Lorsqu'un avion se crashe sur Oahu, Jane Tennant et son inébranlable équipe de spécialistes doivent trouver qui est responsable de cet accident avant que des secrets d'Etats classifiés ne soient révélés au grand jour.

Tennant et le NCIS doivent arrêter une équipe de voleurs internationaux utilisant des explosifs de la Seconde Guerre mondiale sur des véhicules blindés avant qu'ils ne terminent leur dernier gros contrat et ne disparaissent. Pendant ce temps, Kai cherche un nouvel endroit où vivre. Lucy et Whistler sont confrontés à une précédente rencontre et la mission d'Ernie sur le terrain s'avère plus compliquée que prévu.

Kai part sous couverture dans l'un des plus anciens gangs de surfeurs d'Hawai'i quand un sous-officier, qui tentait d'aider des jeunes à problèmes à trouver un nouveau but dans les Marines, est tué.

Quand un charmant et apprécié Paniolo (un cowboy Hawaiien) se fait tirer dessus en montant à cheval, Jane et son équipe doivent gagner la confiance de la communauté des Paniolo pour essayer de trouver le coupable et protéger la vie des Paniolo. Pendant ce temps, Kai essaye de convaincre son père, têtu, de consulter un médecin.

Quand un marin japonais est tué sur le sol américain et que les preuves indiquent un lien avec le meurtre de la petite-amie de la victime, ayant eu lieu un peu plus tôt, au Japon, le NCIS doit trouver le meurtrier avant que la mauvaise personne ne soit accusée et que l'affaire ne provoque une crise diplomatique. Pendant ce temps, le Capitaine Milius fait une demande personnelle à Tennant.

Quand Tennant et le NCIS sont chargés de retrouver une star des réseaux sociaux globe-trotteuse, ils découvrent qu'elle n'est pas celle que son mari et ses followers pensent qu'elle est. Aussi, l'équipe est sur les nerfs avec Whistler qui a ses propres demandes.

Quand un sous-officier de la Navy est assassiné, Jane et l'équipe enquêtent tout en protégeant les amis et la famille de la victime.

Quand un militant anticapitaliste est tué, Jane et l'équipe enquêtent et se retrouvent embarqués dans une guerre entre éco-activistes et un milliardaire se battant pour un terrain. Également, Jane et le Capitaine Joe Milius ont un rendez-vous.

L'équipe du NCIS enquête sur une affaire classée impliquant des os datant de la Seconde Guerre Mondiale lors du 80ème anniversaire du bombardement de Pearl Harbor. Ils sont choqués d'apprendre que ces ossements appartiennent à un centenaire, survivant de l'attaque.

Le NCIS croise le chemin de l'équipe de Whistler alors qu'ils enquêtent sur un conteneur de transport rempli d'armes de contrebande. Dans le même temps, Tennant réfléchit à arrêter le père de l'amie d'Alex, sachant que cela la conduira à déménager.

Quand les preuves pour arrêter un baron de la drogue sont volées, Lucy part sous-couverture dans un tournoi de poker illégal pour découvrir qui est derrière ce crime. Aussi, les sentiments de Lucy sont dans la tourmente quand l'ex-petite-amie de Whistler arrive en ville.

Quand le NCIS enquête sur la mort mystérieuse d'un ingénieur de la Navy, Joseph Chan, ils apprennent que la dernière personne qu'il a vue est sa collègue : Maggie Shaw, l'amie et mentor de Jane, qui a été enlevée. Aussi, David Sola, un officier des renseignements néo-zélandais arrive à Hawai'i, suivant une piste dans son affaire qui lie la mort de Joseph Chan à un agent secret chinois.

Alors que Jane enquête sur l'enlèvement de Maggie, elle est choquée lorsqu'elle apprend la vérité et embarque son équipe et Whistler pour trouver des preuves à ses découvertes.

Pendant que Jane est interrogée à la suite de l'arrestation de Maggie Shaw, le reste de l'équipe enquête sur un cas mystérieux de Marines dont les canaux auditifs ont été endommagés par des vagues d'ultrasons. Enfin, Ernie rend vite à son ami, le Docteur Tony Lee, pour identifier de possibles suspects qui auraient pu avoir accès à cette arme classifiée.

Alors que Jesse profite d'une journée en mer avec sa fille Gracie, des pirates assiègent leur yacht, prenant tous les passagers en otage et attaquant Jesse, laissant la charge à son équipe de rapidement localiser et sauver sa fille.

Kai part sous couverture en tant que chef dans un restaurant local pour acquérir des informations sur un criminel notoire qui a des connexions dans le restaurant. Aussi, Jane découvre qu'une école sur le continent veut recruter Alex et lui offrir une bourse pour le baseball, ce qu'il a caché à toute sa famille.

Quand une attaque informatique cause des problèmes dans le fonctionnement d'un barrage, Ernie et une équipe de hackers sont chargés de réparer les dégâts rapidement, avant que l'électricité et l'eau ne soient coupées partout sur l'île. Aussi, Lucy et Whistler travaillent ensemble, donnant une chance à Whistler de s'excuser auprès de Lucy et leur donnant une chance de travailler sur leur relation.

