Will arrive à Heatherfield. Hay Lin l'invite ainsi que Taranee, Irma et Cornelia à goûter au Dragon d'Argent où la grand-mère d'Hay Lin, Yan Lin, leur révéla leur pouvoir et confiera à Will le Cœur de Kandrakar. Au même moment à Meridian, Caleb, le chef de la rébellion, combat contre le tyrannique Prince Phobos.

Irma, Taranee, Cornelia et Hay Lin doivent se rendre à Meridian après que Will ait été capturé par Cédric et Vathek. Mais sans Will, les gardiennes ne peuvent pas se transformer. C'est là que Will rencontre Caleb et Blunk.

Phobos se doute que Vathek a aidé à la fuite de Caleb, Will et Blunk grâce à une clé qui a mystérieusement disparu. Pendant ce temps à Heatherfield, les gardiennes s’entraînent à contrôler leurs pouvoir ce qui n'est pas gagné.

C'est l'anniversaire de Will mais celle-ci demande à Irma de ne pas lui faire de fête. Les filles lui en font tout de même une.

Phobos met en place son plan pour retrouver la véritable héritière du trône qui sa petite sœur disparut depuis 13 ans. Pendant ce temps, Will et Hay Lin trouve des signes étranges à la gare abandonnée. Pour en avoir la signification, les gardiennes vont à la Cité Infinie voir la Devineresse. Will pense que son professeur d'histoire, M. Collins, est un monstre.

Phobos a placé un livre magique dans la bibliothèque de Cédric, son homme de main, à Heatherfield.

Les filles partent en classe de neige mais une nouvelle élève britannique arrive. Les W.I.T.C.H voient mal son arrivée. Entre Will et la nouvelle, une rivalité s'installe.

Phobos fait courir la rumeur que le sceau de Phobos a été retrouvé. Pendant ce temps, les gardiennes doivent jouer une pièce de théâtre. Elles décident de partir à Meridian pour prendre le sceau de Phobos et créées de Jumelles Astrales pour les remplacer sur scène.

Phobos envoie de nouveau le traqueur à la poursuite des gardiennes. Au même moment, Caleb devient le baby-sitter de Chris.

Les filles doivent préparé le festival du printemps. Phobos les envoient et les coincent dans un tableau où est prisonnier Elias, le peintre qui s'est fait lui aussi enfermé par Phobos.

Phobos, qui rêvent d'avoir les pleins pouvoirs de Meridian, a enfin pu identifier sa sœur grâce à l'étoile de Thrèbe.

Le nom de la sœur de Phobos a été divulgué. Les gardiennes essaient de protéger Elyon de Phobos, qui se rapproche se plus en plus de Cédric.

Phobos prépare la cérémonie de l'incarnation. Au même moment à Heatherfield, un sanglochon se balade dans les couloirs de l'école.

Cédric révèle à Elyon qu'elle est la reine légitime reine de Meridian. Se sentant trahie par ses amies et sa famille, Elyon suit Cédric à Meridian et rencontre Phobos

Cornelia se dispute avec les gardiennes. C'est alors que des limaces venant de Meridian envahissent la ville.

Caleb et les gardiennes découvrent qu'Elyon put créer des doubles d'elle-même. Elles n'ont pas d'ombres et disparaissent si on les touche.

Cornelia est nostalgique de son amitié avec Elyon. Elle vole le Cœur de Kandrakar et part sur Meridian avec l'intention de ramener Elyon. Cette dernière se fait manipuler par Phobos et capture Cornelia. Les autres W.I.T.C.H partent la libérer sans pouvoirs.

Caleb et les rebelles décident d'attaquer Cédric mais celui-ci utilise le cor d'Hypnos contre eux. Blunk arrive à le voler mais il jeté à la poubelle par Caleb. Hay Lin récupère le cor et le donne à la principale de l'école qui le passe ensuite à la fanfare de l'école. Martin décide d'en jouer en transforme toute la ville en zombies.

Le père d'Aldarn se fait emprisonner dans la mine sous-marine. Il découvre que le père de Caleb, Jonas, est toujours en vie mais est enfermé dans cette mine depuis plusieurs années. Au péril de sa vie, il va prévenir son fils qui va à son tour informer Caleb.

