Un étudiant rapporte au professeur Cutter un fait étrange : une bête immense ressemblant à un dinosaure aurait été aperçu à proximité de la forêt de Dean. Intrigué par cette histoire, Cutter, dont la femme a disparu il y a quelques années dans les environs, décide de s'y rendre. Dans le même temps, Abby, qui travaille pour le département d'un zoo dédié aux reptiles, rend visite à un jeune garçon ayant fait la découverte d'un drôle de lézard. Très vite la jeune femme se rend compte que l'animal qu'elle a sous les yeux fait partie d'une espèce inconnue. Elle demande au garçon de l'amener à l'endroit précis où il a trouvé le spécimen. Ils prennent alors la direction de la forêt de Dean...

Dans le métro de Londres, un employé du service de nettoyage est mordu par une araignée géante. L'équipe de Nick Cutter se rend sur place pour enquêter. Pendant leurs recherches, ils découvrent un dédale de tunnels inutilisés, et se retrouvent nez-à-nez avec une créature encore plus effrayante.

Les piscines, les réservoirs d'eau de la ville et les caves inondées des maisons en banlieues sont envahis par des reptiles préhistoriques, qui sont tous arrivés par des anomalies spatio-temporelles. L'équipe va enquêter, mais Nick se préoccupe davantage de retrouver sa femme.

Nick découvre qu'un groupe de drontes porte un ancien parasite mortel qui pourrait avoir des conséquences désastreuses sur la population humaine. Pendant ce temps, Helen est de retour au 21e siècle, et le Ministère de l'Intérieur l'interroge, bien qu'elle ne se montre pas aussi coopérative qu'ils l'auraient souhaité.

Un reptile préhistorique ailé arrive à travers une faille temporelle sur un terrain de golf. Nick va enquêter mais il se retrouve piégé dans une maison avec Claudia. De son côté, Connor perd Rex, ce qui met Abby en colère.

Helen revient et prétend qu'un prédateur du futur est responsable de plusieurs disparitions. Nick et Helen s'allient dans une course à travers le temps pour empêcher d'autres attaques, et découvrent une vérité choquante.

Tandis que Cutter s'interroge sur la disparition de Claudia Brown, les anomalies font une autre apparition. Cette fois un centre commercial a été infesté par des Raptors de l'ère Crétacée et l'équipe est appelée pour traiter la situation

Deux nouvelles arrivées mettent nos héros sous tension. Jenny Lewis, le gourou des relations publiques se fâche avec Cutter qui la prend pour Claudia tandis que la petite amie potentielle de Connor, Caroline, rend Abby furieuse. Mais l'équipe doit mettre ses émotions de côté quand un gaz sulfureux et mystérieux engloutit un gratte-ciel moderne. Un groupe de pompiers, envoyés pour l'examiner, est bientôt attaqué

Cutter et Connor ont enfin terminé leur nouveau détecteur d'anomalie mais ses capacités sont immédiatement mises en doute quand une nouvelle attaque de monstre les prend au dépourvu. Un joueur de paintball est traqué puis tué par une bête inconnue dans un parc d'aventure. Les premiers indices indiquent un félin. Quand ce chat s'avère être un tigre aux Dents de sabre Jenny Lewis doit faire face à un défi de taille, laisser le parc ouvert afin de ne pas affoler le public.

Le détecteur d'anomalie de Connor commence à prouver sa valeur quand Cutter et son équipe arrivent, à temps, sur la scène d'une autre apparition de créature. Un requin fortement inhabituel, avec une trompe géante, a attaqué un bateau de plaisance. Cutter est convaincu que apparence physique de la créature est le résultat d'évolution et que, plutôt que venir du passé, l'équipe fait face à une espèce de l'avenir.

L'apparemment doux et sans histoire Leek doit faire face à des ennuis. Il est seul dans le bureau quand le détecteur d'anomalie se met à marcher. Une jeune fille et son chien se sont aventurés à la période Silurienne. Lui, "le nettoyeur" et son groupe de mercenaires, y sont pour quelque chose. La tricherie est soupçonnée, mais Leek échappe aux accusations. Tandis que Connor lutte pour réparer le détecteur, Leek et son équipe s'engagent dans l'anomalie.

Cutter est convaincu qu'il y a des traîtres dans l'équipe et il accuse rapidement Lester et Jenny. Il essaye de convaincre Abby et Connor de sa théorie et s'apprête à aller en faire par à Stephen. Mais il a disparu... ainsi que Caroline ... Et Rex. Que se passe-t-il? Tandis que Cutter et son équipe font face à un mammouth colombien géant qui se déchaîne sur une route embouteillée de jour.