Les agents Nick Torres et Jessica Knight partent à Hawai'i quand ils apprennent qu'un témoin clé dans l'une de leurs anciennes affaires s'est retrouvé là-bas avec des preuves importantes.

L'équipe du NCIS enquête sur un bateau transportant des animaux exotiques qui menace maintenant la vie sauvage d'Oahu. Aussi, Alex souffre d'une blessure pouvant mettre fin à sa carrière et Kai propose une sortie à Melanie, un agent de la vie sauvage.

Lorsqu'un homme de la Navy est impliqué dans un meurtre, l'équipe du NCIS est appelée à travailler pendant leur jour de congé. Aussi, Lucy découvre que Whistler a refusé une promotion à Washington D.C. pour rester à Hawai'i.

Le capitaine Milius est de retour à Hawai'i pour une opération secrète d'échange de prisonniers, et embarque Jane avec lui pour assurer sa sécurité vers les Philippines, où l'échange doit avoir lieu.

Le capitaine Milius continue de travailler avec Tennant et son équipe après les retombées de l'échange de prisonniers entre les États-Unis et l'Europe de l'Est. Aussi, Whistler prend conseil auprès d'Ernie et fait un grand geste dans le but de reconquérir Lucy.

Nick Torres et Jessica Knight quittent Washington pour Hawaï avec Jane et Ernie afin de poursuivre la piste du terroriste Maxwell, qui a piégé Alden Parker. De nouvelles découvertes sur le passé de leur cible les amènent à tenter de déjouer un projet d'attentat visant le Rimpac, l'exercice maritime des forces alliées organisé sur l'île d'Oahu.

Le NCIS plonge dans le monde illégal des courses de voitures après la découverte du corps d'un sergent de la Marine dans une décharge. Par ailleurs, Tennant s'inquiète à propos d'Alex qui semble lui cacher quelque chose, et Whistler est anxieuse à l'idée de présenter Lucy à ses collègues.

Appelée sur les lieux d'un accident mortel, Tennant et son équipe découvrent que l'officier impliqué se révèle être un imposteur. Pour les besoins de l'enquête, Whistler infiltre une agence de personnel de ménage qui pourrait cacher des activités criminelles.

Un membre de la Navy est retrouvé mort sur un terrain sacré, dédié au dieu de la guerre, où le NCIS découvre cinq autres corps. L'équipe fait appel à l'agent spécial Neil Pike pour l'aider à arrêter un potentiel tueur en série sur l'île. Par ailleurs, Jane fait la connaissance de la nouvelle petite-amie de son fils Alex.

L'enquête du NCIS sur la mort d'un Marine, tombé des gradins après un match de football américain, confronte l'équipe à une organisation criminelle locale sans pitié.

Lorsqu'un caporal trouve la mort sur une plage après avoir été exposé à du fentanyl, le NCIS doit trouver l'origine de la drogue. Ils remontent la piste jusqu'à un avion immergé, qui semblait servir à passer la drogue. Un corps git ans le cockpit.

En l'absence de son beau-père, en mission dans un sous-marin, le jeune Théo vient signaler au NCIS la disparition inquiétante de sa mère. Leur enquête conduit les agents jusqu'à un chasseur de prime accrédité.

Quand un officier de la Marine est assassiné en travaillant de nuit dans un théâtre communautaire, l'équipe du NCIS fait appel à un visage familier pour l'aider à retrouver un tueur international impitoyable. De plus, Kai fait appel à Whistler pour ouvrir une enquête sur un vieil ami devenu criminel.

Quand le Commandant Chase est enlevée chez elle par un Ranger de l'armée accusé de meurtre, l'équipe du NCIS doit réagir rapidement pour la retrouver ainsi que le suspect.

L’enquête conjointe des trois bureaux du NCIS conduit les agents à Hawaï, où leur ancien instructeur avait prévu de se rendre, pour traquer leur suspect : Simon Williams. Kidnappés à Washington et transportés à Hawaï, Tennant, Palmer et Hanna sont aux prises avec un agent de la CIA, Melina Devlin, en quête de réponses sur leur suspect... 2ème volet d'un crossover en trois parties avec NCIS et NCIS : Los Angeles.

L'agent spécial Pike est pris en embuscade dans une fusillade alors qu'il travaillait sous couverture avec une famille criminelle japonaise locale. Le NCIS et le FBI vont enquêter et découvrir une guerre de clans. Par ailleurs, Kai doit accepter que son père fasse l’objet d’une enquête fédérale pour avoir accepté de l’argent sale de son ami d’enfance.