Blunk a retrouvé le sceau de Phobos sans savoir ce que c'est. Des portails s'ouvrent autour de lui sans qu'il ne s'en aperçoive. Les filles participent à une compétition de rollers. Uriah, une brute dans l'école, fait un croche-patte à Irma qui atterrit dans la forêt. Les gardiennes viennent l'aider à se relever lorsqu'elles remarquent que des portails se sont ouverts dans la forêt. Elles attrapent Blunk et lui prenne le sceau. Le Cœur absorbe le Sceau de Phobos ce qui permet aux gardiennes de créer des portails. Caleb se fait capturer à cause des gardiennes qui ferment les portails de l'autre côté de la Muraille avant qu'il ne passe. Les gardiennes parviennent enfin à ouvrir le Livre des Secrets qui renferme toutes les intentions de Phobos grâce au sceau qui est maintenant à leurs disposition.

Elyon veut revoir ses parents. Phobos charge donc Cédric de les ramener. Les W.I.T.C.H partent à la prison de Cavigor réputé inviolable et libèrent tous les prisonniers y compris les parents d'Elyon enfermés eux aussi.

Les rebelles se font surprendre dans le grenier du château à voler des graines pour se nourrir. Caleb parvient à s'enfuir mais les autres se font hypnotiser par Elyon. Ils sont à présent convaincus que Phobos va signé un traité de paix entre lui et les rebelles. Caleb tente de convaincre Aldarn que Phobos n'a pas changé. Aldarn, énervé, le provoque dans un combat de chefs : celui qui gagne prend la tête de la rébellion. Aldarn arrive le premier dans la course et ils doivent se battre pour savoir qui prendra la tête de la rébellion. Caleb gagne et Aldarn redevient lui-même. Pendant ce temps, les gardiennes se sont rendues à l'endroit où le traité doit être signé, la plaine des Hong-Gongs, pour voir quel est le piège. Les centaines d’œufs sont en fait des œufs de Larveks, et ils ont éclos plus tôt que prévu.

Cédric découvre la Cité Infinie. Les rebelles doivent déclarer la guerre plus tôt que prévu. Les gardiennes sont divisées car quatre d'entre elles doivent terrasser un monstre dans le lac de Meridian. Elyon capture les rebelleds et certains monstres de Phobos.

Matt offre un loir à Will mais elle ne peut pas le garder. Elle confie donc le loir à Irma. Caleb, Blunk et les gardiennes libèrent des prisonniers. Puis Will et Matt s'embrassent.

Un traverseur (comme Blunk) au service de Phobos vole le cœur de Kandrakar. Les W.I.T.C.H pense que Blunk est le voleur. Mais Matt à aussi découvert le secret des filles.

Phobos avance le couronnement de sa sœur. Elyon découvre la vérité sur son royaume et sur la nature de son frère. Les rebelles et les gardiennes créent un portail pour arriver au sous-sol du château. Will, Irma, Taranee, Hay Lin et les rebelles combattent Phobos pendant que Cornelia libère Elyon. Les gardiennes et Elyon unissent leurs pouvoirs pour combattre Phobos. Elles arrivent à l'enfermer ainsi que Cédric et Miranda dans la prison du château. Elyon récupère ses pouvoirs et redonne à Meridian son aspect et sa prospérité d'avant.

Alors que tous célèbrent la défaite de Phobos, Frost le chasseur attaque la Terre. Il kidnappe Irma, Cornelia et Hay Lin et menace Taranee pour forcer Will à lui remettre le Cœur de Kandrakar. Pendant ce temps, Nerissa libère Miranda, Sandpit et d’autres chevaliers de Vengeance

Les Chevaliers de Vengeance s’en prennent aux traîtres de Méridian. Sur Terre, Will offre un chat à Cornelia, qu’elle donne à sa sœur Lilian. Les Gardiennes découvrent leur nouveau statut comme Protectrices des Dimensions Infinies et remarquent de nouveaux pouvoirs — notamment Cornelia qui développe une affinité surprenante

Le Voile abaissé leur offre de nouveaux pouvoirs : Will peut parler aux appareils électroniques, Irma manipuler les esprits, Taranee télépathie, Cornelia télékinésie, Hay Lin invisibilité. Les Chevaliers concoctent un plan pour les accuser de la disparition d’Elyon