Okajima Rokuro, salarié d'Asahi Industrials est chargé par ses supérieurs de convoyer un disque contenant des données sensibles. Intercepté par la compagnie Black Lagoon, en réalité une bande de pirates du 21ème siècle chargés par la mafia russe de récupérer le disque, Okajima est alors pris en otage par la tête brûlée du groupe, Revy qui espère obtenir une rançon.

Les supérieurs d'Okajima ayant décidé de le faire disparaître en même temps que le disque de données, il est forcé de faire équipe avec les membres du torpilleur Black Lagoon pour sauver sa peau. Il décidera alors de les rejoindre et prendra le surnom de "Rock".

Dans cet épisode 3, La compagnie Black Lagoon est chargée de récupérer un paquet à l'île Phu Quoc. Il s'agit en fait d'une trahison de Chen et Luak, deux mercenaires voulant faire payer à la faction Black Lagoon son entente avec l'Hôtel de Moscou, la très puissante branche thaïlandaise de la mafia russe.

Cet épisode commence par un flash back datant de 1945 qui montre le naufrage du sous marin allemand U-234 au large du Cap Vert. Un peu plus de 50 ans plus tard, la compagnie Black Lagoon est contacté par un mystérieux commanditaire lui demandant de récupérer le tableau "Les 12 rois guidés par Brunehilde" qui se trouverait dans un sous marin échoué au fond de la mer d'Asie du sud-Est ...

Revy et Rock récupèrent le tableau à l'intérieur de l'épave du sous-marin mais sont attaqués par le commando kamikaze de l'Union Aryenne Socialiste (UAS) qui veulent eux aussi le tableau. A la surface, Dutch et Benny restent à distance du bateau "White Heather" à partir duquel les troupes de l'UAS emmenées par Rachmann leur avaient lancé des TOW (armes antichars).

De retour bredouille sur le torpilleur PT109 Black Lagoon, Rock et Revy prennent un peu de repos pendant qu'au large, les troupes de Rachmann font la fête, tous heureux d'avoir récupérer le tableau. A la nuit tombée, Dutch et Revy se rendent discrètement à bord du "White Heather" grâce à l'un des canaux pneumatiques embarqué à bord du Black Lagoon afin de ramener le fameux tableau.

Dutch ayant vu Revy revenir très abattue après sa plongée avec Rock à bord de l'épave de l'U234 et se doutant que quelque chose ne va pas bien entre les deux, il leur ordonne de s'occuper ensemble de "courses" diverses pendant que lui et Benny s'affairent sur le torpilleur. C'est l'occasion de voir un peu plus en détail la ville de Roanapura et surtout d'assister au fameux "clash" entre les deux personnages les plus opposés du manga.

Dans cet épisode 8 de Black Lagoon, la bonne de la famille Lovelace, Roberta, débarque à Roanapura pour retrouver la trace de son jeune maître Garcia, enlevé par la mafia colombienne. Dans le même temps, le cartel Manisarera demande à l'équipage du Black Lagoon de récupérer un "paquet" et de le livrer à Roanapura ...

Roberta, la ménagère ayant traversé la moitié du globe pour récupérer Garcia, s'avère être plus qu'une simple femme de ménage. Il s'agit en fait d'une ex-terroriste des FARCS, surnommée le "chien de Florencia" car "lorsqu'elle traque une proie, elle l'achève toujours". L'équipage du Black Lagoon qui convoient le paquet (Garcia) la croise au bar Yellow Flag alors qu'elle se bat avec les hommes d'Abrego pour obtenir des informations. La bonne (plutôt un chien enragé) les prend alors en chasse pour récupérer son maître.

Garcia, terrifié par la vraie nature de Roberta, s'enfuit avec la compagnie Black Lagoon à bord de la Plymouth rouge de Dutch pendant que Revy est complètement dans les vapes. Ayant été prise dans le champ d'une balle explosive tirée par la "femme terminator" dans le bar de Bao, elle se réveille enfin alors que l'équipage à eu un accident de la circulation et que la voiture de Dutch est inutilisable. Un duel à mort s'engage alors entre les deux "cinglées" dans le quartier des entrepôts de Roanapura avant que Balalaïka, la chef de l'Hôtel de Moscou n'intervienne avec ses troupes pour ramener le calme.