Le NCIS enquête sur le meurtre d’un capitaine des forces spéciales et comprend vite qu’une omerta règne au sein de son unité d’élite. L’équipe remonte la piste jusqu’à un ancien membre, Ellis Kane, qui a eu une altercation avec la victime lors d’une mission au Niger avant de tout quitter pour devenir moine…

Un tuyau anonyme envoie le NCIS et la police sur une opération de démantèlement d’un laboratoire de métamphétamine qui explose alors que les équipes sont sur place. Kai, qui avait repéré la bombe et fait évacuer les lieux, s’avère être la cible de cette attaque en lien avec l’ami d’enfance de son père, Wally. Par ailleurs, Lucy mène sa première enquête à bord d’un porte-avions.

Lorsque les meurtres d’un capitaine de la Navy et de sa femme font écho à une ancienne affaire résolue, le NCIS doit déterminer s’il s’agit d’un tueur imitateur. L’équipe reprend contact avec l’ancien agent en charge de l’enquête, Jim Carter, qui n’apprécie pas Tennant et lui reproche de l’avoir renvoyé…

Charlie 1, collaborateur de l’ombre du NCIS, sort accidentellement de sa cachette et met sa famille en danger. Le NCIS va l’aider à enquêter sur ceux qui essaient de s'en prendre à lui. Lucy rentre de sa mission à Hawaï un jour plus tôt pour surprendre ses amis.

Le NCIS enquête sur une série de vols mineurs au sein de la Marine et découvre que leur suspect est le fils d’un capitaine de corvette, qui va être attaqué à son tour. Whistler se débat avec un informateur peu coopératif et Alex évalue ses options universitaires...

Le capitaine Milius retourne à Hawai'i alors que l'équipe du NCIS s'efforce d'attraper une cible dangereuse et de grande valeur du gouvernement américain avec l'aide d'un informateur qu'ils n'ont jamais rencontré. De plus, Tennant et Daniel s'occupent de l'acceptation d'Alex à l'Académie navale.

Lorsque Tennant interroge un suspect lors de son transfert en hélicoptère et que l'hélicoptère s'écrase, elle doit utiliser ses compétences pour se sauver et sauver les autres passagers.

Après la mort mystérieuse d'un astronaute dans une simulation très sensible de Mars, l'équipe du NCIS doit envoyer Ernie dans l'habitat pour enquêter seul.

Lorsque Lucy reçoit un étrange appel de garde de nuit d'un homme admettant un meurtre, l'équipe du NCIS entreprend de le retrouver.

La découverte d'un ancien agent du MI6 décédé révèle des secrets du passé de Tennant, la forçant à se donner beaucoup de mal pour retrouver la partie responsable.

Lorsqu'un personnage du passé de la CIA de Tennant réapparaît, l'équipe du NCIS cherche l'aide de l'endroit le plus improbable pour attraper un tueur qui menace de détruire tout ce que Tennant a construit.

Après avoir réussi son évaluation médicale et psychologique, Tennant est surprise par son entretien final avec Sam Hanna, qui la remet en service. L'équipe hawaïenne doit ensuite retrouver un hacker qui a exposé l'intégralité de la base de données de l'U.S. Marshal Service. Jane et Sam partent à sa poursuite à Las Vegas.

Suite au crash d'un avion de transport de prisonniers, l'équipe du NCIS doit retrouver les condamnés qui se sont évadés sur l'île. Pendant ce temps, Sam Hanna et Tennant sont chargés de localiser un prisonnier russe de premier plan connu sous le nom: Le chimiste.

Après un braquage de la Navy Federal Credit Union, l'équipe du NCIS traque un groupe de voleurs à la recherche d'adrénaline. Pendant ce temps, Tennant se méfie des raisons de la présence de Sam Hanna à Hawaï.

Lorsqu'un pilote de la Marine est retrouvé assassiné dans une station militaire locale, l'équipe opère sous couverture pour découvrir une entreprise criminelle qui se cache au vu et su de tous.

Le NCIS est chargé de protéger la fille d'un oligarque russe porteur d'un secret mortel. Pendant ce temps, Sam demande une faveur à Tennant.

Lorsque la fiancée d'un officier de marine disparu demande l'aide du NCIS, l'équipe révèle que ses secrets sont bien plus profonds qu'elle ne le soupçonnait. Pendant ce temps, Sam recrute Kai pour être son coéquipier.

Lorsqu'un marine est assassiné lors d'un entraînement sur l'île de Big Island, l'équipe du NCIS traque le suspect au plus profond des bois et découvre un secret troublant.

Après l'enlèvement de la femme d'un marine pour obtenir une rançon, l'équipe du NCIS découvre de sombres secrets alors qu'elle tente de retrouver son ravisseur avant qu'il ne soit trop tard. Pendant ce temps, Sam sollicite l'expertise d'Ernie pour décrypter un programme informatique qui pourrait avoir des ramifications mortelles.

Lorsqu'un expert en armes biologiques de grande valeur est assassiné dans une installation sécurisée à Hawaï, le NCIS et l'équipe d'élite du NCIS unissent leurs forces pour retrouver le tueur et découvrir une menace encore plus mortelle.

Après une embuscade dévastatrice avec une arme biologique mortelle, l'équipe du NCIS doit traquer un mystérieux groupe terroriste avant qu'il ne puisse frapper à nouveau.