Pierre, après avoir quitté ses amis Sacha et Ondine, retourne à Argenta. Il est accueilli par son père, Flint, qui tente de le dissuader d'entrer en ville. Il rentre malgré tout et découvre l'arène et sa maison totalement changés, l'arène étant devenue de type Eau sous l'impulsion de sa mère.

Après avoir quitté ses amis, Ondine arrive à Azuria. Dans une rue, elle voit un attroupement de gens devant une télévision de magasin. Il semble qu'une arène a été fermée suite à une inspection et d'après les rumeurs, la prochaine inspection concernerait l'arène d'Azuria. Inquiète, Ondine se dépêche de s'y rendre sans remarquer trois garçons qu'elle a déjà croisé : les frères Pokémon invincibles. Elle les a déjà battus, et ils sont déterminés à se venger de la jeune fille.

Près d'un village de fermiers, un scientifique lâche des robots qui marchent vers les récoltes. Le village sonne l'alarme et tente de repousser les machines. Tombent alors du ciel Jessie, James et Miaouss, que le village confond avec la Team Royal, une équipe de héros présente dans un des films que connaissent les habitants.

Butch et Cassidy débarquent non loin du laboratoire du Professeur Chen pour le voler. Pendant que le professeur reçoit la visite du Vendeur de Magicarpe puis de Delia Ketchum, Butch et Cassidy se déguisent en Grolem et Nidoqueen pour pénétrer le territoire Chen. Plusieurs des Pokémon de Sacha se mettent involontairement au travers de la route des deux malfrats, les événements intriguant de plus en plus le gardien des lieux : le Bulbizarre de Sacha.

Ondine s'occupe des Pokémon de son arène, et Jacky arrive alors la visiter. L'assistant du Professeur Chen se dévoue pour apprendre à nager au Psykokwak d'Ondine, mais celui-ci y est très réticent. Pendant sa fuite, il percute Sakura qui vient pour remporter un badge. La jeune fille montre à Ondine ses trois badges déjà obtenus, puis Ondine veut montrer les badges Cascade, mais ils ont tous disparus. La championne appelle ses sœurs, celles-ci lui révèlent que les badges sont tous épuisés, et qu'Ondine devra aller à Locronia chez l'artisan les fabriquant. Les clés de l'arène sont laissés à l'infirmière Joëlle et Ondine, Jacky et Sakura partent pour Locronia.

Miaouss a pris des vacances, est parti à la ville du Millenium et a pour projet d'y construire une statue géante à son effigie. En ville, il arrive dans le terrain de jeu des Frères Pichu et de leurs amis. Ensuite il rencontre Malosse qui se met à le poursuivre après avoir été piétiné.

Richie débarque en compagnie de Sparky au laboratoire du Professeur Chen, il est là pour des conseils sur l'évolution de son Évoli. Jacky appelle le professeur mais tombe sur Marie le prévenant qu'il a été enlevé. Richie et Jacky vont vite retrouver l'animatrice et commencent l'enquête par le début : ce qu'il s'est passé dans la matinée. Marie leur raconte les répétitions et la disparition du professeur emmené par deux scientifiques louches.

Après ses déconvenues lors de ses petits boulots à cause des amis des Frères Pichu, Miaouss n'a plus que deux jours de vacances. Il prend une pause en déjeunant dans le parc de la ville du Millenium, et alors qu'il rêve de grandeur, son sandwich est emporté par un Kecleon camouflé. Après une course-poursuite à laquelle les Frères Pichu et leurs amis prennent part, le sandwich atterrit dans l'estomac de Teddiursa.

Ondine a retrouvé ses sœurs mais celles-ci se concentrent sur leur nouvelle carrière d'actrice. Alors que Jacky amène de la nourriture aux Pokémon d'Ondine de la part du Professeur Chen, Cathy débarque à l'arène pour assister au spectacle du soir. Butch et Cassidy, eux, reçoivent une nouvelle mission du Professeur Namba : enlever un Delcatty.

Alors que le trio Rocket s'envole vers d'autres cieux, James laisse s’échapper toutes ses capsules et une des capsules tombe sur Miaouss. Il y a un R dessus. Jessie se souvient alors des moments qu’elle a passé pour rentrer dans la Team Rocket.

Richie arrive dans une ville où le Centre Pokémon est sur le point d'être détruit pour la construction d'un nouvel immeuble de bureau. Il se met en travers du chemin des ouvriers et les fait fuir. L'ancienne Infirmière Joëlle apprend à Richie que, dans le passé, un Celebi habitait près d'ici. Dans la nuit, et alors qu'il discute avec Sparky, Celebi vient le visiter et le fait voyager dans le temps.

Dans le territoire Chen, des Marill s'amusant provoquent une réaction en chaîne via les Pokémon de Sacha faisant que les Tauros de celui-ci foncent vers le laboratoire du Professeur Chen. Pendant ce temps, le Professeur Chen, Jacky et Delia Ketchum attendent le fils du maire qui doit débuter son voyage Pokémon le jour même.

Le Professeur Chen avec Jacky va rendre visite à son petit-fils, Régis, dans son laboratoire. Sur le chemin pour y accéder, ils croisent un Ptéra, Régis explique alors à son grand-père et Jacky que lui, Tara, sa collègue et Jaren, leur assistant, étudient les Pokémon fossilisés et ont réussi à faire revivre un Ptéra peu enclin à être contrôlé. Cristal, la sœur de Tara appelle ses amis Pokémon pour aider à rechercher le Pokémon fossile.

Butch et Cassidy reçoivent une nouvelle mission du Professeur Namba : capturer les Lovdisc de l'arène d'Azuria. À l'arène, Casurin, le Lovdisc mâle d'Ondine est fou amoureux de Loverin, la Lovdisc femelle de Daisy, mais ce n'est pas réciproque. De son côté, Daisy a déjà des vues sur un nouveau spectacle, mais elle a besoin que les deux Lovdisc soient amoureux l'un de l'autre.

Cathy et ses Pokémon se reposent dans un parc après la défaite de l'équipe des Élektek. Elle y rencontre le joueur vedette blessé de son équipe qui poursuit son Dracaufeu ne pouvant plus utiliser Lance-Flammes ni voler. Cathy décide de faire ce qu'elle sait faire de mieux : encourager Dracaufeu à reprendre confiance en entonnant une chanson de motivation.

Richie est en route pour de nouvelles aventures sur un bateau qui croise des Léviator sauvages. Le commandant est sur le point de faire demi-tour, mais Silver appelle son Drattak, et fait fuir les Pokémon à l'aide d'Ultralaser. Discutant avec Richie, il lui apprend qu'il veut capturer Sulfura. À l'escale qui suit, Richie descend du bateau pour rejoindre Silver, Butch et Cassidy se faisant passer pour des chercheurs de l'institut scientifique de Sornette Land.