Nick, Connor, Abby et Jenny se retrouvent enfermés dans un entrepôt. Ils découvrent que Leek et Helen emprisonnent de nombreuses créatures notamment des raptors, des mers, une arthropleura et un smilodon, et qu'ils possèdent une technologie leur permettant de contrôler les prédateurs du futur. Les hommes de Leek relâchent sur une plage, un scorpion géant qui commence à semer la terreur. Seul personnel encore disponible, Stephen est envoyé pour stopper l'animal. Pendant ce temps, pour sauver ses compagnons exposés dans une arène, Nick décide de saboter le courant, mais ça libère dans le même temps les monstres enfermées. Aidés de Stephen, tous doivent combattre ces créatures, et en finir avec Leek.

Pendant un exposition sur l'Égypte Ancienne au British Museum, une anomalie est découverte dans un monument appelé la Cage du soleil et une créature nommée Pristichampsus, un crocodile préhistorique s'en échappe. Il sort du musée et sème la panique en ville.

5 ans plus tôt, dans une maison, trois jeunes viennent s'amuser. Ils sont attaqués par une créature puis disparaissent. De nos jours, au CRA, Cutter a réalisé un modèle 3D représentant toutes les anomalies connues à travers l'histoire, leur permettant de prédire où et quand les prochaines anomalies apparaîtront. Après un dernier calcul, ils prédisent la première. Jenny, Abby et Connor se rendent aux coordonnées indiquées par Cutter, il s'agit de la maison où les trois jeunes ont disparu. Il vont faire aussi la connaissance du Détective Danny Quinn. Ensemble, ils vont résoudre le mystère.

Dans un immeuble, Helen entraine ses hommes. Elle est satisfaite de voir qu'ils obéissent sans discuter. À cause d'Helen, tout le monde est sur ses gardes au centre. De plus, un journaliste va poser des problèmes. Au CRA, Connor a réalisé un appareil permettant de refermer les anomalies. Au même moment, une anomalie est détectée dans un hôpital. Cutter, Abby, Connor et Becker auront affaire à de petites créatures nommées "Diictodon", qui rongent tout sur leur passage. Pendant ce temps, Helen envahie le CRA, grâce à un clone de Nick Cutter. Réussiront-ils à s'en sortir, une fois encore?

Après la destruction du CRA et la mort de Nick Cutter, tout le monde a bien du mal à se remettre au travail. Les réparations du centre avancent bien et juste au moment où Connor termine de réparer le détecteur, une anomalie est repérée dans un bâtiment contrôlé par Christine Johnson. De retour au CRA, le détecteur repère une autre anomalie et ils se rendent sur place. Jenny et Connor vont faire confiance à un journaliste. Erreur fatale !

Connor et les deux Diictodon ont dormi au CRA. L'un d'eux, appelé Sid, s'est enfui et fait des bêtises. Au même moment, l'alarme d'intrusion se déclenche. Jenny, Becker et Connor se rendent dans le secteur 7 pour l'intercepter. Ils sont surpris de voir que ce n'est autre que Danny Quinn. Plus tard, une anomalie est détectée et ils doivent faire face à un champignon un peu spécial.

Alors que Sarah et Connor pensent avoir trouvé la signification de l'artefact, Danny et le capitaine Becker remarquent que des caméras de surveillance sont dispersées dans le CRA. Des soldats investissent le CRA pour récupérer le mystérieux objet. L'équipe décide de se mettre à l'abri dans une vieille maison abandonnée, mais elle est victime d'une attaque de Phorusrhacos...

Un Dracorex franchit une anomalie et se retrouve traqué par un chevalier du Moyen-Age, lui aussi sorti d'une anomalie. L'équipe va devoir maitriser le dinosaure et se débarrasser du chevalier.

L'équipe découvre une anomalie dans un hangar d'un circuit automobile, et est bientôt confrontée à un Insecte carnivore venu du futur. Jack, le frère d'Abby, complique la tâche de l'équipe en traversant l'anomalie pour échapper à un des monstres... l'équipe part en expédition dans le futur pour le sauver.

Une horde de Brontotheriums, rhinocéros préhistoriques franchit une anomalie. Pendant ce temps, Danny rencontre Eve, une mystérieuse femme apparemment venue du futur.

Helen, toujours plus folle, remonte le temps grâce aux anomalies pour exterminer les premiers hominidés, et donc la race humaine. L'équipe se lance à sa poursuite dans une folle course-poursuite contre et à travers le temps.

Suite à la mort de Nick et à la disparition de Connor et Abby dans le Crétacé, le Centre de Recherche des Anomalies est dirigé par une nouvelle équipe avec à sa tête Matt, qui cache un secret au sujet des anomalies.

