En percutant le Prisme du Paradoxe, Sonic se retrouve propulsé dans un monde parallèle appelé Néo Yoke City, dont l'environnement terne semble étrangement familier.

Profitant d'une panne de courant, deux rebelles infiltrent un laboratoire où le Conseil du Chaos étudie l'étrange lien entre la source d'énergie qu'il détient et Sonic.

Les rebelles affrontent le Conseil du Chaos pour récupérer le fragment de prisme. Sonic fait ensuite une terrible découverte sur les événements qui ont brisé son monde.

Dans une dimension appelée le Dédale Bosquet, Sonic rencontre des versions arboricoles de ses amis, qui le mettent en garde contre un monstre vivant dans la jungle.

Pour retourner dans la bonne dimension, Sonic doit combattre le monstre de la jungle, qui a déclaré la guerre à ses amis, et récupérer le puissant fragment de prisme.

De retour à Néo Yoke, Sonic tente désespérément de convaincre Nine de rejoindre la Résistance. Mais son ami s'est fixé une autre mission : bâtir un nouveau foyer.

Dans un coin tropical perdu appelé le Grand Nulle Part, Sonic rencontre une sympathique bande de pirates et son mystérieux capitaine, qui adore faire la fête.

Sonic et ses amis sont à la poursuite du fragment de prisme, mais ils ne sont pas les seuls à le chercher. Pour s'en emparer les premiers, il va falloir carburer !

Shadow tend une embuscade à Sonic dans la vacuité du Paraverse afin de lui demander des comptes sur la destruction de Green Hill, et de prendre les choses en main.

Alors que le Conseil du Chaos fouille partout en quête du fragment de Prisme du Bosquet, Sonic réalise que seul un combat pourra empêcher les robots de détruire la forêt.

Pour sauver l'équipage du capitaine La Terreur et récupérer le fragment, Sonic doit jouer son atout : sa rapidité d'action. À son grand étonnement, il reçoit du renfort.

Quand l'équipage de La Terreur remet en question la loyauté de Sonic, des amis passent à l'ennemi. Peu après, une bataille pour le fragment éclate en haute mer…

Le Conseil du Chaos revient à Néo Yoke City plus puissant que jamais, ce qui force les rebelles à sortir de l'ombre et à se battre sur leur terrain.

Sonic trouve son égal en Chaos Sonic, une version robotisée de lui-même conçue pour ne jamais échouer. Pendant ce temps, le Conseil du Chaos décide d'étendre son empire.

La clé de réassemblage du Prisme du Paradoxe est dans l'un des para-spaces. Nine et Sonic pourront-ils ouvrir un portail afin d'y transporter sans risque les fragments ?

Tandis que Nine reconstitue le Prisme du Paradoxe, Shadow et Sonic tentent de gagner du temps en affrontant le Conseil, mais une surprise de taille les attend.

Nine commence à façonner le Sinistre à son image après le vol du Prisme du Paradoxe

Sonic se rend à Néo pour trouver de l'aide et former une alliance surprenante

le hérisson bleu joue au sauveur en se jetant dans le Grand Nulle Part, tandis que Nine veut se servir de l'énergie de Sonic pour son cristal magique

Sonic va apprendre à compter sur ses alliés dans l'espoir de vaincre Nine

le hérisson bleu, accompagné de ses partenaires, va tirer parti de sa vitesse pour détruire un grand robot

Sonic doit faire face à une armada d'ennemis alors qu'il se découvre un nouveau pouvoir

des sacrifices devront être faits pour « sauver la réalité de son destin funeste » et réparer les premiers dégâts causés par Nine