La faction Black Lagoon est engagée par Chang, le responsable de la branche thaïlandaise de la triade de Hong Kong, afin de transmettre des documents sensibles à la C.I.A. concernant un groupe terroriste ayant commis un attenta au Zaïre. Ce groupe armé, après avoir fait sauter les locaux de la triade à Roanapura, attaque les bureaux de la compagnie Black Lagoon alors que Chang était en train de donner ses instructions aux membres de l'équipage qui partent alors pour accomplir leur mission.

La fin de l'épisode 11, Rock est capturé par les terroristes, alors que lui et Revy étaient descendus à terre avec les documents pendant que Dutch et Benny continuaient à bord du Black Lagoon pour faire diversion. Revy est alors rejoint par Shenhua, une mercenaire freelance engagée par Chang, et son chauffeur, Leigharch. Étant parvenu à convaincre les deux mercenaires de l'aider à sauver Rock, Revy et ces derniers se dirigent vers le camp des terroristes et le récupèrent avant d'aller remettre les documents à deux agents de la C.I.A qui arrivent à bord d'un hélicoptère furtif au point de ralliement.

Cet épisode introduit les personnages d'Hanzel et Gretel, les deux jumeaux serials killers engagés par la Verrocchio Family pour éliminer Balalaïka, la chef de l'Hôtel de Moscou.

Dans cet épisode, Hanzel et Gretel se débarrassent de leur protecteur Verrocchio et sèment la terreur à travers Roanapur pendant que Balalaïka et Chang décident d'une alliance entre leur deux factions pour les éliminer avec la mafia sicilienne. Pendant ce temps, des chasseurs de prime affluent à travers la ville pour tenter de tuer les jumeaux et empocher la prime promise par Balalaïka.

Les jumeaux ayant échappé à Revy et à Eda (la soeur de l'Eglise de la Violence) qui les avaient retrouvés, ils sont pris en chasse par les troupes spéciales de l'Hôtel de Moscou. Ils décident alors de se séparer. Hanzel est alors conduit à son insu dans le lieu ou se trouve Balalaïka et est éliminé. Quant-à Gretel, elle contacte la Lagoon Company par l'intermédiaire d'Eda afin de pouvoir s'enfuir mais c'est sans compter sur le pouvoir de l'Hôtel de Moscou qui la "réceptionne" à la fin de son voyage par l’intermédiaire d'Elroy, un mercenaire sud africain.

Janet "Jane" Bhai, qui fabriquait des faux billets pour le cartel de Neveral, s'échappe de l'organistion et vient demander de l'aide à l'Eglise de Roanapur. Elle est poursuivie par les membres du cartel qui tirent dans l'église, ce qui déclenche la fureur d'Eda et de Revy, présente sur place. Les mafieux s'enfuient et Jane raconte son histoire à Yolanda, Revy et Eda. Cette dernière lui conseille un hôtel, le Ramsap Inn, où elle sera en sécurité pour la nuit. Sitôt Jane partie, Eda appelle ses contacts pour leur indiquer, en échange d'une "petite commission" le lieu où s'est réfugiée la fugitive. Ayant été informés de la localisation de Jane, le cartel de Neveral, par l'intermédiaire de "Groovy Guy" Russel, recrute des mercenaires à Roanapur pour organiser la capture.

