.

Simius et ses compagnons Man Apes assemblent des parties récupérées du gorille robotique géant d'un studio de cinéma dans un complot visant à terroriser les villageois locaux.

Un vaisseau spatial contenant un vampire extraterrestre atterrit sur Terre. L'extraterrestre capture la princesse Ariel et tous les villageois dans les ruines du parc d'attractions Lakeside caché sous la neige et la glace des Rocheuses comme source de sa nourriture.

Le sorcier maléfique Crom menace une tribu d'humains à l'Alamo. Ils peuvent se protéger en utilisant une machine Guardian sophistiquée qui utilise des drones robots volants qui peuvent désactiver les réservoirs laser du sorcier. Cependant, il fait sauter un circuit et ne peut pas être remplacé car les circuits ne sont plus produits. Leur seul espoir est de s'infiltrer dans l'antre de Crom afin d'utiliser son cadran lunaire, qui les envoie sur la Vieille Terre. Au XXe siècle, Thundarr, Ookla et Ariel sont aidés par une petite fille nommée Samantha, qui les aide à obtenir un nouveau circuit. Le trio retourne sur la Nouvelle Terre et se prépare au combat avec Crom, mais est heureux d'avoir eu la chance de voir le monde préapocalyptique.

Le sorcier maléfique Kublai cherche le sceptre d'or du Yantzee (le seul objet qui peut le dépouiller de sa magie) et terrorise les villageois du quartier chinois de San Francisco dans le processus. Lorsque Thundarr contrecarre ses tentatives initiales, le sorcier recrute un autre barbare nommé Zogar pour l'engager dans la bataille tandis que Kublai tente à nouveau de trouver le sceptre.

Judag est un ancien esclave amer et échappé d'un sorcier maléfique qui prévoit de réveiller un démon endormi qui pourrait accorder à celui qui le réveille les pouvoirs de 1 000 sorciers. Il appartient à Thundarr d'empêcher Judag d'accomplir cette mission.

Le sorcier Skullus et ses soldats asservissent des villageois vivant dans une raffinerie de pétrole en ruine et les utilisent pour attaquer la forteresse de son ennemi, le tout aussi maléfique sorcier Octogone.

Lorsqu'ils viennent en aide à un esclave en fuite, Thundarr, la princesse Ariel et Ookla sont capturés par des robots travaillant pour le sorcier aux yeux multiples Lord Argoth qui veut Ariel comme épouse.

Le trio enquête sur un secteur appelé la zone mystère où plusieurs navires font naufrage sur une île. Ils apprennent que la méchante sorcière Circé est responsable car elle a besoin d'une jeune sorcière pour surmonter une malédiction dans laquelle elle se transformera en pierre si elle quitte l'île. Quand Ariel arrive avec Thundarr et Ookla, Circé saisit son opportunité alors qu'elle change de corps avec elle et devient une menace pour les autres alors qu'elle tente de quitter l'île.

Après avoir été vaincu par Thundarr, le sorcier maléfique Sarott trouve un laboratoire de recherche qui contient la ville miniaturisée des voleurs. Son dirigeant Vortak promet à Sarott une carte blanche pour utiliser l'armée avancée de la ville pour asservir les humains et autres sorciers s'il peut la restaurer à sa taille normale. Pour ce faire, il aura besoin du Gauntlet of Power qui peut booster sa magie pour agrandir la ville.

Thundarr, Ookla et Ariel sont à la poursuite d'un Janus ressemblant à une momie après que lui et une race de mutants faucons aient attaqué des villages et la voie ferrée de Tye (l'ancien oursin des marais de " Harvest of Doom "). Le groupe est sur le point d'être surpris lorsqu'il s'avère que Janus est en fait Gemini (le sorcier à deux visages de "Secret of the Black Pearl") déguisé cherchant à se venger de Thundarr. Tye, de "Harvest of Doom", revient en tant que "femme d'affaires" conduisant un train.

Au cours d'une bataille avec Yando (un sorcier supposé avec une magie inhabituelle), Thundarr est frappé par un éclair négatif rouge qui diminue considérablement la puissance de son épée solaire. L'arme peut être restaurée dans la piscine de pouvoir à proximité, mais elle est volée par Yando qui cherche à avoir le pouvoir de l'épée du soleil pour lui-même.

L'ami de Thundarr, Thorac, est accusé d'avoir volé le carburant d'un village et est sur le point d'être condamné à mort (en étant bouilli vivant sur un geyser) lorsque le barbare le sauve. Thorac obtient un sursis lorsque Thundarr et le groupe enquêtent sur le crime, apprenant finalement que le shérif de la ville, Korb, est de mèche avec le sorcier maléfique Artemus. Artemus avait volé le carburant pour propulser son vaisseau de la mort et obtenir l'approbation du Conseil des sorciers.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla combattent le méchant sorcier Vashtarr lorsqu'il vole le cristal de la prophétie qui peut donner les détails de sa chute. Quand il se brise dans ses efforts pour le récupérer, la prophétie est prédite alors qu'ils apprennent que trois femmes s'uniront pour le vaincre. L'un est Maya, un métamorphe d'éléments enterré dans les ruines de la vieille ville d'Endorr. Une autre est Cinda, une barbare ermite vivant dans le Canyon de la Mort dont le bâton lui confère une grande force. La dernière est Valerie Storm, une mannequin de l'Ancienne Terre qui est enlevée et faite prisonnière par Vashtarr lui-même.