Robin Sena arrive au Japon pour remplacer un membre déchu du STN-J. Absorbés par une chasse aux sorcières, les membres de l’équipe ignorent que cette jeune fille tranquille de 15 ans est la nouvelle chasseuse.

Une sorcière nommée Kazuya Misawa fait l’objet d’un procès très médiatisé pour le meurtre de son partenaire commercial. Cependant, malgré les preuves falsifiées par la police, comme Misawa n'a jamais été vu en train de toucher l'homme, il est peu probable qu'il soit jamais condamné. Le STN-J reprends l'enquête.

Le STN-J est appelé par la police locale lorsqu’un cadavre séché est trouvé. Lorsque Robin trouve un insecte mort sur le corps, l’équipe part à la recherche d’une sorcière capable de contrôler les insectes.

Quand Amon remet à Robin le dossier pour des affaires de meurtre non résolues et peut-être liées à la sorcière, elle trouve une série de décès survenus dans le même parc qu’elle traverse pour aller à l’église. Il y a une jeune fille qui peint des paysages tous les jours et Robin s’inquiète pour sa sécurité. Elle fait équipe avec Mme Karasuma pour enquêter sur le parc, mais est-elle sûre que les meurtres ont été causés par une sorcière?

Alors qu'il fouille un bidonville à la recherche d'une sorcière potentielle, Sakaki enquête sur un homme étrangement agité. Lorsque l'homme s'enfuit soudainement, terrorisé, Sakaki se lance à sa poursuite et, par inadvertance, fait en sorte que l'homme terrifié s'engouffre dans la circulation et soit heurté par un camion. L'autopsie révèle que l'homme n'était pas une sorcière, mais un homme normal à l'odeur d'olive. La question demeure : Pourquoi a-t-il couru alors qu'il n'avait aucune raison apparente de le faire ?

Lorsque la Vespa de Robin tombe en panne d'essence pendant une tempête de pluie, elle est prise en charge par une automobiliste au grand cœur. Peu après avoir déposé Robin, la femme est tuée dans un horrible accident. Bouleversée par sa mort, Robin sent qu'une sorcière pourrait être impliquée. Avec Amon, Robin s'efforce de découvrir la vérité.

Lorsque la voiture accidentée d'un voleur présumé est retirée du port, le STN-J soupçonne qu'il s'agit d'un simple accident. Mais lorsqu'ils vont interroger le suspect, celui-ci s'enfuit dans sa voiture, écrasant au passage le véhicule de Karasuma d'un puissant coup de poing. Mais est-ce le voleur qui a écrasé le véhicule ou une force plus sinistre ?

Le Dr Kirihara est présenté comme un faiseur de miracles, quelqu’un qui peut même guérir les personnes atteintes de maladies en phase terminale. Cependant, les « miracles » sont en réalité accomplis par une autre personne ; un médecin du nom de Karosawa. Malheureusement, le Dr Karosawa effectue ces guérisons en utilisant son pouvoir pour prendre la vie de quelqu’un qu’il estime indigne. C'est une situation éthiquement difficile pour le STN-J, qui a été appelé pour l'arrêter.

Lorsque deux corps sont retrouvés apparemment brûlés de l’intérieur, l’attention est attirée sur Robin ; celui qui a fait cela a le même pouvoir qu’elle. Une fille nommée Aki Yoshioka est la meilleure suspecte, mais lorsque le STN-J enquête, ils ne trouvent qu'un tas de sable et une confession pour avoir tué trois personnes sur l'ordinateur d'Aki. L’équipe poursuit-elle un fantôme ?

Dans le cadre d'une piqûre STN-J, Dogima et Robin prennent des emplois de serveuses dans le bar Harry's. L'homme qu'ils traquent a été trahi au STN-J par son propre père, le propriétaire de Harry's. Alors qu'ils attendent le retour du fils prodigue, le STN-J commence à se rendre compte qu'ils ne sont pas les seuls après Yutaka Kobari.

Une sorcière fait exploser des distributeurs automatiques de billets à l’aide d’une puissante attaque par micro-ondes. Malheureusement, il semble qu'il ne puisse pas contrôler ses pouvoirs. Troublé par le « réveil » soudain de cette Graine autrefois endormie, le STN-J doit l'arrêter avant qu'il ne fasse du mal à quelqu'un d'autre. Pendant ce temps, une mystérieuse vieille femme se cache dans l’ombre. Pourquoi s’intéresse-t-elle tant à Robin ?

Au grand dam de Michael, un pirate informatique a percé ses défenses et est entré dans les systèmes du STN-J ; un symbole de sorcière est diffusé depuis le terminal de Robin. Pendant ce temps, Robin avait passé la nuit à parler à la mystérieuse vieille femme qu’elle avait rencontrée dans la ville fortifiée. S’agit-il d’une « Mathusalem », d’une sorcière dont la rumeur dit qu’elle est immortelle ? Et Robin sera-t-elle capable d’accepter ce qu’elle lui dit ?

Robin est surprise d’apprendre que l’Inquisiteur qui l’a testée est arrivé au Japon pour tester un nouveau chasseur potentiel. Alors que Robin regarde l’Inquisiteur tester le candidat, Shiro Masuda, elle se souvient de sa propre inquisition. Elle trouve qu’il y a une ligne mince entre être un chasseur ou une sorcière. Masuda doit maintenant choisir le camp qu’il rejoindra et accepter les conséquences de sa décision.

