Cinq ans après le départ de leurs parents, Taylor et Hayley trouvent un Jaeger d'entraînement... qui attire vite les foudres d'un Kaiju sur leur village.

Quand l'énergie d'Atlas Destroyer s'épuise, Taylor et Hayley fouillent les ruines d'une ville voisine en quête de batteries, et multiplient les découvertes surprenantes.

En se déplaçant à pied, Taylor, Hayley et Boy tombent sur un campement nomade, base d'un dangereux trafic. Son chef peu recommandable tente de découvrir leur secret.

Lorsqu'un Kaiju approche rapidement, Shane oblige Taylor à copiloter Atlas Destroyer avec Mei pour le mettre hors de danger, mais Taylor ne l'entend pas de cette oreille.

Pour reprendre Atlas Destroyer et sauver Hayley et Boy, Taylor se lance dans une manœuvre risquée, le "mode fantôme". Joel et Mei font un choix fatal.

Le mystère du passé de Boy s'épaissit encore quand Taylor et Hayley le trouvent au milieu de Kaijus morts et de Jaegers détruits, en compagnie de la créature responsable.

En répondant à un signal de détresse, Taylor et Hayley reconnaissent le Jaeger de leurs parents, puis affrontent le Kaiju qui les suivait. Sous les yeux ébahis de Boy...

La transformation de Boy en Kaiju inquiète Taylor et Mei, mais Hayley veut continuer à s'occuper de lui. U, mystérieux groupe de femmes essaie d'enlever Boy.

Alors que Boy est gravement blessé, Hayley, Taylor et Mei conduisent le Jaeger dans une vallée infestée de Kaijus pour demander de l'aide à un dresseur de Kaijus.

L'Atlas Destroyer est pourchassé jusqu'au territoire des sœurs de Kaiju, où Hayley, Taylor et Mei se disputent sur ce qu'il convient de faire de Boy.

Après avoir rattrapé l'Atlas Destroyer, Shane propose à Hayley et Taylor de lui échanger le Jaeger contre une chose dont ils ont grand besoin.

Tandis que la mère d'Hayley et Taylor tente de résister à la grande prêtresse, le groupe élabore un pan pour sauver Boy avant qu'il devienne définitivement leur ennemi.

Victime du sort des sœurs, Boy se transforme en Kaiju et cherche à détruire l'Atlas Destroyer quand un allié inattendu vient à la rescousse.

Pourchassés par ces créatures, Hayley, Taylor, Mei et Boy courent se réfugier à la base de Sydney, mais les sœurs appellent un Kaiju de catégorie 6 pour les arrêter.