Les mercenaires engagés par Russel font irruption dans la chambre indiquée par Eda mais cette dernière leur a volontairement indiqué la chambre d'à côté pour permettre à Jane de s'enfuir de l'Hôtel et à écrit quelques conseils sur les murs pour lui permettre de s'échapper ;) . En bas du Ramsap Inn, Janet Bhai est attendue par Eda qui lui propose d'être son garde du corps en échange des faux billets qu'elle a réalisé. Sous la contrainte, elle accepte. Elle, Revy et Rock qui l'accompagnent deviennent ses assurances vie et son chauffeur. Eda prévoyait d'utiliser le torpilleur de Dutch, mais sur place elle apprend par Revy que Dutch et Benny sont partis avec le Black Lagoon faire une "livraison". Les mercenaires engagé par "Groovy Guy Russell" encerclent alors les bureaux de la compagnie Lagoon et se préparent à donner l'assaut pendant que Revy contacte Dutch qui décide de laisser tomber la livraison en cours pour revenir plus vite. A la fin de l'épisode, les mercenaires attaquent.

Au QG de la compagnie Lagoon, la situation devient difficile car Claude Torchweaver, l'un des mercenaires engagés par Russell a déclenché un incendie qui gagne tout le bâtiment. Pendant ce temps, Revy et Eda parviennent à se débarrasser de la menace Shenhua pendant que Rock et Janet "Jane" Bhai se réfugient sur le toit. Ils sont rejoints par Sawyer, la "femme fantôme à la tronçonneuse" qui les tient en respect jusqu'à ce quelle perde son UltraVoice et s'agenouille, prostrée. Pressées par l'incendie, Eda et Revy se réfugient à leur tour sur le toit qui fini par s’écrouler. Au même moment, Dutch arrive à Roanapur à bord du Black Lagoon et les prends à bord en même temps que certains mercenaires qui s'invitent à bord.

Balalaïka et son organisation se rendent à Tokyo à l'appel du clan Washminie afin de prendre possession de certains secteurs d'activités sur le sol japonais. Rock, accompagné de Revy, est engagé par Balalaïka en tant que traducteur. C'est la première fois depuis le début du manga et de l'anime que Rock retourne au Japon.

Devant la brutalité de l'Hôtel de Moscou qui ne pense qu'à servir ses intérêts propres, les relations avec le clan Washimine se dégradent et débouchent sur un conflit ouvert. Ayant fait venir les russes au Japon, le leader par intérim du clan Washimine se suicide en tentant une attaque Kamikaze sur Balalaïka, mais il échoue et meurt sans avoir réussi à la tuer. Peu de temps après, les dirigeants restants du clan Washimine décident de nommer Yukio comme chef car elle est la fille du défunt dirigeant légitime.

Certains membres du clan Washimine n'acceptent pas Yukio comme nouvelle chef . Sous la houlette de Chaka, ils trahissent le clan et enlèvent Yukio. Ginji Matsuzaki part à leur poursuite. Il est rejoint par Rock et Revy. Tous les trois, ils se dirigent vers le bowling où Chaka et ses hommes gardent Yukio prisonnière.

Dans cet épisode, Revy et Ginji éliminent Chaka et ses hommes pendant que Rock essaie de raisonner Yukio. De leur côté, Balalaïka et ses troupes se préparent à attaquer le QG du clan Washimine.

Alors que l'Hôtel de Moscou détruit une à une les planques du clan Washimine, Ginji et Yukio élaborent le projet de s'établir à Roanapur. Pour cela, ils dévalisent une banque afin d'avoir assez d'argent. De son côté, Rock retourne, en compagnie, de Revy voir une dernière fois la maison de sa famille après une violente dispute avec Balalaïka pour la persuader d'épargner Yukio.

Balalaïka et Boris rencontrent les dirigeants du clan Kousa pour conclure un accord. Rock tente et obtient de Balalaïka qu'elle élimine les membres du clan Kousa afin de sauver Yukio dont l'organisation est détruite. En s'enfuyant de chez les dirigeants du clan Kousa, Rock et Revy sont renversés par Ginji et Yukio qui prennent Rock en Otage. Apparemment, elle ne veut pas retourner à sa vie normale d'étudiante. Revy braque alors un camion et les prend en chasse. Elle finit par les rattraper sur le port et un duel à mort s'engage entre elle et Ginji. Après avoir vu Ginji se faire tuer sous ses yeux, Yukio se suicide. A la fin de l'épisode Rock et Revy prennent l'avion qui doit les ramener à Roanapur.