Alors qu’il est sur une affaire avec Amon, Robin est pris en embuscade par un attaquant invisible. Plus tard, de retour au STN-J, Michael découvre que les moulages d’obus laissés derrière lui provenaient de balles anti-sorcières. L’arme capable de tirer de telles balles n’a pas été utilisée par le STN-J depuis cinq ans. Qui pourrait être l'attaquant de Robin ?

Après les attaques les plus récentes, l’équipe garde Robin sous bonne garde au STN-J. Le seul absent est Amon, qui est injoignable. Alors qu'ils analysent les étranges moulages d'obus laissés par l'attaque de l'appartement de Robin, ils découvrent que seules trois personnes auraient pu tirer la balle de sorcière sur Robin. Malheureusement, le principal suspect est mort depuis des années. Avec un malaise croissant, ils se rendent compte que la seule autre personne qui pourrait faire cela est quelqu’un de très proche d’eux tous.

Les survivants doivent recoller les morceaux à la suite de l’attaque contre le STN-J. Avec l’absence de Robin et d’Amon, l’équipe est sérieusement en infériorité numérique. Même Dojima est enrôlé en tant que chasseur. Malgré tous leurs efforts, la tension fait des ravages. Et pourtant, la question demeure : que voulaient les envahisseurs ?

Alors que Robin passe son temps à se cacher de l'usine, elle accepte deux emplois : comme coursière à vélo pour le cabinet d'avocats de Nagira et comme baby-sitter pour une fille inhabituelle. Un jour, alors qu’elle livre des colis, elle aperçoit Dojima en train d’être attaqué par une sorcière et sa bande. Après avoir sauvé Dojima, elle apprend que le STN-J manque cruellement d’effectifs. Dojima supplie Robin de l’aider. Robin peut-elle prendre le risque d’être exposée à l’Usine en aidant ses amis du STN-J ?

Nagira apprend l’existence d’un artefact appelé « Le Fragment de Sagesse », un objet mystique que de nombreuses sorcières recherchent maintenant. Lorsqu’il interroge Robin à ce sujet, elle prétend ne pas connaître l’objet. Malgré sa réponse, Nagira soupçonne qu’elle lui cache quelque chose.

Lorsque Nagira fait venir un couple pour consulter au sujet du Fragment, Robin est troublé par le comportement étrange de la femme. Son mari explique plus tard que Robin ressemble à leur fille disparue, qu’ils pensent avoir été chassée par l’usine. Ayant été élevée sans parents, la réaction de la femme réveille des sentiments oubliés chez Robin et elle commence à chercher une relation avec le couple.

Un nouveau chasseur tue des sorcières et place des grues en origami dans les mains de ses victimes avec le mot « Robin » dessus. Robin décide de récupérer le fragment de Nagira pour découvrir qu'il a été volé.

Au fur et à mesure que les pouvoirs de Robin grandissent, elle se bat avec ses anciennes croyances sur ce qu'est une sorcière. Pendant ce temps, le quartier général de Salomon envoie un puissant chasseur nommé Corneli. Amon l’aidera-t-il cette fois-ci, ou permettra-t-il à Cornell de la détruire ?

Les soupçons sur les motivations de Zaizen pour Orbo conduisent le Quartier Général à réduire son financement de 40%. Néanmoins, Zaizen va de l’avant avec son plan. Pendant ce temps, Robin et Nagira rendent visite à une vieille femme qui a récemment été vue avec Amon. Lorsque la femme est choquée de voir Robin, ils découvrent pourquoi ; elle a une photo d’une fille qui ressemble à Robin dans l’une de ses chambres. D'autres enquêtes les rapprochent de la vérité sur le passé de Robin, alors qu'un lien entre la génétique et les sorcières apparaît.

Zaizen essaie de développer un nouveau type d’Orbo qui permettrait aux humains ordinaires de chasser les sorcières, mais cela a des effets secondaires inquiétants. Amon rencontre Robin mais ne l’attaque pas ; Au lieu de cela, il en révèle plus sur ses ordres. Dojima et Nagira suivent un fourgon d’assaut de l’usine mais la cible est Sakaki !

Une fois Karasuma capturée par l’Usine, l’équipe se mobilise pour la sauver d’une foi incertaine. Ils se réunissent secrètement pour élaborer un plan pour cette mission dangereuse, où ils doivent non seulement passer l'œil vigilant et les gardes armés de Zaizen, mais aussi naviguer dans un labyrinthe de pièces et de couloirs.

Le mentor italien de Robin, le père Juliano, a fait une visite soudaine au Japon pour la voir. Elle le confronte à propos de sa véritable identité ; Qui est-elle, ou quoi est-elle ? Le père Juliano révèle doucement à Robin sa vraie nature. Pendant ce temps, l’équipe STN-J et Nagira prévoient d’organiser un assaut sur l’usine.

Robin et Amon affrontent finalement Zaizen et apprennent la vérité sur l'existence de Robin. À la surprise de Zaizen, au lieu d'être traumatisé, Robin est renforcé par sa détermination. Maintenant, Robin et Amon doivent arrêter la solution finale de Zainzen pour le bien des sorcières et des humains.