Connor et Abby reprennent finalement leur place au sein de l'équipe du CRA. Connor est surpris de retrouver Duncan, un de ses anciens amis, à la poursuite d'une créature : un Kaprosuchus. Ensemble, ils entament une longue course-poursuite sur les docks...

A la poursuite d'une femme, Matt traverse par mégarde une anomalie et entraîne avec lui Emily. Cette dernière lui promet de l'aider à retrouver la créature s'il lui permet de traverser à nouveau l'anomalie mais celle-ci se referme. Pendant ce temps, ...

Un professeur est tué par un Therocéphalien dans une école. Les élèves, inconscients du drame mais laissés sans surveillance, paniquent. Matt, Becker et Connor partent à la poursuite de la créature et doivent en même temps gérer les étudiants déchaînés. Suite à la découverte d'un nid de Therocéphaliens dans la cantine scolaire, l'équipe va devoir solliciter leur aide...

Connor découvre une anomalie dont le signal est constamment interrompu. Lorsqu'il se rend sur les lieux avec Abby, ils trouvent un ver géant qui sévit près d'un lac d'où le signal était émis. En traquant la créature, ils rencontrent un groupe de fermiers trafiquant du carburant. Pendant ce temps, au CRA, Matt tente de retrouver Emily qui a mystérieusement disparu...

Suite à une alerte, l'équipe est envoyée dans un château où a lieu un mariage. Connor et Abby connaissent la mariée car elle a travaillé au CRA, mais le futur époux ignore ce passé. Beck et Jess sont à la recherche d'Ethan pour l'empêcher de commettre un nouveau meurtre...

L'équipe du CRA est appelée à la prison d'Alcatraz pour une disparition d'individus. Elle y fait face à un problème jamais rencontré auparavant : la multiplication d'anomalies. Dans le même temps, Ethan a retrouvé la trace d'Emily et cherche toujours à se venger...

L'équipe tente de suivre un insecte prédateur géant souterrain du futur, et il y a quelque chose au sujet de la créature dont Matt ne dit pas l'équipe. Pendant ce temps, Philip montre à Connor le véritable but derrière Nouvelle Aurore et Abby devient plus méfiante de Matt et se rapproche de la découverte de son secret, tandis que Lester se bat au CRA pour faire une bonne impression à Mme Reece du Bureau du Cabinet pour un titre de chevalier.

Quand un sous-marin nucléaire dans la mer du Nord découvre une Anomalie sous-marine géante, Matt, Connor et Abby rejoignent l'équipage à bord, mais les choses tournent mal lorsque le sous-marin est attiré à travers l'Anomalie dans une mer préhistorique habitée par des pliosaures géants. L'équipe tente ensuite de faire revenir le sous-marin à travers l'Anomalie dans le présent, tandis que Lester a du mal à empêcher un amiral arrogant de détruire l'Anomalie et d'altérer potentiellement la chronologie.

Lorsque l'équipe renvoie une Raptor dans un Musée d'Art à travers la mauvaise Anomalie, Matt la traverse vers le Londres victorien à la poursuite du Raptor, et là, il renoue avec Emily et tente de l'aider d'échapper à son triste sort d'une incarcération dans l'asile de Bedlam par son mari immoral. Pendant ce temps, Abby s'infiltre dans le laboratoire de Connor pour trouver les fichiers de Connor sur Nouvelle Aurore pour Matt.

L'équipe apprend la vérité à propos de "Nouvelle Aurore" lorsque Connor crée une Anomalie artificielle dans le CRA. Les problèmes éclatent bientôt quand l'Anomalie libère un essaim de coléoptères carnassiers du futur, ce qui déclenche le verrouillage du CRA. Mais les coléoptères menacent de creuser en dehors et ainsi de pulluler dans ​​le monde moderne. La situation est seulement amplifiée lorsqu'un coléoptère pique Jess, qui fait des allergies mortelles aux piqûres d'insectes, et Philip menace de brûler tout le CRA pour arrêter la propagation des coléoptères.

La Convergence étant enfin arrivée, Becker et l'ensemble du CRA lutte pour contenir une épidémie croissante de nombreuses Anomalies et de créatures. "Nouvelle Aurore" commence la phase finale de la lutte contre les Anomalies et l'équipe essaie d'empêcher Philip d'activer "Nouvelle Aurore" avant qu'il ne soit trop tard.

Matt et Abby passent par l'Anomalie de la "Nouvelle Aurore" pour une mission de sauvetage pour Connor dans la Terre stérile du futur, avec des Prédateurs du futur mutés faisant leurs lois. Tandis que de retour dans le présent, l'avenir apocalyptique se dessine de plus en plus quant "Nouvelle Aurore" devient hors de contrôle. Pendant ce temps, Jess et Lester font face à des problèmes qui leur sont propres lorsque le CRA est envahi par des Prédateurs du futur mutés.